Il s'agit de la commande mappedCoverage qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
sim4dbutils - utilitaires pour travailler avec les fichiers d'alignement générés par sim4db
convertPolishes - convertir entre les formats sim4db et GFF3
filterPolishes - alignements de filtres basés sur l'identité, la couverture et la longueur de la séquence.
mergePolishes - fusionne les alignements de plusieurs fichiers
sortPolishes - trie les alignements par ADNc ou index de séquence génomique ou nom de séquence
convertToExtent - Convertit du format sim4db en un format délimité par des tabulations sur une seule ligne
fixPolishesIID - Met à jour un fichier sim4db pour utiliser l'index de séquence d'un fichier fasta spécifique.
Peut également être utilisé pour extraire un sous-ensemble des alignements du fichier sim4db.
depthOfPolishes - Affiche un histogramme délimité par des tabulations de la profondeur des polissages à divers
tailles de fenêtre.
headPolishes - imprime les N premiers alignements dans un fichier, similaire à front(1)
pickBestPolish - ne rapporte que le « meilleur » alignement pour chaque ADNc
pickUniquePolish - signale les alignements où il existe un meilleur alignement clair pour
chaque ADNc.
plotCoverageVsIdentity - Génère (1) un histogramme du pourcentage d'identité, (2) un
histogramme du pourcentage de couverture, et (3) une liste de pourcentage d'identité et de couverture (par
utiliser dans un nuage de points).
uniqPolishes - Filtre tous les alignements pour l'ADNc avec plusieurs alignements (-uniq) ou
avec un seul alignement (-dupl). Semblable à uniq(1)
realignPolishes - recalcule les alignements répertoriés dans un fichier sim4db.
reportAlignmentDifferences - génère un histogramme des types d'erreurs dans un ensemble de
alignements Non pris en charge et Obsolète
comparePolishes - Corréle les alignements dans deux fichiers.
convertToAtac - Convertit du format sim4db au format ATAC.
detectChimera - Examine les alignements pour les séquences qui pourraient être chimériques.
mappedCoverage - Rapporte la quantité de séquence de requête (EST, cDNA) qui est couverte par
alignements.
parseSNP - Analyse les alignements pour les SNP.
removeDuplicate - recherche dans l'entrée les alignements en double.
vennPolishes - Génère un diagramme de Venn pour plusieurs fichiers sim4db. Occasion intérieurement by
ESTMappeur nettoyerpolonais
résumer les polonais
DESCRIPTION
Ces programmes sont une gamme d'utilitaires avec lesquels travailler sim4db(1) fichiers d'alignement générés.
Utilisez mappedCoverage en ligne à l'aide des services onworks.net
