Il s'agit de la commande msconvert qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
msconvertir — Convertir les formats de fichiers de données de spectrométrie de masse.
SYNOPSIS
msconvertir [choix] [masques de fichiers]
DESCRIPTION
Cette page de manuel documente brièvement les msconvertir logiciel livré dans le outils libpwiz
emballer. Ce programme permet de convertir des fichiers de données de spectrométrie de masse à partir d'un format
à un autre. Étant donné que cette version est construite sur la plate-forme du logiciel libre Debian, seuls
les conversions impliquant des logiciels libres peuvent être effectuées [c'est-à-dire *pas* impliquant des
Bibliothèques de liaison dynamique (dll) basées sur Microsoft Windows].
OPTIONS
-v | --verbeux
Affichez des informations détaillées sur la progression du traitement.
--help Affiche ce message, avec des détails supplémentaires sur les options de filtrage.
-f | --filelist nom de fichier
Utilise le contenu de nom de fichier qui répertorie les noms de fichiers.
-o | --répertoire extérieur dir
Définissez le répertoire de sortie ('-' pour stdout) sur dir. Par défaut, la sortie
le répertoire est '.' (c'est-à-dire le répertoire de travail courant).
-c | --config nom de fichier
Définissez le fichier de configuration sur nom de fichier.
--fichier de sortie nom de fichier
Remplacez le nom du fichier de sortie.
-e | --ext poste
Définissez l'extension des fichiers de sortie sur poste. Peut être mzML ou mzXML ou mgf ou
txt.
--mzML Écrire mzML format (par défaut).
--mzXML Écrire mzXML le format.
--mgf Écrire mgf Format générique de mascotte.
--text Écrire ProteoWizard interne texte le format.
--ms1 Écrire MS1 le format.
--cms1 Écrire CMS1 le format.
--ms2 Écrire MS2 le format.
--cms2 Écrire CMS2 le format.
--64 Définir le codage binaire par défaut sur une précision de 64 bits (par défaut).
--32 Définit le codage binaire par défaut à une précision de 32 bits.
--mz64 Encode les valeurs m/z avec une précision de 64 bits (par défaut).
--mz32 Encode les valeurs m/z avec une précision de 32 bits.
--inten64 Encode les valeurs d'intensité avec une précision de 64 bits.
--inten32 Encode les valeurs d'intensité avec une précision de 32 bits (par défaut).
--noindex N'écrit pas l'index.
-i | --Informations de contact nom de fichier
Utilisez nom de fichier pour les coordonnées.
-z | --zlib
Utilisez la compression zlib pour les données binaires.
-g | --gzip
gzip tout le fichier de sortie (ajoute .gz au nom de fichier).
--filtre arg
Ajoutez un filtre de liste de spectre.
--merge Créer un seul fichier de sortie à partir de plusieurs fichiers d'entrée en fusionnant au niveau du fichier
métadonnées et concaténation des listes de spectre.
--simAsSpectra
Écrivez la surveillance des ions sélectionnés sous forme de spectres et non de chromatogrammes.
--srmAsSpectra
Écrivez la surveillance de la réaction sélectionnée sous forme de spectres et non de chromatogrammes.
EXEMPLES
Convertir data.RAW en data.mzXML
msconvertir données.RAW --mzXML
Mettez le fichier de sortie dans my_output_dir
msconvertir données.RAW -o mon_rép_sortie
Extraire les indices de balayage 5...10 et 20...25
msconvertir données.RAW --filtre "indice [20,25] "
Extraire uniquement les analyses MS1
msconvertir données.RAW --filtre "msLevel 1"
Extraire les analyses MSn pour n>1
msconvertir données.RAW --filtre "msLevel 2-"
Utiliser un fichier de configuration
msconvertir données.RAW -c config.txt
RETOUR VALEURE
Le nombre de fichiers ayant échoué.
Utilisez msconvert en ligne en utilisant les services onworks.net
