Il s'agit de la commande norsnet qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
norsnet - identifie les boucles non structurées de la séquence
SYNOPSIS
norsnet
DESCRIPTION
NORSnet est une méthode basée sur un réseau de neurones qui se concentre sur l'identification de
boucles non structurées.
NORSnet a été formé pour faire la distinction entre de très longs segments contigus avec des
structure secondaire (régions NORS) et protéines bien repliées. NORSnet a été formé sur
des informations prédites plutôt que sur des données expérimentales. Par conséquent, il a été optimisé sur un
des données volumineuses, qui ne sont pas biaisées par les moyens expérimentaux actuels de capture du désordre. Ainsi,
NORSnet a atteint des régions dans l'espace de séquence qui ne sont pas couvertes par le
prédicteurs de troubles. Un inconvénient de cette approche est qu'elle n'est pas optimale pour le
identification de la région désordonnée "moyenne".
Conversion of PSI-BLAST alignement à PSSS le format
La procédure la plus récente est disponible sur
.
1. Convertissez la sortie BLAST en un format d'alignement unique (SAF) :
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
saf=
2. Convertissez le format SAF en HSSP :
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq
3. Filtrez les résultats à 80% de redondance :
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl rouge=80 fileOut=
Sortie le format
Sortie mode 1
Sortie tabulaire, colonnes :
nombre d'acides aminés pos (1..)
res résidu code à 1 lettre
node1 sortie du réseau de neurones node 1
node2 sortie du réseau de neurones node 2
pred noeud1 / ( noeud1 + noeud2 )
n40 avant < 0.40 ? '-' : 'N'
n40fil au moins 31 AA longues étendues de 'N' dans n40
n59 avant < 0.59 ? '-' : 'N'
n59fil au moins 31 AA longues étendues de 'N' dans n59
« N » est pour la structure secondaire non régulière.
Références
Schlessinger, A., Liu, J. et Rost, B. (2007). Les boucles nativement non structurées diffèrent de
autres boucles. PLoS Comput Biol, 3(7), EX140.
OPTIONS
FASTA_FILE
Fichier contenant la séquence d'acides aminés de la protéine au format fasta.
RDBPROF_FILE
Prédiction de la structure secondaire et de l'accessibilité des solvants par PROF au format rdb.
HSSP_FILE
Fichier de profil d'alignement PSI-BLAST converti au format HSSP.
FICHIER DE SORTIE
Le nom du fichier de sortie NORSnet final.
PROFBVAL_FILE
Prédiction des résidus flexibles/rigides par val prof(1) au format rdb (mode 5).
OUTPUT_MODE
NORSnet peut créer des fichiers de sortie dans différents formats à des fins différentes. Valide
les modes sont '1', '2' ou '3'. Mode par défaut: 1.
- Mode par défaut. Utilisez ceci lorsque vous ne voulez pas donner de valeur ici mais que vous voulez
spécifier déboguer.
1 pour métatrouble(1)
DEBUG
Défini sur 1 pour les messages de débogage
SORTIE
numéro -
nombre de résidus
résidu -
type de résidu
cru -
valeur brute de la différence entre les deux nœuds de sortie
EXEMPLES
norsnet /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.f /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.hssp cad23.norsnet cad23 /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.profbval
ENVIRONNEMENT
NORSNET_ROOT
Remplace /usr/share/norsnet, le chemin d'accès aux scripts d'aide et aux fichiers de données.
Utiliser norsnet en ligne en utilisant les services onworks.net
