nifti_tool - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

nifti_tool - outil de manipulation polyvalent pour les fichiers NIfTI

SYNOPSIS

nifti_tool -Aide montrer cette aide

nifti_tool -help_hdr afficher les informations du champ nifti_1_header

nifti_tool -help_nim afficher les informations du champ nifti_image

nifti_tool -help_ana afficher les informations du champ nifti_analyze75

nifti_tool -help_datatypes afficher la table des types de données

nifti_tool -ver afficher la version actuelle

nifti_tool -historique afficher l'historique des modifications

nifti_tool -nifti_ver afficher la version de la bibliothèque nifti

nifti_tool -nifti_hist afficher l'historique de la bibliothèque nifti

nifti_tool -avec_zlib la bibliothèque a-t-elle été compilée avec zlib

nifti_tool -check_hdr -fichiers f1

nifti_tool -check_nim -fichiers f1

nifti_tool -copy_brick_list -fichiers f1"[indices...]"

nifti_tool -copy_collapsed_image I J K T U V W -fichiers f1

nifti_tool -copie_im -fichiers f1

nifti_tool -make_im -préfixe new_im.nii

nifti_tool -disp_hdr [-champ NOM DE DOMAINE] [...] -fichiers f1

nifti_tool -disp_nim [-champ NOM DE DOMAINE] [...] -fichiers f1

nifti_tool -disp_ana [-champ NOM DE DOMAINE] [...] -fichiers f1

nifti_tool -disp_exts -fichiers f1

nifti_tool -disp_ts I J K [-dci_lines] -fichiers f1

nifti_tool -disp_ci I J K T U V W [-dci_lines] -fichiers f1

nifti_tool -mod_hdr [-champ_mod NOM DE DOMAINE NOUVEAU_VAL] [...] -fichiers f1

nifti_tool -mod_nim [-champ_mod NOM DE DOMAINE NOUVEAU_VAL] [...] -fichiers f1

nifti_tool -swap_as_nifti -écraser -fichiers f1

nifti_tool -swap_as_analyze -écraser -fichiers f1

nifti_tool -swap_as_old -écraser -fichiers f1

nifti_tool -add_afni_ext "extension in devis" [...] -fichiers f1

nifti_tool -add_comment_ext "extension in devis" [...] -fichiers f1

nifti_tool -add_comment_ext "déposer FILENAME" [...] -infiles f1

nifti_tool -rm_ext INDEX [...] -fichiers f1

nifti_tool -strip_extras -fichiers f1

nifti_tool -diff_hdr [-champ NOM DE DOMAINE] [...] -fichiers f1 f2

nifti_tool -diff_nim [-champ NOM DE DOMAINE] [...] -fichiers f1 f2

DESCRIPTION

Cet outil peut

afficher, modifier ou comparer les structures nifti dans les jeux de données

copier un jeu de données en sélectionnant une liste de volumes à partir de l'original

copier un ensemble de données, en réduisant toutes les dimensions, chacune dans un seul index

afficher une série temporelle pour un voxel, ou plus généralement, les données de tout effondrement
image, en texte ASCII

Ce programme peut être utilisé pour afficher des informations à partir d'ensembles de données nifti, pour modifier des informations
dans les ensembles de données nifti, pour rechercher les différences entre deux ensembles de données nifti (comme UNIX
commande "diff") et de copier un jeu de données vers un nouveau, soit en restreignant n'importe quelle dimension,
ou en copiant une liste de volumes (la dimension temporelle) à partir d'un jeu de données.

Un seul type d'action est autorisé, par exemple on ne peut pas modifier un ensemble de données et ensuite prendre un "diff".

