Il s'agit de la commande Last-Train qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
last-train - Essayez de trouver des paramètres de score appropriés pour aligner les séquences données
SYNOPSIS
dernier train nom_base_de_famille fichier(s) de séquence
DESCRIPTION
Essayez de trouver des paramètres de partition appropriés pour aligner les séquences données.
OPTIONS
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
Possibilités de formation :
--revsym
forcer la symétrie du complément inverse
--matsym
matrice de substitution symétrique de force
--gapsym
forcer la symétrie d'insertion/suppression
--pid=PID
ignorer les alignements avec > PID% identité (par défaut : 100)
Options des paramètres initiaux :
-r SCORE
score du match (par défaut : 6 si Q>0, sinon 5)
-q COST
coût de non-concordance (par défaut : 18 si Q>0, sinon 5)
-p Nom
matrice de score de correspondance/inadéquation
-a COST
coût d'existence de l'écart (par défaut : 21 si Q>0, sinon 15)
-b COST
coût d'extension de l'écart (par défaut : 9 si Q>0, sinon 3)
-A COST
coût d'existence de l'insertion
-B COST
coût de l'extension d'insertion
Options d'alignement :
-D LONGUEUR
lettres de requête par alignement aléatoire (par défaut : 1e6)
-E Alignements EG2 maximum attendus par giga carré
-s BRIN
0 = inverse, 1 = avant, 2 = les deux (par défaut : 2 si ADN, sinon 1)
-S NUMÉRO
la matrice de score s'applique au brin avant de : 0=référence, 1=requête (par défaut : 1)
-T NUMÉRO
type d'alignement : 0=local, 1=chevauchement (par défaut : 0)
-m COUNT
nombre maximal de correspondances initiales par position de requête (par défaut : 10)
-P FILS
nombre de threads parallèles
-Q NUMÉRO
format d'entrée : 0=fasta, 1=fastq-sanger
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