macsyfinder - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

macsyfinder - page de manuel pour macsyfinder 1.0.2

DESCRIPTION

utilisation : macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--replicon-topology {linéaire, circulaire}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-mandatory-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genes-required MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-suffixe
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-suffix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--previous-run PREVIOUS_RUN] systèmes [systèmes ...]

MacSyFinder est un outil de détection des systèmes de sécrétion protéique des bactéries dider
à partir d'un ensemble de données sur les protéines.

positionnel arguments:
les systèmes
Les systèmes à détecter. Il s'agit d'une option obligatoire sans mot-clé associé à
ce. Pour détecter tous les systèmes de sécrétion protéique et les appendices associés : réglez sur
"all" (insensible à la casse). Sinon, un ou plusieurs systèmes peuvent être spécifiés.
Par exemple : "T2SS T4P".

facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter

Entrée jeu de données options:
--séquence-db SEQUENCE_DB
Chemin d'accès au jeu de données de séquence au format fasta.

--type-db {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}
Le type de jeu de données à traiter. "unordered_replicon" correspond à un
génome non assemblé, "unordered" à un ensemble de données métagénomique, "ordered_replicon" à
un génome assemblé, et "gembase" à un ensemble de réplicons où les identifiants de séquence
suivez cette convention : ">RepliconName SequenceID".

--replicon-topologie {linéaire,circulaire}
La topologie des réplicons (cette option n'a de sens que si le db_type est
'ordered_replicon' ou 'gembase'.

--topologie-fichier TOPOLOGIE_FILE
Chemin du fichier de topologie. Le fichier de topologie permet de spécifier une topologie (linéaire ou
circulaire) pour chaque réplicon (cette option n'a de sens que si le db_type est
'ordered_replicon' ou 'gembase'. Un fichier de topologie est un fichier tabulaire avec deux
colonnes : la 1ère est le nom du réplicon, et la 2ème la topologie correspondante :
"RepliconUn linéaire"

--idx Oblige à construire les index pour l'ensemble de données de séquence même s'ils étaient auparavant
calculé et présent à l'emplacement du jeu de données (par défaut = False)

placement détection options:
--inter-gène-max-espace INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Critère de colocalisation : nombre maximum de composants non appariés par un profil
autorisé entre deux composants appariés pour qu'ils soient considérés comme contigus. Option
significatif uniquement pour les ensembles de données « ordonnés ». La première valeur doit correspondre à un système, la
en second lieu à un certain nombre de composants. Cette option peut être répétée plusieurs fois :
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --inter-gène-max-espace Flagelle 20"

--min-mandatory-genes-requis MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
Le nombre minimal de gènes obligatoires requis pour l'évaluation du système. La première
value doit correspondre à un nom système, la seconde valeur à un entier. Cette option
peut être répété plusieurs fois : "--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-mandatorygenes-requis Flagelle 10"

--min-genes-requis MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
Le nombre minimal de gènes requis pour l'évaluation du système (comprend à la fois
composants « obligatoires » et « accessoires »). La première valeur doit correspondre à un
nom du système, la deuxième valeur à un entier. Cette option peut être répétée plusieurs
fois : "--min-genesrequired T2SS 15 --min-genes-requis Flagelle 10"

--max-nb-gènes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Le nombre maximal de gènes requis pour l'évaluation du système. La première valeur doit
correspondent à un nom de système, la deuxième valeur à un entier. Cette option peut être
répété plusieurs fois : "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-gènes Flagelle 10

--multilocus MULTI_LOCI
Autoriser le stockage de systèmes multi-loci pour les systèmes spécifiés. Les systèmes sont
spécifié comme une liste séparée par des virgules (--multilocus sys1, sys2) la valeur par défaut est False

Options pour Hum efficace et les coups filtration:
--hum HMMER_EXE
Chemin d'accès au programme Hmmer.

--index-db INDEX_DB_EXE
L'indexeur à utiliser pour Hmmer. La valeur peut être 'makeblastdb' ou
'formatdb' ou le chemin d'accès à l'un de ces binaires (par défaut = makeblastb)

--e-value-search E_VALUE_RES
Valeur électronique maximale pour les résultats à signaler lors de la recherche Hmmer. (par défaut = 1)

--i-evalue-select I_EVALUE_SEL
Valeur e indépendante maximale pour les hits Hmmer à sélectionner pour la détection du système.
(par défaut = 0.001)

--couverture-profil COVERAGE_PROFILE
Couverture de profil minimale requise dans l'alignement des coups pour permettre la sélection des coups
pour la détection du système. (par défaut = 0.5)

Chemin options:
-d DEF_DIR, --déf DEF_DIR
Chemin d'accès aux fichiers de définition des systèmes.

-o OUT_DIR, --out-répertoire OUT_DIR
Chemin d'accès au répertoire où stocker les résultats. si outdir est spécifié res-search-dir
Sera ignoré.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-search-dir RES_SEARCH_DIR
Chemin d'accès au répertoire où stocker les répertoires de résultats de recherche MacSyFinder
(répertoire de travail courant par défaut).

--res-search-suffixe RES_SEARCH_SUFFIX
Le suffixe à donner aux fichiers de sortie bruts Hmmer.

--res-extract-suffixe RES_EXTRACT_SUFFIX
Le suffixe à donner aux fichiers de sortie des résultats filtrés.

-p PROFIL_DIR, --rép-profil RÉP_PROFIL
Chemin d'accès au répertoire des profils.

--profile-suffixe PROFILE_SUFFIX
Le suffixe des fichiers de profil. Pour chaque élément 'Gene', le profil correspondant est
recherché dans le 'profile_dir', dans un fichier dont le nom est basé sur le nom du gène + le
suffixe de profil. Par exemple, si le gène est nommé « gspG » et que le suffixe est
'.hmm3', alors le profil doit être placé à l'emplacement spécifié et être nommé
'gspG.hmm3'

Général options:
-w TRAVAILLEUR_NB, --ouvrier TRAVAILLEUR_NB
Nombre de travailleurs à utiliser par MacSyFinder. Dans le cas où l'utilisateur souhaite exécuter
MacSyFinder en mode multithread. (0 signifie que tous les cœurs seront utilisés, valeur par défaut 1)

-v, --verbosité
Augmente le niveau de verbosité. Il y a 4 niveaux : Messages d'erreur (par défaut),
Avertissement (-v), Info (-vv) et Déboguer.(-vvv)

--Journal FICHIER JOURNAL
Chemin d'accès au répertoire où stocker le fichier journal 'macsyfinder.log'.

--config CFG_FILE
Chemin d'accès à un fichier de configuration MacSyFinder putatif à utiliser.

--exécution précédente PREVIOUS_RUN
Chemin d'accès à un répertoire d'exécution précédent de MacSyFinder. Il permet de sauter le Hmmer
étape de recherche sur le même ensemble de données, car elle utilise les résultats de l'exécution précédente et donc les paramètres
concernant la détection Hmmer. Le fichier de configuration de cette exécution précédente sera
utilisé. (conflit avec les options --config, --séquence-db, --profile-suffixe,
--resextract-suffixe, --e-value-res, --type-db, --hum)

Pour plus de détails, visitez le site Web de MacSyFinder et consultez la documentation de MacSyFinder.

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