Il s'agit de la commande NEXUSvalidator qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
NEXUSvalidator - valider le fichier NEXUS
DESCRIPTION
NEXUSvalidator lit un fichier et se termine avec succès (code de retour 0) si le fichier est
valide.
Notre (en fait, presque toutes) commun usage is simplement:
Validateur NEXUS
OPTIONS
-h sur la ligne de commande affiche ce message d'aide
-q supprimer les messages d'état NCL lors de la lecture des fichiers
-llit un fichier et traite chaque ligne du fichier comme un chemin vers le fichier NEXUS
-a sortie AltNexus (pas de table de traduction dans les arbres)
-x ne validez PAS les étiquettes internes dans les arbres en tant qu'étiquettes de taxons
-X ne traitez PAS les nombres dans les arbres comme des numéros de taxon, traitez-les comme arbitraires
étiquettes (ne doit pas être utilisé avec les fichiers NEXUS).
-scontrôle le niveau de rigueur NEXUS.
le niveau par défaut est équivalent à -s2 invoquer le programme avec -s3 ou un niveau supérieur
number convertira certains avertissements en erreurs fatales. Courir avec -s1 provoquera
l'analyseur pour accepter les constructions dangereuses et s'exécuter avec -s0 provoque l'
parser faire tout son possible pour terminer l'analyse du fichier (avertissement de très grave
les erreurs).
Notez que lorsque -s0 niveau de rigueur est utilisé, et l'analyseur ne parvient pas à terminer, il
sera souvent le résultat d'une erreur antérieure à l'erreur signalée dans le
Dernier message.
-fspécifie le format de fichier d'entrée attendu :
-fnexus
NEXUS (c'est aussi la valeur par défaut)
-faafasta
Données sur les acides aminés dans fasta
-fdnafasta
Données ADN dans fasta
-frnafasta
Données d'ARN dans fasta
La liste complète des noms de format pouvant suivre le -f le drapeau est :
lien
dnafasta
aafasta
Rnafasta
dnaphylip
rnaphylip
aaphylip
discretphylip
dnaphylipentrelacé
rnaphylipentrelacé
aaphylipentrelacé
discretphylipinterleaved
dnarelaxedphylip
rnarelaxedphylip
aarelaxedphylip
discretrelaxedphylip
dnarrelaxedphylipinterleaved
rnadétenduphylipentrelacé
aarerelaxedphylipentrelacé
discretrelaxéphylipentrelacé
ADN
rnnaaln
aaaln
phyliptre
phyliptree détendu
nexml
adnafin
aafin
arnafine
Utilisez NEXUSvalidator en ligne en utilisant les services onworks.net
