Il s'agit de la commande ncoils qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
ncoils - prédiction d'éléments de structure secondaire enroulés
SYNOPSIS
ncoils [OPTION] < [FICHIER FASTA]
ncoils -f < /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa
DESCRIPTION
ncoils est un programme qui compare une séquence à une base de données de deux brins parallèles connus
bobines enroulées et obtient un score de similarité. En comparant ce score à la distribution
des scores dans les protéines globulaires et enroulées, le programme calcule ensuite le
probabilité que la séquence adopte une conformation enroulée.
OPTIONS
-f, -fasta
sortie fasta - bobines comme 'x', comme '-x' dans seg
-c mode concis - quelles séquences ont des bobines (et combien)
-min_seg
pour le mode concis - ne rapporter la séquence que si >= segments de bobine min
-min_P
minimum P pour définir le segment de bobine ; PAR DÉFAUT = 0.5
-gagner
la taille de la fenêtre; PAR DÉFAUT = 21
-w poids heptades positions a&d les mêmes que b,c,e,f,g
-v mode verbeux/débogage - affiche des fichiers inutiles supplémentaires
EXEMPLES
"coils-wrap -m MTIDK -i /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa -o /tmp/coils.out -r
/tmp/coils_raw.txt && moins /tmp/coils.out /tmp/coils_raw.txt"
"ncoils -win 14 < /usr/share/doc/ncoils/1srya.fa"
ENVIRONNEMENT
COILSDIR - spécifie le répertoire contenant le fichier new.mat remplaçant la valeur par défaut
/usr/share/ncoils
Utiliser ncoils en ligne à l'aide des services onworks.net