on peut afficher

tout ou partie des champs de la structure nifti_1_header

tout ou partie des champs de la structure nifti_image

tout ou partie des champs de la structure nifti_analyze75

les extensions dans la structure nifti_image

la série chronologique d'un jeu de données 4-D, étant donné i,j,k

les données de n'importe quelle image réduite, étant donné les dims. liste

on peut vérifier

effectuer une vérification interne sur la structure nifti_1_header (par nifti_hdr_looks_good())

effectuer une vérification interne sur la structure nifti_image (par nifti_nim_is_valid())

on peut modifier

tout ou partie des champs de la structure nifti_1_header

tout ou partie des champs de la structure nifti_image

échanger tous les champs dans la structure d'en-tête NIFTI ou ANALYZE add/rm - any ou all
extensions dans la structure nifti_image remove - toutes les extensions et descriptions
à partir des jeux de données

on peut comparer

une ou toutes les paires de champs des structures nifti_1_header

une ou toutes les paires de champs des structures nifti_image

on peut copier

une liste arbitraire de volumes de jeux de données (points temporels)

un ensemble de données, s'effondrant sur des dimensions arbitraires (en restreignant ces dimensions à
les indices donnés)

on peut créer

un nouvel ensemble de données à partir de rien

Attention: pour savoir quels champs existent dans l'une ou l'autre des structures, ou pour apprendre un champ
type, la taille de chaque élément ou le nombre d'éléments dans le champ, utilisez soit le
l'option "-help_hdr" ou l'option "-help_nim". Aucune autre option n'est requise.

OPTIONS

Vérifiez Options

-check_hdr  : recherchez une structure nifti_1_header valide

Cette action est utilisée pour rechercher des problèmes dans la structure nifti_1_header. Les
La fonction nifti_hdr_looks_good() est utilisée pour le test et vérifie actuellement :

dim[], sizeof_hdr, magie, type de données

D'autres tests peuvent être demandés à l'auteur.

par exemple effectuer des vérifications sur les en-têtes de certains ensembles de données nifti_tool -check_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii nifti_tool -check_hdr -infiles *.nii *.hdr

par exemple, ajoutez l'option -quiet, de sorte que seules les erreurs soient signalées nifti_tool -check_hdr -quiet
-infiles *.nii *.hdr

-check_nim  : vérifier une structure nifti_image valide

Cette action est utilisée pour rechercher des problèmes dans la structure nifti_image. Ceci est testé via
nifti_convert_nhdr2nim() et nifti_nim_is_valid(), bien que d'autres fonctions soient appelées
en dessous d'eux, bien sûr. Les contrôles actuels sont :

dim[], sizeof_hdr, type de données, fname, iname, nifti_type

Notez que la création d'une structure nifti_image dépend de bons champs d'en-tête. donc des erreurs
sont terminaux, ce qui signifie que cette vérification rapporterait probablement au plus une erreur, même si plusieurs
exister. le -check_hdr l'action est plus complète.

D'autres tests peuvent être demandés à l'auteur.

par exemple nifti_tool -check_nim -infiles dset0.nii dset1.nii par exemple nifti_tool -check_nim
-infiles *.nii *.hdr

Créer Options

-make_im : créer un nouveau jeu de données à partir de rien

Avec cela, l'utilisateur peut créer un nouvel ensemble de données d'un style de base, qui peut ensuite être modifié
avec d'autres options. Cela créera des données remplies de zéros de la taille appropriée.

La valeur par défaut est une image de short 1x1x1. Ces paramètres peuvent être modifiés avec le -new_dim
option, pour définir les 8 valeurs de dimension, et le -new_datatype, pour fournir le type intégral
pour les données.

Voir -new_dim, -new_datatype et -infiles pour plus d'informations.

Notez que tout ensemble de données -infiles du nom MAKE_IM sera également créé à la volée.

-new_dim D0 .. D7 : spécifie le tableau de dim pour le nouveau jeu de données.

par exemple -new_dim 4 64 64 27 120 0 0 0

Cette liste de dimensions s'appliquera à tout ensemble de données créé via MAKE_IM ou -make_im. Tous les 8
des valeurs sont requises. Rappelez-vous que D0 est le nombre de dimensions, et D1 à D7 sont
les tailles.

-nouveau_type de données TYPE : spécifiez le tableau de dim pour un nouveau jeu de données.

par exemple -new_datatype 16 par défaut : -new_datatype 4 (court)

Cette liste de dimensions s'appliquera à tout ensemble de données créé via MAKE_IM ou -make_im. TAPER
devrait être l'un des nombres NIFTI_TYPE_*, de nifti1.h.

