Il s'agit de la commande macs2_randsample qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
macs2_randsample - Analyse basée sur un modèle pour le séquençage de puces
DESCRIPTION
utilisation : macs2 randsample [-h] -t IMPT [IMPT ...] (-p POURCENTAGE | -n NUMÉRO)
[--seed SEED] [-o OUTPUTFILE] [--outdir OUTDIR]
[-s TSIZE] [-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}] [--verbeux
VERBEUX]
facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-t IMPT [IMPT ...], --tfile IMPT [IMPT ...]
Fichier d'alignement ChIP-seq. Si plusieurs fichiers sont donnés comme '-t AB C', alors ils seront
tous être lus et combinés. Notez que les données de fin de paire ne sont pas censées fonctionner avec ce
commander. OBLIGATOIRE.
-p POURCENTAGE, --pourcentage POURCENTAGE
Pourcentage de balises que vous souhaitez conserver. Saisissez 80.0 pour 80 %. Cette option ne peut pas être utilisée
en même temps avec -n/--num. OBLIGATOIRE
-n NUMÉRO, --numéro NUMÉRO
Nombre de balises que vous souhaitez conserver. Saisissez 8000000 ou 8e+6 pour 8 millions. Cette option
ne peut pas être utilisé en même temps avec -p/--pour cent. Notez que le nombre de balises dans
la sortie est approximative comme le nombre spécifié ici. OBLIGATOIRE
--la graine
Définissez la valeur de départ aléatoire lors de l'échantillonnage des données. Doit être un entier non négatif dans
afin d'être efficace. PAR DÉFAUT : non défini
-o FICHIER DE SORTIE, --offile FICHIER DE SORTIE
Nom du fichier BED de sortie. Si non spécifié, écrira sur la sortie standard. DÉFAUT:
Stdout
--répertoire extérieur EXTÉRIEUR
Si spécifié, tous les fichiers de sortie seront écrits dans ce répertoire. Par défaut : le
répertoire de travail actuel
-s TAILLE TS, --tsize TAILLE TS
Taille du tag. Cela remplacera la taille de balise détectée automatiquement. PAR DÉFAUT : non défini
-f {AUTO,BAM,SAM,LIT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}, --format
{AUTO,BAM,SAM,LIT,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Format du fichier tag, "AUTO", "BED" ou "ELAND" ou "ELANDMULTI" ou "ELANDEXPORT" ou
"SAM" ou "BAM" ou "BOWTIE". L'option AUTO par défaut décidera de macs2 randsample
quel format est le fichier. Veuillez vérifier la définition dans le fichier README si vous choisissez
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. PAR DÉFAUT : « AUTO »
--verbeux VERBEUX
Définir le niveau verbeux. 0 : afficher uniquement le message critique, 1 : afficher un avertissement supplémentaire
message, 2 : afficher les informations sur le processus, 3 : afficher les messages de débogage. Si tu veux savoir
où sont les lectures en double, utilisez 3. DEFAULT:2
Utilisez macs2_randsample en ligne à l'aide des services onworks.net
