Il s'agit de la commande NDist qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
AmpliconNoise - supprime le bruit des données de séquence de nucléotides à haut débit
VERSION
Cette documentation fait référence à la version 1.22
SYNOPSIS
See /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz pour plus de détails sur la façon de fonctionner.
DESCRIPTION
Les outils suivants sont inclus. La plupart d'entre eux ont un équivalent MPI, par exemple
SeqNoise a un équivalent SeqNoiseM qui peut être utilisé avec mpirun.
FastaUnique - déréplique le fichier fasta
-in string nom du fichier d'entrée
Options:
Fcluster
-dans le nom du fichier d'entrée de distance de chaîne
-out string fichier de sortie
Options:
-r résolution
-une liaison moyenne
-w utilise des poids
-je lis les identifiants
-s échelle dist.
NDiste - matrice de distance de séquence Needleman-Wunsch par paire à partir d'un fichier fasta
-in string nom de fichier fata
Options:
-i identificateurs de sortie
Persée - tue des monstres
-sin string seq nom du fichier
Options:
-tin fichier de séquence de référence de chaîne
-a alignements de sortie
-d utiliser le déséquilibre
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
PyroDiste - matrice de distance par paire à partir des flowgrams
-dans le nom du fichier de flux de chaîne
-out stub out fichier stub
Options:
-ni pas d'index dans le fichier dat
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
PyroBruit - clusters flowgrams sans alignements
-din nom du fichier de flux de chaîne
-out nom du fichier d'entrée du cluster de chaînes
-lin fichier de liste de chaînes
Options:
-v verbeux
-c double coupure initiale
-ni pas d'index dans le fichier dat
-s double précision
-rin nom du fichier de recherche de fichier
DistSéq - matrice de distance par paire à partir d'un fichier fasta
-dans la chaîne fasta nom de fichier
Options:
-i identificateurs de sortie
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
Bruit de séquence - séquences de clusters
-dans le nom du fichier de séquence de chaînes
-din chaîne distance matrice nom du fichier
-out nom du fichier d'entrée du cluster de chaînes
-lin fichier de liste de chaînes
Options:
-min fichier de mappage
-v verbeux
-c double coupure initiale
-s double précision
-rin nom du fichier de recherche de chaîne
DiviserClusterPair
-din chaîne dat nom de fichier
-min nom de fichier de mappage de chaîne
-tin nom de fichier de l'arborescence des chaînes
-s taille fractionnée
-m taille minimale
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