Copier Options

-copy_brick_list : copier une liste de volumes dans un nouveau jeu de données

-cbl : (une forme alternative plus courte)

-copie_im : (une forme alternative plus courte)

Cette action permet à l'utilisateur de copier une liste de volumes (au fil du temps) d'un ensemble de données vers
un autre. Les volumes répertoriés peuvent être dans n'importe quel ordre et contenir des répétitions, mais sont bien sûr
restreint à l'ensemble des valeurs {1, 2, ..., nt-1}, de la dimension 4.

Cette option est un drapeau. La liste d'index est spécifiée avec l'ensemble de données d'entrée, contenu dans
crochets. Notez que les crochets sont spéciaux pour la plupart des shells UNIX, ils
doivent être contenus entre guillemets simples. Syntaxe d'une liste d'index :

Notes:

les indices commencent à zéro

les indices se terminent à nt-1, qui a le symbole spécial "$"

les indices simples doivent être séparés par des virgules, "," par exemple -infiles
dset0.nii"[0,3,8,5,2,2,2]"

les plages peuvent être spécifiées en utilisant ".." ou "-" par exemple -infiles dset0.nii"[2..95]" par exemple
-infiles dset0.nii"[2..$]"

les plages peuvent avoir des valeurs de pas, spécifiées dans () exemple : 2 à 95 avec un pas de
3, c'est-à-dire {2,5,8,11,...,95} par exemple -infiles dset0.nii"[2 .. 95(3)]"

Cette fonctionnalité s'applique uniquement aux jeux de données en 3 ou 4 dimensions.

par exemple pour copier un ensemble de données : nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii

par exemple pour copier les sous-briques 0 et 7 : nifti_tool -cbl -prefix new_07.nii -infiles
dset0.nii"[0,7]"

par exemple pour copier un ensemble de données entier : nifti_tool -cbl -prefix new_all.nii -infiles
dset0.nii"[0..$]"

par exemple pour copier tous les autres points dans le temps, en sautant les trois premiers : nifti_tool -cbl -prefix
nouveau_partiel.nii -fichiers dset0.nii"[3..$(2)]"

-copy_collapsed_image ... : copie une liste de volumes dans un nouveau jeu de données

-cci IJKTUVW : (une forme alternative plus courte)

Cette action permet à l'utilisateur de copier un jeu de données réduit, où certaines dimensions sont
réduit à un indice donné. Par exemple, la dimension X pourrait être réduite à i=42, et
les dimensions temporelles peuvent être réduites à t=17. Pour réduire une dimension, définissez Di sur le
index souhaité, où i est dans {0..ni-1}. Toute dimension qui ne doit pas être réduite doit
être répertorié comme -1.

N'importe quel nombre (de dimensions valides) peut être réduit, même jusqu'à une seule valeur, en
en spécifiant suffisamment d'indices valides. L'ensemble de données résultant aura alors un nombre réduit de
dimensions non négligeables.

Supposons que dset0.nii a nim->dim[8] = { 4, 64, 64, 21, 80, 1, 1, 1 }. Notez qu'il s'agit d'un
Jeu de données en 4 dimensions.

par exemple copier la série temporelle pour voxel i,j,k = 5,4,17 nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1
-préfixe new_5_4_17.nii

par exemple, lire le volume unique au point temporel 26 nifti_tool -cci -1 -1 -1 26 -1 -1 -1 -prefix
nouveau_t26.nii

Supposons que dset1.nii a nim->dim[8] = { 6, 64, 64, 21, 80, 4, 3, 1 }. Notez qu'il s'agit d'un
Jeu de données en 6 dimensions.

par exemple copier toutes les séries temporelles pour voxel i,j,k = 5,0,17, avec v=2 (et ajouter la commande au
historique) nifti_tool -cci 5 0 17 -1 -1 2 -1 -keep_hist -préfixe nouveau_5_0_17_2.nii

par exemple copier toutes les données où i=3, j=19 et v=2 (je ne prétends pas connaître une bonne raison de le faire
ceci) nifti_tool -cci 3 19 -1 -1 -1 2 -1 -prefix new_mess.nii

Voir "-disp_ci" pour plus d'informations (qui affiche/imprime les données, au lieu de les copier
à un nouvel ensemble de données).

