Il s'agit de la commande pymol qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
pymol - package de graphisme et de modélisation moléculaire gratuit et flexible
SYNOPSIS
pymol [Options] [fichiers]
DESCRIPTION
Au fil des ans, PyMOL est devenu un visualiseur moléculaire capable prenant en charge les animations,
rendu de haute qualité, cristallographie et autres activités graphiques moléculaires courantes.
Il a été adopté par des centaines (voire des milliers) de scientifiques répartis dans
trente pays. Cependant, PyMOL est encore en grande partie un travail en cours, avec le développement
devrait se poursuivre dans les années à venir.
OPTIONS
Ces options sont actuellement prises en charge :
-2 Démarrez en mode souris à deux boutons.
-c Mode ligne de commande, pas d'interface graphique. Pour les opérations par lots.
-d un magnifique
Exécutez la chaîne de commande pymol au démarrage.
-e Démarrez en mode plein écran.
-f #ligne
Contrôle l'affichage des commandes et des commentaires dans OpenGL (0=de rabais).
-g fichier.png
Écrire un fichier PNG (après avoir évalué les arguments précédents)
-i Désactivez l'interface graphique interne d'OpenGL (liste d'objets, menus, etc.)
-l fichier.py
Générez un programme python dans un nouveau thread.
-o Désactivez les protections de sécurité pour les fichiers de session.
-p Écoutez les commandes sur l'entrée standard.
-q Lancement silencieux. Supprimer l'écran de démarrage et autres bavardages.
-r fichier.py
Exécutez un programme Python (en __principal__) au démarrage.
-s scénario
Enregistrez les commandes dans ce script ou fichier de programme PyMOL.
-t Utilisez le module GUI externe basé sur Tcl/Tk (pmg_tk).
-u scénario
Chargez et ajoutez à ce script ou fichier de programme PyMOL.
-x Désactivez le module GUI externe.
-B Activer le signal stéréo de la ligne bleue (pour Mac stéréo)
-G Démarrez en mode Jeu.
-M Forcer le mono même lorsque la stéréo matérielle est présente.
-R Lancez l'écouteur XMLRPC de Greg Landrum.
-S Forcer et lancer en stéréo, si possible.
-X int -Y int -W int -H int -V int
Ajustez la géométrie de la fenêtre.
Tous fichiers fourni sera chargé ou exécuté après le démarrage de PyMOL. Ils peuvent avoir l'un des
extensions suivantes :
.pml script de commande PyMOL à exécuter au démarrage
.py[cm] Programme Python à exécuter au démarrage
Fichier au format .pdb Protein Data Bank à charger au démarrage
Format de macromodèle .mmod à charger au démarrage
Fichier .mol MDL MOL à charger au démarrage
Fichier .sdf MDL SD à analyser et à charger au démarrage
Fichier .xplor X-PLOR Map (ASCII) à charger au démarrage
.ccp4 CCP4 map file (BINARY) à charger au démarrage
.cc[12] Fichier de coordonnées cartésiennes 3D ChemDraw
Modèle ChemPy mariné .pkl (classe "chempy.model.Indexé")
Fichier .r3d Raster3D
Fichier .cex CEX (métaphorique)
.top fichier de topologie AMBER
Fichier de coordonnées .crd AMBER
.rst fichier de redémarrage AMBER
Trajectoire .trj AMBER
Fichier de session .pse PyMOL
Carte de potentiel électrostatique Delphi/Grasp .phi
Pour une liste d'options, vous pouvez également entrer ce qui suit dans la ligne de commande de pymol:
vous aider lancement
COMMANDES
Veuillez vous référer à la documentation en ligne de PyMols à l'adresse
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: Commandes ou son aide interne pour une commande
référence.
Utilisez pymol en ligne en utilisant les services onworks.net