Il s'agit de la commande probabel qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
probabel - Wrapper autour des trois binaires ProbABEL, simplifiant leur utilisation
SYNOPSIS
probabiliste CHROM-START CHROM-STOP MÉTHODE COHORTE MODÈLE PHENOTYPE [AUTRES OPTIONS]
DESCRIPTION
probabiliste est un wrapper autour des trois binaires ProbABEL : palinéaire, palogiste et pacoxph.
Il est conçu pour simplifier l'exécution d'une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) en sauvegardant le
le temps précieux de l'utilisateur de deux manières :
1) il exécute l'analyse de régression de tous les chromosomes de CHROM-START à CHROM-STOP.
2) Contrairement aux trois binaires mentionnés ci-dessus, avec probabiliste l'utilisateur n'a pas besoin
pour préciser les emplacements des fichiers de données génétiques requis. Leur emplacement est au centre
géré dans un fichier de configuration (/etc/probabel_config.cfg par défaut).
OPTIONS
Requis commander en ligne Options
CHROM-START
Numéro du chromosome à partir duquel commencer l'analyse.
FIN CHROMÉE
Numéro du chromosome auquel terminer l'analyse.
Notez que l'analyse d'un seul chromosome peut être exécutée en spécifiant le même nombre pour
CHROM-START et votre CHROM-STOP. En fait, c'est la façon d'exécuter l'analyse pour le X ou Y
chromosome
MÉTHODE La méthode de régression à utiliser peut être l'une des linéaire, la logistique, or coxph.
COHORTE Le nom de la cohorte tel que défini dans le /etc/probabel_config.cfg déposer. En utilisant le
identifiant de cohorte du fichier de configuration que les trois binaires réels de ProbABEL connaissent
où trouver les fichiers d'informations génotypiques (fichiers de dosage et/ou de probabilité
des dossiers).
MODÈLE Le modèle génétique à utiliser. Peut être soit --additif pour le modèle additif
(nécessite des données de génotype sous forme posologique), ou --tous les modèles pour exécuter tous les modèles génétiques :
additif, récessif, dominant, sur-dominant et 2df.
PHENOTYPE
Le nom du fichier phénotype, sans son extension (qui doit être .PHE!).
Autre Options
Toutes les options listées après les précédentes (obligatoires) seront répercutées sur le sous-jacent
binaire: palinéaire, palogiste or pacoxph, en fonction de la MÉTHODE.
L'option la plus couramment utilisée est la -o option, suivie d'un nom de fichier, cela spécifie
le début du nom de fichier pour les fichiers de sortie.
Supplémentaire Options
-h, --Aidez-moi Obtenez de l'aide supplémentaire sur la façon d'exécuter probabiliste. Dans ce cas, aucun des autres
les options doivent être spécifiées.
EXEMPLES
Cela exécute une analyse d'association à l'échelle du génome en utilisant la régression linéaire et la génétique additive
modèle sur cohorte Ma_Large_Cohorte pour le phénotype mon_phénotype:
probabel 1 22 linéaire "My_Large_Cohort" --additive my_phenotype
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