Il s'agit du carquois de commande qui peut être exécuté dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
carquois - appelant au consensus génomique conçu pour les données de Pacific Biosciences
DESCRIPTION
Trembler est un algorithme pour appeler un consensus très précis à partir de plusieurs lectures PacBio,
en utilisant une paire HMM exploitant à la fois les appels de base et les métriques QV pour déduire le véritable sous-jacent
séquence d'ADN.
Sauvegarde de filet exigences
Pour rendre les appels de consensus les plus précis possibles, Quiver utilise une batterie de
métriques de valeur de qualité calculées par l'appelant de base. Si vous utilisez un SMRTportal
version d'installation 1.4 ou ultérieure, alors SMRTportal chargera toutes les informations Quiver
besoins, vous pouvez donc ignorer le reste de cette section.
Dans les versions 1.3.3 et antérieures de SMRTportal, par défaut, seul un sous-ensemble de ces valeurs de qualité
sont inclus dans le .cmp.h5 fichiers produits par SMRTanalysis. Pour obtenir un .cmp.h5 avec toute l'
QV chargés, vous devrez utiliser le RS_Mapping_QV protocole pour créer un cmp.h5 fichier pour
Trembler.
Si vous utilisez une version plus ancienne que SMRTportal/SMRTanalysis 1.3.3, veuillez mettre à niveau.
EXEMPLES
Fonctionnement Trembler
Par exemple,
$ carquois -j8aligné_lectures.bam \
> -r chemin/vers/lambda.fasta \
> -o variantes.gff -o consensus.fasta
utilisera 8 processeurs pour exécuter Quiver sur lectures_alignées.bam, produisant la séquence consensus et
variantes.
Notez que si vous utilisez un fichier cmp.h5 et n'avez pas utilisé le RS_Mapping_QV protocole à
générer ce fichier --- ou si le fichier source bas.h5 a été généré par l'instrument pre-1.3.1
logiciel --- le cmp.h5 ne contiendra pas la batterie complète de métriques QV requises pour une
Précision du carquois. La commande fonctionnera toujours, mais elle donnera un avertissement indiquant que son
la précision sera sous-optimale.
Courir Trembler on Multiple Entrée Fichiers
Plusieurs fichiers d'alignement dans un FOFN (File of File Names) peuvent être comparés à un seul
référence (GénomiqueConsensus >= 1.1.0).
Un exemple d'entrée FOFN :
$ catalign_reads.fofn
/chemin/vers/lectures1.bam
/chemin/vers/lectures2.bam
peut être utilisé à la place d'un fichier reads :
$ carquois -j8aligné_lectures.fofn \
> -r chemin/vers/lambda.fasta \
> -o variantes.gff -o consensus.fasta
Quiver peut également être utilisé avec les fichiers XML DataSet. Voir pbcore pour plus de détails sur la génération de nouveaux
Fichiers XML DataSet pour vos fichiers d'alignement.
Haute précision Assemblée consensus
Le carquois permet des précisions consensuelles sur les assemblages de génomes à des précisions approchant ou même
dépassant Q60 (une erreur par million de bases). Si vous utilisez le protocole d'assemblage HGAP dans
SMRTportal 2.0 ou version ultérieure, Quiver s'exécute automatiquement en tant qu'étape finale de "polissage de l'assemblage".
Utilisez quiver en ligne en utilisant les services onworks.net
