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phyutility - En ligne dans le Cloud

Exécutez phyutility dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande phyutility qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

Nom


phyutility - outils pour manipuler les séquences et les phylogénies

SYNOPSIS


phyutilité

DESCRIPTION


Phyutility est un programme en ligne de commande qui effectue des analyses ou des modifications simples sur
à la fois des arbres et des matrices de données.

OPTIONS


Pour obtenir de l'aide sur une commande spécifique, utilisez l'option -h

COMMANDES
pour des arbres:

consensus
Calculer les arbres de consensus. Utilisez comme -con -t -dans -dehors
.

convertir
Convertir des fichiers d'arborescence. Utilisez comme -vert -in -dehors .

poignarder
Calcul de l'indice de stabilité des feuilles. Utilisez comme -ls -in .

linmove
Calcul de mouvement de lignage. Utilisez comme -lm -names -arbre
-dans -dehors .

pruneau
Tailler les lignées. Utilisez comme -pr -names -dans -dehors .

rerooter
Re-enraciner les arbres. Utilisez comme -rr -names -dans -dehors .

mince
Arbres minces. Utilisez comme -tt # -in -dehors .

arbresupp
Support pour un ensemble d'arbres. Utilisez comme -ts -tree -dans -dehors .

pour séquences :

espace extérieur plus propre,
Coupez les séquences en fonction du seuil. Utilisez comme -clean # -in -dehors -aa
.

concat
Concaténer les alignements. Utilisez comme -concat -in -dehors -aa
forcer aa>.

nbiget
Récupérer les séquences de NCBI. Pour les options, exécutez phyutility -h ncbiget.

ncbirecherche
Recherchez NCBI. Pour les options, exécutez phyutility -h ncbisearch.

analyser
Analyser les résultats de la banque de données. Pour les options, exécutez phyutility -h parse.

EXEMPLE


phyutility -con -t 0.5 -in testall.tre -out test.con
Consensus l'ensemble des arbres dans testall.tre s'effondrant branches avec moins de 0.5
fréquences.

phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
Convertissez le fichier tree de newick dans test.tre en nexus dans testvert.nex.

phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
Concaténez 2 fichiers d'alignement dans nexus dans testall.nex.

Utiliser phyutility en ligne à l'aide des services onworks.net


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