Présentoir Options

-disp_hdr : afficher les champs nifti_1_header pour les ensembles de données

Ce drapeau signifie que l'utilisateur souhaite voir certains des champs nifti_1_header dans un ou plusieurs
ensembles de données nifti. L'utilisateur peut vouloir spécifier plusieurs options "-field" avec cela.
Cette option nécessite une ou plusieurs entrées de fichiers, via "-infiles".

Si aucune option "-field" n'est présente, tous les champs seront affichés.

par exemple pour afficher le contenu de tous les champs : nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

par exemple pour afficher le contenu des champs sélectionnés : nifti_tool -disp_hdr -field dim -infiles
dset0.nii nifti_tool -disp_hdr -field dim -description du champ -infiles dset0.nii

-disp_nim : afficher les champs nifti_image pour les ensembles de données

Cette option d'indicateur fonctionne de la même manière que l'option "-disp_hdr", sauf que les champs dans
question proviennent de la structure nifti_image.

-disp_ana : afficher les champs nifti_analyze75 pour les ensembles de données

Cette option d'indicateur fonctionne de la même manière que l'option "-disp_hdr", sauf que les champs dans
question proviennent de la structure nifti_analyze75.

-disp_exts : afficher toutes les extensions de type AFNI

Cette option d'indicateur est utilisée pour afficher toutes les données nifti_1_extension, uniquement pour ces extensions
de type AFNI (code = 4). La seule autre option utilisée sera "-infiles".

par exemple pour afficher les extensions dans les jeux de données : nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

-disp_ts IJK : affiche les séries temporelles ASCII à i,j,k = I,J,K

Cette option est utilisée pour afficher les données de séries temporelles pour le voxel aux indices i,j,k I,J,K.
Les données sont affichées sous forme de texte, soit sur une seule ligne (par défaut), soit sous la forme d'un nombre par
(via l'option "-dci_lines").

Notes:

Cette fonction s'applique uniquement aux ensembles de données à 4 dimensions.

L'option "-quiet" peut être utilisée pour supprimer l'en-tête de texte, ne laissant que les données.

Cette option est l'abréviation de l'utilisation de "-disp_ci" (afficher l'image réduite), limitée à
Ensembles de données en 4 dimensions. c'est à dire : -disp_ci IJK -1 -1 -1 -1

par exemple pour afficher la série temporelle au voxel 23, 0, 172 : nifti_tool -disp_ts 23 0 172
-infiles dset1_time.nii nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -dci_lines -infiles dset1_time.nii
nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -quiet -infiles dset1_time.nii

-disp_collapsed_image : affiche les valeurs ASCII pour l'ensemble de données réduit

-disp_ci IJKTUVW : (une forme alternative plus courte)

Cette option permet d'afficher toutes les données d'une image repliée, compte tenu de la dimension
liste. Les données sont affichées sous forme de texte, soit toutes sur une seule ligne (par défaut), soit comme une seule
nombre par ligne (en utilisant le drapeau "-dci_lines").

L'option "-quiet" peut être utilisée pour supprimer l'en-tête de texte.

par exemple pour afficher la série temporelle au voxel 23, 0, 172 : nifti_tool -disp_ci 23 0 172 -1 0 0 0
-infiles dset1_time.nii

par exemple pour afficher z-slice 14, à l'instant t=68 : nifti_tool -disp_ci -1 -1 14 68 0 0 0 -infiles
dset1_time.nii

Voir "-ccd" pour plus d'informations, qui copie ces données dans un nouvel ensemble de données, au lieu de
l'imprimer dans la fenêtre du terminal.

Modification Options

-mod_hdr : modifier les champs nifti_1_header pour les ensembles de données

Cette action est utilisée pour modifier certains des champs nifti_1_header dans un ou plusieurs ensembles de données.
L'utilisateur doit spécifier une liste de champs à modifier via une ou plusieurs options "-mod_field",
qui incluent les noms de champs, ainsi que les nouvelles (ensembles de) valeurs.

L'utilisateur peut modifier un jeu de données en place, ou utiliser "-prefix" pour produire un nouveau jeu de données, pour
laquelle les modifications ont été appliquées. Il est recommandé d'utiliser normalement le "-préfixe"
option, afin de ne pas ruiner un jeu de données.

