Il s'agit de la commande probalign qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
probalign - Aligne les séquences dans MFAFILE(s) et imprime le résultat sur la sortie standard
DESCRIPTION
PROBALIGN Version 1.4 (novembre 2010) aligne plusieurs séquences de protéines et imprime sur le
sortie standard. Écrit par Satish Chikkagoudar et Usman Roshan en utilisant le code de PROBCONS
version 1.1 (écrit par Chuong Do) et basé sur probA (écrit par Ulrike Muckstein).
PROBALIGN 1.4 est livré avec ABSOLUMENT AUCUNE GARANTIE. Il s'agit d'un logiciel gratuit, et vous êtes
bienvenue à le redistribuer sous certaines conditions. Consultez le fichier readme pour plus de détails.
Usage:
probalign [OPTION]... [FICHIER MFA]...
Description:
Alignez les séquences dans MFAFILE(s) et imprimez le résultat sur la sortie standard
-clustalw
utiliser le format de sortie CLUSTAW au lieu de MFA
-v, --verbeux
signaler la progression lors de l'alignement (par défaut : désactivé)
-a, --ordre d'alignement
imprimer les séquences dans l'ordre d'alignement plutôt que dans l'ordre d'entrée (par défaut : désactivé)
-T, -Température
Définit le paramètre de température thermodynamique
(par défaut : 5 (pour le mode de données de protéines), 1 (pour le mode de données de nucléotides)).
-score_matrice, --score_matrice
Définit le type de matrice de notation utilisée pour calculer les probabilités postérieures
(par défaut : gonnet_160, représentant gonnet 160, reportez-vous au fichier README pour plus de détails)
-aller, --écart-ouvert
Cette option peut être utilisée pour spécifier le paramètre d'ouverture de l'écart. La valeur par défaut pour Gonnet
160 (protéine) vaut 22 et le nucléotide (matrice simple) vaut 4.
-donner, --gap-extension
Cette option peut être utilisée pour spécifier le paramètre d'extension de l'intervalle. La valeur par défaut pour
Gonnet 160 (protéine) vaut 1 et nucléotide (matrice simple) vaut 0.25.
-nuc
Spécifiez cette option pour indiquer que les séquences saisies sont des séquences nucléotidiques
-prot
Spécifiez cette option pour indiquer que les séquences saisies sont des séquences de protéines
[DÉFAUT]
-showPP
Affiche les probabilités postérieures des colonnes d'alignement sous la forme d'une nouvelle séquence nommée
Probabilités postérieures (les valeurs de probabilité sont mises à l'échelle entre des nombres entiers
entre 0 et 9).
Utilisez probalign en ligne en utilisant les services onworks.net
