C'est la commande prodigue qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
prodigal - programme de recherche de gènes microbiens (bactériens et archéens)
SYNOPSIS
prodigue [-a fichier_trans] [-c] [-d fichier_nuc] [-f le type de sortie] [-g table_tr] [-h] [-i
fichier_entrée] [-m] [-n] [-o fichier_sortie] [-p mode] [-q] [-s fichier_départ] [-t fichier_formation]
[-v]
DESCRIPTION
Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) est un agent microbien (bactérien
et archaeal) programme de recherche de gènes développé au Oak Ridge National Laboratory et au
Université du Tennessee.
OPTIONS
-a: Écrire des traductions de protéines dans le fichier sélectionné.
-c: Extrémités fermées. Ne laissez pas les gènes s'échapper.
-d: Écrire les séquences nucléotidiques des gènes dans le fichier sélectionné.
-f: sélectionnez le format de sortie (gbk, gff ou sco). La valeur par défaut est gbk.
-g: spécifiez une table de traduction à utiliser (11 par défaut).
-h: Imprimer le menu d'aide et quitter.
-i: spécifiez le fichier d'entrée (lit par défaut à partir de stdin).
-m: Traitez les séries de n comme des séquences masquées et ne construisez pas de gènes à travers elles.
-n: Contournez l'entraîneur Shine-Dalgarno et forcez le programme à rechercher des motifs.
-o: spécifiez le fichier de sortie (par défaut écrit sur stdout).
-p: Sélectionnez la procédure (simple ou méta). La valeur par défaut est unique.
-q: Exécuter tranquillement (supprimer la sortie normale de stderr).
-s: Écrivez tous les gènes potentiels (avec les scores) dans le fichier sélectionné.
-t: Écrire un fichier d'entraînement (s'il n'en existe pas) ; sinon, lisez et utilisez le
dossier de formation.
-v: Imprimer le numéro de version et quitter.
Utilisez prodigal en ligne en utilisant les services onworks.net
