Il s'agit de la commande obgrep qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
obgrep — un programme de recherche moléculaire avancée utilisant SMARTS
SYNOPSIS
obgrep [OPTIONS] « modèle SMARTS » nom de fichier
DESCRIPTION
L'outil obgrep peut être utilisé pour rechercher des molécules dans des fichiers de base de données multi-molécules
(par exemple, SMILES, SDF, etc.) ou sur plusieurs fichiers.
OPTIONS
Si seul un nom de fichier est donné, obgrep tentera de deviner le type de fichier à partir du nom de fichier
extension.
-c Imprimer le nombre de correspondances
-f Correspondance complète, n'imprime les molécules correspondantes que lorsque le nombre d'atomes lourds est également égal
au nombre d'atomes dans le motif SMARTS
-i le format
Spécifie le format d'entrée et de sortie, voir babel(1) pour les formats disponibles
-n N'imprimer que le nom des molécules
-t # Imprimez une molécule uniquement si le motif apparaît # fois à l'intérieur de la molécule
-v Inverser la correspondance, imprimer les molécules non correspondantes
EXEMPLES
Notez que dans tous les exemples, le modèle SMARTS est entouré de guillemets simples « ... » pour garantir
il n'est pas modifié par le shell.
Imprimez toutes les molécules avec un groupe méthylamine :
obgrep 'CN' database.smi
Imprimez toutes les molécules sans groupe méthylamine :
obgrep -v 'CN' database.smi
Imprimez le nombre de molécules sans groupe méthylamine :
obgrep -v -c 'CN' database.smi
Imprimer la méthylamine (si elle existe dans le fichier) :
obgrep -f 'CN' database.smi
Imprimer la méthylamine et/ou le méthanol (s'ils existent) :
obgrep -f 'C[N,O]' database.smi
Imprimer toutes les molécules avec du carbone aromatique dans tous les fichiers SMILES du répertoire (c'est-à-dire *.smi)
obgrep 'c' *.smi
Utiliser obgrep en ligne à l'aide des services onworks.net