Il s'agit de la commande primeDTLSR qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
primeDTLSR - Outil d'inférence d'arborescence d'invité dans l'hôte
SYNOPSIS
premierDTLSR [OPTIONS] fichier seq fichier hôte [fichier gs]
DESCRIPTION
Inférence d'arborescence d'invité dans l'hôte permettant une analyse de réconciliation à l'aide du DTLRS sous-jacent
maquette. Propriétés du modèle :
1) La topologie de l'arbre invité évolue à l'intérieur de l'arbre hôte par duplication, perte
et des événements de transfert horizontaux guidés par des taux homogènes, un peu comme une naissance-décès
traiter. Les lignages se ramifient de manière déterministe aux nœuds de l'arbre hôte.
2) Horloge moléculaire détendue ; variation du taux d'évolution de la séquence sur les bords de l'arbre invité.
Les taux sont tirés iid de la distribution spécifiée. Aussi, la variation des taux sur les sites
peut être ajouté, en utilisant une distribution gamma discrétisée avec une moyenne de 1.
3) modèle de substitution de choix ; standard ou défini par l'utilisateur. La mise en œuvre utilise un
discrétisation de l'arbre hôte pour approximer la probabilité de tous les
réalisations de réconciliation pour l'état actuel du paramètre.
L'implémentation utilise une discrétisation de l'arbre hôte pour approximer la probabilité
de toutes les réalisations de rapprochement possibles pour l'état actuel du paramètre.
fichier seq est un fichier avec des séquences alignées pour les feuilles d'arbre invité.
fichier hôte est un fichier PrIME Newick avec arbre hôte incl. temps de divergence. Les feuilles doivent avoir
le temps 0 et la racine ont le temps > 0.
fichier gs est un fichier délimité par des tabulations reliant les feuilles de l'arbre invité aux feuilles de l'arbre hôte si les informations ne sont pas
inclus dans fichier hôte.
OPTIONS
-h, -u, -?
Afficher l'aide (ce texte).
-o DOSSIER
Nom du fichier de sortie. La valeur par défaut est stderr.
-s UNSIGNED_INT
Graine pour générateur de nombres pseudo-aléatoires. La valeur par défaut est la valeur aléatoire.
-i UNSIGNED_INT
Nombre d'itérations. La valeur par défaut est .
-t UNSIGNED_INT
Amincissement, c'est-à-dire échantillonner chaque -ième itération. La valeur par défaut est .
-w UNSIGNED_INT
Sortie des diagnostics sur stderr tous les -ième échantillon. La valeur par défaut est .
-q Ne pas émettre de diagnostics. Non silencieux par défaut.
-m MCMC|PDHC|PD
Type d'exécution (MCMC, escalade de densité postérieure à partir des valeurs initiales, ou simplement
densité postérieure initiale). La valeur par défaut est .
-Pm UniformAA|JC69|JTT|UniformCodon|ArveCodon
Modèle de substitution. par défaut.
-Le sien ADN|Acide aminé|Codon
... flotter(n*(n-1)/2)>
Modèle de substitution défini par l'utilisateur. La taille de Pi et R doit correspondre au type de données (ADN : n=4,
Acide aminé : n=20, Codon : n=62). R est donné comme une matrice triangulaire supérieure aplatie.
N'utilisez pas les deux options -Su et -Sm.
-Sn UNSIGNED_INT
Nombre d'étapes de la distribution gamma discrétisée pour le taux d'évolution de séquence
variation selon les sites. La valeur par défaut est (aucune variation).
-Ed Gamma|InvG|LogN|Uniforme
Distribution de la variation du taux d'IID entre les arêtes. La valeur par défaut est .
-ep FLOAT FLOAT
Moyenne initiale et variance de la distribution du taux de bord. Les valeurs par défaut sont et .
-Ef Correction de la moyenne et de la variance de la distribution du taux de bord. Non fixe par défaut.
-Gi DOSSIER
Nom de fichier avec la topologie initiale de l'arborescence des invités.
-Gg Corrige la topologie initiale de l'arbre invité, c'est-à-dire qu'il n'y a pas d'échange de branches. Non fixé par
défaut.
-Pb FLOAT FLOAT FLOAT
Taux de duplication, de perte et de transfert initiaux. Les valeurs par défaut sont , et .
-Bf Corrigez les taux de duplication, de perte et de transfert aux valeurs initiales. Non fixe par défaut.
-Bt FLOAT
Remplacer l'intervalle de temps du bord au-dessus de la racine dans l'arborescence hôte. Doit être supérieur à 0.
La valeur par défaut est contenue dans le fichier.
-Dt FLOAT
Pas de temps de discrétisation approximatif. Défini sur 0 pour diviser les générations de bords en
même quantité de pièces (voir -Di). La valeur par défaut est .
-Di UNSIGNED_INT
Nombre minimum de sous-intervalles de discrétisation par génération d'arêtes. Si -Dt est mis à 0,
cela devient le nombre exact de sous-intervalles. Minimum 2. @Par défaut à
conf_value_from_cmake_DiscMinIvs@.
-C UNSIGNED_INT
Nombre de comptes de transfert pendant l'échantillonnage. La valeur par défaut est .
-r Redimensionnez l'arborescence hôte de sorte que le temps racine à feuille soit égal à 1.0. Tout déduit
les paramètres se rapporteront à la nouvelle échelle. Désactivé par défaut.
-Z Ne pas imprimer le temps passé sur le mur et le temps CPU
-W Ne pas imprimer la ligne de commande
-les informations de débogage
Afficher divers info à stderr avant d'itérer. Non affiché par défaut.
EXIT STATUT
0 Exécution réussie du programme.
1 Une erreur s'est produite
URL
La page d'accueil de prime-phylo : http://prime.sbc.su.se
Utilisez primeDTLSR en ligne à l'aide des services onworks.net
