mauveAligner - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mauveAligner - construire efficacement plusieurs alignements de génomes

SYNOPSIS

mauveAligner [options] ...
nom de fichier>

DESCRIPTION

Les algorithmes d'alignement mauveAligner et progressiveMauve ont été implémentés comme
programmes en ligne de commande inclus avec le logiciel téléchargeable Mauve. Lorsqu'il est exécuté depuis le
ligne de commande, ces programmes proposent des options qui ne sont pas encore disponibles dans l'interface graphique.

OPTIONS

--sortie=Nom du fichier de sortie.
Imprime à l'écran par défaut

--chrysanthèmes Recherchez uniquement les MUM, n'essayez pas de déterminer les blocs localement colinéaires (LCB)

--pas de récursion N'effectuez pas d'identification d'ancre récursive (implique
--no-gap-alignment)

--pas d'extension lcb Si vous déterminez des LCB, n'essayez pas d'étendre les LCB

--taille-graine=Taille de correspondance initiale de la graine, la valeur par défaut est log_2 (longueur moyenne de la séquence)

--max-extension-itérations=Limiter les extensions LCB à ce nombre de tentatives,
la valeur par défaut est 4

--elimine-inclusions Élimine les inclusions liées dans les correspondances de sous-ensembles.

--poids=Poids LCB minimum en paires de bases par séquence

--match-entrée=Utiliser le fichier de correspondance spécifié au lieu de rechercher des correspondances

--lcb-match-entrée Indique que le fichier d'entrée de correspondance contient des correspondances qui ont été
regroupés en LCB

--lcb-entrée=Utilisez le fichier lcb spécifié au lieu de construire des LCB (ignore LCB
génération)

--scratch-path=Pour les grands génomes, utilisez un répertoire pour le stockage des données temporaires.
Doit être donné deux fois ou plus à avec des chemins différents.

--id-matrice=Générer des statistiques LCB et les écrire dans le fichier spécifié

--island-size=Trouver des îles plus grandes que le nombre donné

--island-sortie=Les îles de sortie du fichier donné (nécessite --island-taille)

--backbone-taille=Trouver des tronçons de colonne vertébrale plus longs que le nombre donné de pb

--max-backbone-gap=Permettre à l'épine dorsale d'être interrompue par des espaces jusqu'à cette longueur dans
bp

--backbone-sortie=Les îles de sortie du fichier donné (nécessite --island-taille)

--couverture-sortie=Sortir une liste de couverture dans le fichier spécifié (- pour stdout)

--répète Génère une carte de répétition. Une seule séquence peut être spécifiée

--output-guide-tree=Écrivez un arbre guide dans le fichier désigné

--colinéaire Supposons que les séquences d'entrée sont colinéaires - elles n'ont aucun réarrangement

Gapped alignement contrôles:
--no-gap-alignment Ne pas effectuer un alignement avec écart

--max-gapping-aligner-length=Nombre maximal de paires de bases avec lesquelles tenter l'alignement
l'aligneur béant

--min-récursive-gap-length=Taille minimale des écarts que Mauve effectuera de manière récursive
Ancrage MUM activé (la valeur par défaut est 200)

Signé permutation matrice options:
--permutation-matrice-sortie=Écrivez les LCB sous forme de matrice de permutation signée pour
le fichier donné

--permutation-matrix-min-weight=Une matrice de permutation sera écrite pour chaque
ensemble de LCB avec un poids compris entre cette valeur et la valeur de --poids

Alignement sortie options:
--alignement-sortie-rép=Sort un ensemble de fichiers d'alignement (un par LCB) vers un
répertoire donné

--alignement-format-de-sortie=Sélectionne le format de sortie pour --alignement-répertoire-de-sortie

--sortie-alignement=Écrivez un alignement de format XMFA sur le fichier désigné

Les formats de sortie d'alignement pris en charge sont : phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Utilisez mauveAligner en ligne en utilisant les services onworks.net