Notez que certains champs ont une longueur supérieure à 1, ce qui signifie que le champ est un tableau de
nombres ou une chaîne de caractères. Pour modifier un tableau de nombres, l'utilisateur doit
fournir le nombre correct de valeurs et contenir ces valeurs entre guillemets, afin qu'elles soient
considérée comme une seule option.

Pour modifier un champ de chaîne, mettez la chaîne entre guillemets.

L'option "-mod_field" prend un field_name et une liste de valeurs.

par exemple pour modifier le contenu de différents champs :

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_champ qoffset_x -17.325

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_champ dim "4 64 64 20 30 1 1 1
1"

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_champ descrip "bière, gosses et
fromage, mmmmm..."

par exemple pour modifier le contenu de plusieurs champs : nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles
dset0.nii -mod_champ qoffset_x -17.325 -mod_field slice_start 1

par exemple pour modifier le contenu de plusieurs fichiers (doit écraser) : nifti_tool -mod_hdr
-écraser -mod_field qoffset_x -17.325 -fichiers dset0.nii dset1.nii

-mod_nim : modifier les champs nifti_image pour les ensembles de données

Cette option d'action est utilisée de la même manière que "-mod_hdr", sauf que les champs dans
question proviennent de la structure nifti_image.

-strip_extras  : supprimer les extensions et les descriptions des ensembles de données

Cette action est utilisée pour tenter de « nettoyer » un ensemble de données de texte général, afin de le rendre
plus anonyme. Les extensions et le champ descrip nifti_image sont effacés par cette action.

par exemple pour supprimer tous les ensembles de données *.nii dans ce répertoire : nifti_tool -strip -overwrite -infiles
*.nii

-swap_as_nifti : échanger l'en-tête selon nifti_1_header

Peut-être qu'un en-tête NIfTI est mal formé et que l'utilisateur veut explicitement l'échanger avant
effectuer d'autres opérations. Cette action permutera les octets de champ sous l'hypothèse
que l'en-tête est au format NIfTI.

** Le plan d'action recommandé est de faire une copie de l'ensemble de données et d'écraser le
en-tête via -overwrite. Si l'en-tête nécessite une telle opération, il est probable que les données
autrement ne serait pas lu correctement.

-swap_as_analyze : échanger l'en-tête selon nifti_analyze75

Peut-être qu'un en-tête ANALYZE est mal formé et que l'utilisateur veut explicitement l'échanger avant
effectuer d'autres opérations. Cette action permutera les octets de champ sous l'hypothèse
que l'en-tête est au format ANALYZE 7.5.

** Le plan d'action recommandé est de faire une copie de l'ensemble de données et d'écraser le
en-tête via -overwrite. Si l'en-tête nécessite une telle opération, il est probable que les données
autrement ne serait pas lu correctement.

-swap_as_old : échanger l'en-tête en utilisant l'ancienne méthode

À partir de la version de bibliothèque 1.35 (3 août 2008), nifticlib permute désormais tous les champs d'un NIfTI
ensemble de données (y compris ceux non utilisés), et il permute les ensembles de données ANALYSER en fonction de la
structure nifti_analyze75. C'est une différence significative dans le cas d'ANALYSE
jeux de données.

L'option -swap_as_old a été ajoutée pour comparer les résultats des méthodes d'échange, ou pour
annuler une méthode de permutation et la remplacer par une autre (par exemple pour annuler l'ancienne méthode et
appliquer le nouveau).

Ajouter, supprimez Options

-add_afni_ext EXT : ajoute une extension AFNI au jeu de données

Cette option permet d'ajouter des extensions de type AFNI à un ou plusieurs jeux de données. Cette option peut
être utilisé plus d'une fois pour ajouter plus d'une extension.

Si EXT est de la forme "file:FILENAME", alors l'extension sera lue à partir du fichier,
NOM DE FICHIER.

