Il s'agit de la commande obfit qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
obtenir — superposer deux molécules en fonction d'un motif
SYNOPSIS
obtenir Modèle SMARTS fichier-fixe fichier de sortie
DESCRIPTION
Superposer deux molécules à l'aide d'un ajustement de quaternion. Les atomes utilisés pour ajuster les deux molécules
sont définis par le modèle SMARTS donné par l'utilisateur. Il est utile d'aligner des séries congénères
de molécules sur un échafaudage structurel commun pour les études 3D-QSAR. Il peut également être utile pour
afficher les résultats de la génération conformationnelle.
Toutes les molécules correspondant au modèle SMARTS fourni seront tournées et traduites pour fournir
le plus petit RMSD possible entre les régions correspondantes. Si une molécule ne correspond pas au
modèle SMARTS, il sera généré sans transformation.
EXEMPLES
Alignez toutes les molécules de 'testmv.sdf' sur une seule molécule de 'testref.sdf' en
en les superposant à sa partie N-méthylpipéridyle (et en produisant un nouveau fichier SD vers le
sortie standard):
obfit '[nh]1c2c(=O)n(C)c(=O)n(C)c2cc1' testref.sdf testmv.sdf
Utilisez obfit en ligne en utilisant les services onworks.net
