Il s'agit de la commande mustang qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
mustang - un algorithme d'alignement structurel multiple
SYNOPSIS
mustang [Options] fichiers
DESCRIPTION
Cette page de manuel documente brièvement les mustang commander.
Mustang est un programme qui implémente un algorithme pour l'alignement structurel de plusieurs
structures protéiques. Étant donné un ensemble de fichiers PDB, le programme utilise les informations spatiales dans
les atomes Calpha de l'ensemble pour produire un alignement de séquence. Basé sur une progressivité
heuristique par paires, l'algorithme passe ensuite par un certain nombre de passes de raffinement.
Mustang rapporte l'alignement de séquences multiples et la superposition correspondante de
structures.
Pour garder la ligne de commande courte, l'utilisateur peut écrire le chemin et les noms de fichier dans un
(description) et fournissez le fichier de description sur la ligne de commande en utilisant le '-f'
option. Voir par exemple le fichier utilisé pour tester l'installation :
'/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'.
PATH doit avoir un préfixe '>'. Lorsque le programme analyse ce fichier, il recherche la ligne
commençant par le symbole '>' (les espaces blancs sont ignorés avant et après le symbole). Le chemin
contenant les fichiers PDB des structures à aligner devrait suivre. Voir par exemple :
/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'.
FILENAMES doit avoir un préfixe '+' (les espaces sont ignorés avant et après ce symbole).
Si PATH est spécifié, seuls les noms de fichiers doivent être fournis après le symbole '+'.
Cependant, si la ligne PATH n'est PAS fournie, les chemins absolus/relatifs de la structure
les fichiers doivent être fournis.
Le format du fichier de description est décrit plus en détail dans la section -f option CmdLine).
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
-p
Chemin vers le répertoire contenant les structures (PDB) à aligner.
-i
Structures d'entrée à aligner. Remarque : si -p l'option est utilisée dans la ligne de commande,
fournir uniquement les noms de fichiers des structures ; sinon donner l'absolu/relatif
chemin de chacune des structures d'entrée.
-f <description fichier>
Cette option permet d'ÉVITER de saisir le chemin (-p) et le nom du fichier (-i) détails dans
la ligne de commande. Au lieu de cela, pour garder la ligne de commande courte, l'utilisateur peut entrer le
les détails du chemin et du nom du fichier dans un fichier "description" et le fournir dans la commande
ligne. Le format du "fichier de description" est discuté plus en détail dans le
section « DESCRIPTION » ci-dessus. Remarque : les options { -p , -i} et {-f} sont mutuellement
exclusive.
-o <sortie identifiant>
Un identifiant commun pour les différentes sorties du programme. Extensions appropriées
(par exemple .html, .pdb, .msf) sera ajouté à cela
identifiant en fonction des options que l'utilisateur spécifie dans la ligne de commande.
Identifiant de sortie DEFAULT : 'results'
-F
Format de sortie d'alignement. Les choix pour sont : 'html', 'fasta', 'pir',
'msf'. Format par DÉFAUT : « html »
-D [CA-CA diamètre]
Produire un fichier HTML où les résidus sont signalés en minuscules avec du gris
fond lorsque le diamètre CA-CA aligné des résidus dans une colonne de
l'alignement est > au seuil de diamètre CA-CA.
-s [ / ]
Générer un fichier PDB contenant la superposition optimale de toutes les structures basées sur
l'alignement. PAR DÉFAUT : « ON ».
-r [ / ]
Imprimer dans un fichier rmsd table de superposition multiple avec matrice de rotation et
vecteur de traduction correspondant à chaque structure d'entrée. PAR DÉFAUT : 'OFF'.
--Aidez-moi afficher un message d'aide et quitter.
--version
les informations de version de sortie et les sorties.
AUTEURS
Mustang a été écrit par AS Konagurthu, en utilisant l'algorithme d'AS Konagurthu et Al.
(voir RÉFÉRENCE)
MAN PAGE
Cette page de manuel a été initialement produite par Morten Kjeldgaard ([email protected]) en utilisant le
Information provenant de de Mustang --option d'aide.
RÉFÉRENCE
AS Konagurthu, J. Whisstock, PJ Stuckey et AM Lesk, MUSTANG : un multiple
algorithme d'alignement structurel, Protéines, 64(3) 559-574 (2006).
PUNAISE RAPPORT
arun AT csse DOT unimelb DOT edu DOT au
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