L'option "-prefix" est recommandée pour créer un nouveau jeu de données. Dans un tel cas, seul un
un seul fichier peut être pris en entrée. L'utilisation de "-overwrite" permet à l'utilisateur d'écraser le
fichier actuel, ou pour ajouter la ou les extensions à plusieurs fichiers, en les écrasant.

par exemple pour ajouter une extension AFNI générique : nifti_tool -add_afni_ext "wow, my first extension"
-préfixe dnew -fichiers dset0.nii

par exemple pour ajouter plusieurs extensions AFNI : nifti_tool -add_afni_ext "wow, my first extension
:)" -add_afni_ext "Regarde, mon deuxième..." -préfixe dnew -infiles dset0.nii

par exemple pour ajouter une extension et écraser l'ensemble de données : nifti_tool -add_afni_ext "certains AFNI
extension" -écraser -fichiers dset0.nii dset1.nii

-add_comment_ext EXT : ajoute une extension COMMENT au jeu de données

Cette option permet d'ajouter des extensions de type COMMENT à un ou plusieurs jeux de données. Cette option
peut être utilisé plus d'une fois pour ajouter plus d'une extension. Cette option peut également être utilisée
avec "-add_afni_ext".

Si EXT est de la forme "file:FILENAME", alors l'extension sera lue à partir du fichier,
NOM DE FICHIER.

L'option "-prefix" est recommandée pour créer un nouveau jeu de données. Dans un tel cas, seul un
un seul fichier peut être pris en entrée. L'utilisation de "-overwrite" permet à l'utilisateur d'écraser le
fichier actuel, ou pour ajouter la ou les extensions à plusieurs fichiers, en les écrasant.

par exemple pour ajouter un commentaire sur l'ensemble de données : nifti_tool -add_comment "converted from
MY_AFNI_DSET+orig" -préfixe nouveau -fichiers dset0.nii

par exemple pour ajouter plusieurs extensions : nifti_tool -add_comment "ajouter une extension de commentaire"
-add_afni_ext "et une extension de style AFNI XML" -ajouter un commentaire "ensemble de données copié à partir de
dset0.nii" -préfixe dnew -infiles dset0.nii

-rm_ext INDEX : supprime l'extension donnée par INDEX

Cette option est utilisée pour supprimer une seule extension de l'ensemble de données. Plusieurs extensions
nécessitent plusieurs options.

notes - les indices d'extension commencent par 0 (zéro)

pour afficher les extensions actuelles, voir "-disp_exts"

toutes les extensions peuvent être supprimées en utilisant ALL ou -1 pour INDEX

par exemple pour supprimer l'extension #0 : nifti_tool -rm_ext 0 -overwrite -infiles dset0.nii

par exemple pour supprimer TOUTES les extensions : nifti_tool -rm_ext ALL -prefix dset1 -infiles dset0.nii
nifti_tool -rm_ext -1 -prefix dset1 -infiles dset0.nii

par exemple pour supprimer les extensions #2, #3 et #5 : nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext 3 -rm_ext 5
-écraser -fichiers dset0.nii

La différence Options

-diff_hdr : affiche les différences de champ d'en-tête entre deux ensembles de données

Cette option est utilisée pour trouver des différences entre deux ensembles de données. Si des champs sont
différent, le contenu de ces champs est affiché (sauf si l'option "-quiet" est utilisée).

Une liste de champs peut être spécifiée en utilisant plusieurs options "-field". Si pas de "-champ"
est donnée, tous les champs seront cochés.

Exactement deux noms de jeux de données doivent être fournis via "-infiles".

par exemple pour afficher toutes les différences de champ nifti_1_header : nifti_tool -diff_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii

Par exemple, pour afficher les différences de champs nifti_1_header sélectionnés : nifti_tool -diff_hdr -field dim
-champ intent_code -fichiers dset0.nii dset1.nii

-diff_nim : affiche les différences de champ nifti_image entre les ensembles de données

Cette option fonctionne de la même manière que "-diff_hdr", sauf que les champs en question proviennent du
structure nifti_image.

Divers Options

-déboguer LEVEL : définir le niveau de débogage

Le niveau 0 tentera de fonctionner sans sortie d'écran, mais avec des erreurs. Le niveau 1 est le
défaut. Les niveaux 2 et 3 donnent progressivement plus d'informations.

par exemple -debug 2

-champ FIELDNAME : fournissez un champ avec lequel travailler

Cette option permet de fournir un champ à afficher, modifier ou comparer. Cette option peut être
utilisé avec l'une des options d'action présentées ci-dessus.

