Il s'agit de la commande primeGSRf qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
primeDLRS, primeGSRf - Outil de réconciliation d'arborescence d'invité dans l'hôte
SYNOPSIS
premierDLRS [OPTIONS] fichier seq fichier hôte [fichier gs]
DESCRIPTION
Outil de réconciliation d'arborescence d'invité dans l'hôte, permettant l'analyse, par exemple, des topologies d'arborescence d'invité,
propriétés de rapprochement et taux de duplication-perte. Basé sur un framework MCMC bayésien
en utilisant le modèle GSR sous-jacent. L'ancien nom du programme, primeGSRf, est toujours disponible en tant que
lien symbolique vers primeDLRS.
1) la topologie de l'arbre invité et ses temps de divergence sont modélisés avec une duplication-
processus de perte conformément au modèle d'évolution génétique (GEM).
2) l'évolution de la séquence est modélisée avec un modèle de substitution défini par l'utilisateur.
3) variation du taux d'évolution de la séquence sur les bords de l'arbre invité (horloge moléculaire détendue)
sont modélisés avec des valeurs iid d'une distribution sélectionnée par l'utilisateur.
4) la variation du taux d'évolution des séquences sur les sites (positions) est modélisée selon
une distribution Gamma discrétisée.
L'implémentation utilise une discrétisation de l'arbre hôte pour effectuer ses calculs.
Veuillez examiner les options disponibles, car vous devrez modifier les paramètres par défaut. Option -r
peut être utile pour éviter les problèmes numériques dus à la mise à l'échelle.
fichier seq est un fichier avec des séquences alignées pour les feuilles d'arbre invité.
fichier hôte est un fichier PrIME Newick avec arbre hôte incl. temps de divergence. Les feuilles doivent avoir
le temps 0 et la racine ont le temps > 0.
fichier gs est un fichier délimité par des tabulations reliant les feuilles de l'arbre invité aux feuilles de l'arbre hôte si les informations ne sont pas
inclus dans fichier hôte.
OPTIONS
-h, -u, -?
Afficher l'aide (ce texte).
-o DOSSIER
Nom du fichier de sortie. La valeur par défaut est stderr.
-s UNSIGNED_INT
Graine pour générateur de nombres pseudo-aléatoires. La valeur par défaut est la valeur aléatoire.
-i UNSIGNED_INT
Nombre d'itérations. La valeur par défaut est .
-t UNSIGNED_INT
Amincissement, c'est-à-dire échantillonner chaque -ième itération. La valeur par défaut est .
-w UNSIGNED_INT
Sortie des diagnostics sur stderr tous les -ième échantillon. La valeur par défaut est .
-q Ne pas émettre de diagnostics. Non silencieux par défaut.
-m MCMC|PDHC|PD
Type d'exécution (MCMC, escalade de densité postérieure à partir des valeurs initiales, ou simplement
densité postérieure initiale). La valeur par défaut est .
-Pm UniformAA|JC69|F81|JTT|UniformCodon|ArveCodon
Modèle de substitution. par défaut.
-Le sien ADN|Acide aminé|Codon
... flotter(n*(n-1)/2)>
Modèle de substitution défini par l'utilisateur. La taille de Pi et R doit correspondre au type de données (ADN : n=4,
Acide aminé : n=20, Codon : n=62). R est donné comme une matrice triangulaire supérieure aplatie.
N'utilisez pas les deux options -Su et -Sm.
-Sn UNSIGNED_INT
Nombre d'étapes de la distribution gamma discrétisée pour le taux d'évolution de séquence
variation selon les sites. La valeur par défaut est (aucune variation).
-Ed Gamma|InvG|LogN|Uniforme
Distribution de la variation du taux d'évolution de la séquence iid sur les bords de l'arbre invité.
La valeur par défaut est (à ne pas confondre avec -Sn).
-ep FLOAT FLOAT
Moyenne initiale et variance du taux d'évolution de la séquence. Par défaut, la règle de simple
pouce basé sur les heures de l'arbre hôte.
-Ef Correction de la moyenne et de la variance du taux d'évolution de la séquence. Non fixe par défaut.
-Gi DOSSIER
Nom de fichier avec la topologie initiale de l'arborescence des invités.
-Gg Corrige la topologie initiale de l'arbre invité, c'est-à-dire qu'il n'y a pas d'échange de branches. Non fixé par
défaut.
-Éq Corriger les longueurs initiales des bords de l'arbre invité (en plus de la topologie), c'est-à-dire corriger le bord
longueurs. Non fixe par défaut.
-Pb FLOAT FLOAT
Taux de duplication et de perte initiaux. Les valeurs par défaut sont et .
-Bf Correction des taux de duplication et de perte initiaux. Non fixe par défaut.
-Bt FLOAT
Remplacer l'intervalle de temps du bord au-dessus de la racine dans l'arborescence hôte. Si la valeur est <=0, le span
sera défini pour être égal au temps racine-feuille. La valeur par défaut est la valeur dans le fichier d'arborescence hôte.
Voir aussi l'option -Dtt.
-Dt FLOAT
Pas de temps de discrétisation approximatif. Mis à 0 pour diviser chaque arête en autant
pièces (voir -Di). La valeur par défaut est . Voir -Dtt pour le bord au-dessus de la racine.
-Di UNSIGNED_INT
Nombre minimum de pièces pour découper chaque arête. Si -Dt est défini sur 0, cela devient le
nombre exact de pièces. Minimum 2. La valeur par défaut est . Voir -Dtt pour le bord au-dessus de la racine.
-TNT UNSIGNED_INT
Remplacer le nombre de points de discrétisation pour le bord au-dessus de la racine dans l'arbre hôte. Par
par défaut, quel que soit le laps de temps, il est défini sur le nombre de points pour un
bord (hypothétique) de la racine à la feuille
-r Redimensionnez l'arborescence hôte de sorte que le temps racine à feuille soit égal à 1.0. Tout déduit
les paramètres se rapporteront à la nouvelle échelle. Désactivé par défaut. Notez que la discrétisation
les paramètres ne sont PAS redimensionnés.
-Z Ne pas imprimer le temps passé sur le mur et le temps CPU
-W Ne pas imprimer la ligne de commande
-les informations de débogage
Afficher divers info à stderr avant d'itérer. Non affiché par défaut.
EXIT STATUT
0 Exécution réussie du programme.
1 Une erreur s'est produite
URL
La page d'accueil de prime-phylo : http://prime.sbc.su.se
Utilisez primeGSRf en ligne en utilisant les services onworks.net
