Il s'agit de la commande picard-tools qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
picard-tools - manipule les fichiers SAM et BAM
SYNOPSIS
picard-outils COMMAND [OPTION] ...
DESCRIPTION
Le format SAM (Sequence Alignment/Map) est un format générique pour le stockage de gros nucléotides
alignements de séquences.
Picard Tools inclut ces utilitaires pour manipuler les fichiers SAM et BAM :
AddOrReplaceReadGroups
BamVersBfq
BamIndexStats
BuildBamIndex
CalculerHsMetrics
Clean Sam
Collecter les métriques de résumé d'alignement
CollecterGcBiasMetrics
CollectInsertSizeMetricsCollectInsertSizeMetrics
Collecter des métriques multiples
Collecter les métriques Pcr ciblées
CollectRnaSeqMetrics
Comparez les SAM
Créer un dictionnaire de séquences
Sous-échantillonSam
Extraire IlluminaBarcodes
Estimer la complexité de la bibliothèque
FastqVersSam
FiltreSamRead
Informations FixMate
IlluminaBasecallsToFastq
IlluminaBasecallsToSam
VérifierIlluminaDirectory
IntervalListeOutils
Marquer les doublons
MoyenneQualitéParCycle
Fusionner l'alignementBam
Fusionner les fichiers Sam
Fusionner Vcfs
NormaliserFasta
Extraire les séquences
QualitéScoreDistribution
RéorganiserSam
RemplacerSamHeader
RevenirSam
Convertisseur SamFormat
SamVersFastq
TrierSam
Convertisseur de Format Vcf
SplitVcfs
ValiderSamFile
VoirSam
DE LA LIGNE BOGUES
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