Voir "-disp_hdr", ci-dessus, pour des exemples complets.

par exemple nifti_tool -field descrip par exemple nifti_tool -field descrip -field dim

-fichiers file0... : fournit une liste de fichiers avec lesquels travailler

Ce paramètre est requis pour toutes les actions, afin de fournir une liste de fichiers à
traiter. Si les noms de fichiers d'entrée n'ont pas d'extension, le répertoire dans lequel nous sommes recherchés
tous les fichiers appropriés (tels que .nii ou .hdr).

Attention: si le nom de fichier a la forme MAKE_IM, alors un nouveau jeu de données sera créé, sans
le besoin d'entrée de fichier.

Voir "-mod_hdr", ci-dessus, pour des exemples complets.

par exemple nifti_tool -infiles file0.nii par exemple nifti_tool -infiles file1.nii file2 file3.hdr

-mod_champ NAME "VALUE_LIST" : fournir de nouvelles valeurs pour un champ

Ce paramètre est obligatoire pour toutes les actions de modification. Si l'utilisateur souhaite modifier
tous les champs d'un ensemble de données, c'est là que les champs et les valeurs sont spécifiés.

NAME est un nom de champ (dans la structure nifti_1_header ou nifti_image
structure). Si l'option d'action est "-mod_hdr", alors NAME doit être le nom d'un
champ nifti_1_header. Si l'action est "-mod_nim", NAME doit provenir d'une nifti_image
structure.

VALUE_LIST doit être une ou plusieurs valeurs, autant que requises pour le champ, contenues dans
devis si plusieurs sont fournis.

Utilisez "nifti_tool -help_hdr" pour obtenir une liste des champs nifti_1_header Utilisez "nifti_tool
-help_nim" pour obtenir une liste des champs nifti_image

Voir "-mod_hdr", ci-dessus, pour des exemples complets.

par exemple en modifiant les champs nifti_1_header : -mod_champ descrip "toge, toge, toge"

-mod_champ qoffset_x 19.4 -mod_field qoffset_z -11

-mod_champ pixdim "1 0.9375 0.9375 1.2 1 1 1 1"

-garder_hist : ajoutez la commande en COMMENTAIRE (à "l'historique")

Lorsque cette option est utilisée, la commande actuelle sera ajoutée en tant que type NIFTI_ECODE_COMMENT
extension. Cela permet de conserver un historique des commandes affectant un ensemble de données.

par exemple -keep_hist

-écraser : toute modification sera apportée aux fichiers d'entrée

Cette option est utilisée pour que toutes les modifications de champ, y compris les ajouts d'extensions ou
suppressions, seront apportées aux fichiers qui sont entrés.

En général, il est recommandé à l'utilisateur d'utiliser l'option "-prefix" pour créer de nouveaux fichiers. Mais
si vous préférez écraser le contenu des fichiers d'entrée, voici comment procéder.

Voir "-mod_hdr" ou "-add_afni_ext", ci-dessus, pour des exemples complets.

par exemple -écraser

-préfixe  : spécifiez un fichier de sortie dans lequel écrire les modifications

Cette option permet de spécifier un fichier de sortie à écrire, après que les modifications aient été
fabriqué. Si des modifications sont apportées, alors "-prefix" ou "-overwrite" est requis.

Si aucune extension n'est donnée, l'extension de sortie sera ".nii".

par exemple -prefix new_dset par exemple -prefix new_dset.nii par exemple -prefix new_dset.hdr

-silencieux : signaler uniquement les erreurs ou les informations demandées

Cette option est équivalente à "-debug 0".

Aide Options

-Aide : afficher cette aide

par exemple nifti_tool -help

-help_hdr : afficher les informations du champ nifti_1_header

par exemple nifti_tool -help_hdr

-help_nim : afficher les informations du champ nifti_image

par exemple nifti_tool -help_nim

-help_ana : afficher les informations du champ nifti_analyze75

par exemple nifti_tool -help_ana

-help_datatypes [TYPE] : affiche la table des types de données

par exemple nifti_tool -help_datatypes par exemple nifti_tool -help_datatypes N

Cela affiche le contenu de la table nifti_type_list. Un "D" ou "N" supplémentaire
Le paramètre restreindra le nom de type aux noms "DT_" ou "NIFTI_TYPE_", "T" testera.

-ver : affiche le numéro de version du programme

par exemple nifti_tool -ver

-historique : afficher l'historique des modifications du programme

par exemple nifti_tool -hist

-nifti_ver : affiche le numéro de version de la bibliothèque nifti

par exemple nifti_tool -nifti_ver

-nifti_hist : afficher l'historique des modifications de la bibliothèque nifti

par exemple nifti_tool -nifti_hist

-avec_zlib : affiche si la bibliothèque a été compilée avec zlib

par exemple nifti_tool -with_zlib

EXEMPLES

A. chèques entête (Pour problèmes):

1. nifti_tool -check_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii 2. nifti_tool -check_hdr -infiles
*.nii *.hdr 3. nifti_tool -check_hdr -quiet -infiles *.nii *.hdr

B. montrer entête différences:

1. nifti_tool -diff_hdr -field dim -field intent_code -fichiers dset0.nii dset1.nii

2. nifti_tool -diff_hdr -new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -fichiers mon_dset.nii MAKE_IM

C. l’affichage structures or des champs:

1. nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii 2. nifti_tool -disp_hdr
-field dim -field description -infiles dset.nii 3. nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
dset1.nii dset2.nii 4. nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -infiles dset1_time.nii 5. nifti_tool
-disp_ci 23 0 172 -1 0 0 0 -infiles dset1_time.nii

6. nifti_tool -disp_ana -infiles analyse.hdr 7. nifti_tool -disp_nim -infiles nifti.nii

D. engendrent a nouvelle jeu de données de rien:

1. nifti_tool -make_im -prefix new_im.nii 2. nifti_tool -make_im -prefix float_im.nii
-new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -nouveau_type de données 16

3. nifti_tool -mod_hdr -mod_field descrip "ensemble de données avec mods" -new_dims 3 10 20 30 0 0 0
0 -préfixe new_desc.nii -infiles MAKE_IM

E. copier base de données, brique liste or s'est effondré image:

1. nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii 2. nifti_tool -cbl -prefix
new_07.nii -infiles dset0.nii"[0,7]" 3. nifti_tool -cbl -prefix new_partial.nii -fichiers
dset0.nii"[3..$(2)]"

4. nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1 -prefix new_5_4_17.nii 5. nifti_tool -cci 5 0 17 -1
-1 2 -1 -garder_hist -préfixe nouveau_5_0_17_2.nii

F. modifier le entête (modifier des champs or échange tout entête):

1. nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_champ dim "4 64 64 20 30 1 1
1 1 "

2. nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_champ descrip "bière, gosses
et du fromage, mmmmm..."

3. cp old_dset.hdr nifti_swap.hdr nifti_tool -swap_as_nifti -overwrite -infiles
nifti_swap.hdr 4. cp old_dset.hdr analyse_swap.hdr nifti_tool -swap_as_analyze -overwrite
-infiles analyse_swap.hdr 5. nifti_tool -swap_as_old -prefix old_swap.hdr -infiles
old_dset.hdr nifti_tool -diff_hdr -infiles nifti_swap.hdr old_swap.hdr

G. bande, ajouter or supprimez rallonges : (dans l'exemple #3, l'extension est copiée à partir d'un texte
fichier)

1. nifti_tool -strip -overwrite -infiles *.nii 2. nifti_tool -add_comment "converti de
MY_AFNI_DSET+orig" -préfixe dnew -infiles dset0.nii

3. nifti_tool -ajouter un commentaire "fichier:mon.extension.txt" \fR -préfixe dnew -infiles dset0.nii

4. nifti_tool -rm_ext ALL -prefix dset1 -infiles dset0.nii 5. nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext
3 -rm_ext 5 -écraser -fichiers dset0.nii

Utilisez nifti_tool en ligne à l'aide des services onworks.net