rasmol - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

rasmol - Outil de visualisation de graphiques moléculaires v2.7.5

SYNOPSIS

rasmol [-nodiplay] [[-le format ] nom de fichier] [-scénario Fichier de script]

FORMATS

-pdb Banque de données sur les protéines
-mdl Format de fichier MOL de MDL
-mol2 Format Sybyl MOL2 de Tripos
-xyz Format XYZ (XMol) de MSC
-mopac Format de fichier d'entrée ou de sortie MOPAC
-alchimie Format de fichier d'alchimie
-charme Format de fichier CHARMm
-caf Format de fichier IUCr CIF ou CIF

AVIS

Ce logiciel a été créé à partir de plusieurs sources. Une grande partie du code provient de RasMol 2.6,
tel que créé par Roger Sayle. Le code d'angle de torsion, le nouveau code POVRAY3 et d'autres fonctionnalités
sont dérivés des révisions RasMol2.6x1 par Arne Mueller. Le tracé de l'imprimante Ramachandran
code a été dérivé de fisipl créé par Frances C. Bernstein. Voir la banque de données sur les protéines
bande de programme.

Le code pour afficher plusieurs molécules et permettre la rotation des liaisons est dérivé en grande partie
des mods UCB de Gary Grossman et Marco Molinaro, inclus avec la permission d'Eileen
Lewis du Consortium ModularCHEM.

Les modifications CIF utilisent une bibliothèque basée en partie sur CBFlib par Paul J. Ellis et
Herbert J. Bernstein. Certaines parties de CBFlib sont vaguement basées sur le progiciel CIFPARSE
du NDB à l'université Rutgers. Veuillez saisir les commandes RasMol vous aider copier, vous aider
généralement vous aider UICR, vous aider CBFlib,
et vous aider CIFPARSE pour les avis applicables. Veuillez saisir vous aider droit d'auteur pour le droit d'auteur
avis. Si vous utilisez RasMol V2.6 ou une version antérieure, tapez la commande RasMol vous aider
ancien avis.

COPIER

Cette version est basée directement sur RasMol version 2.7.4.2, sur RasMol version 2.7.4.2, sur
RasMol version 2.7.4, sur RasMol version 2.7.3.1, sur RasMol version 2.7.3, sur RasMol
version 2.7.2.1.1, Rasmol version 2.7.2, RasMol version 2.7.1.1 et RasTop version 1.3 et
indirectement sur les versions RasMol 2.5-ucb et 2.6-ucb et la version 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1
et RasMol_2.6.4.

RasMol 2.7.5 peut être distribué sous les termes de la licence publique générale GNU (le
GPL), voir

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

ou le fichier GPL ou tapez la commande vous aider GPL

ou RasMol 2.7.5 peut être distribué sous la licence RASMOL. Voir le fichier NOTICE ou tapez
la commande vous aider RASLIQUE

GPL
LICENCE PUBLIQUE GÉNÉRALE GNU
Version 2, juin 1991

Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.
59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 États-Unis
Tout le monde est autorisé à copier et distribuer des copies textuelles
de ce document de licence, mais le modifier n'est pas autorisé.

Préambule

Les licences de la plupart des logiciels sont conçues pour vous priver de votre liberté de partager
et le changer. En revanche, la licence publique générale GNU est destinée à
garantir votre liberté de partager et de modifier des logiciels libres - pour vous assurer que le logiciel
est gratuit pour tous ses utilisateurs. Cette licence publique générale s'applique à la plupart des
logiciel de la Software Foundation et à tout autre programme dont les auteurs s'engagent à
En l'utilisant. (Certains autres logiciels de la Free Software Foundation sont couverts par le GNU
Library General Public License à la place.) Vous pouvez également l'appliquer à vos programmes.

Lorsque nous parlons de logiciel libre, nous parlons de liberté, pas de prix. Notre
Les licences publiques générales sont conçues pour garantir que vous avez la liberté de
distribuer des copies de logiciels libres (et facturer ce service si vous le souhaitez), qui
vous recevez le code source ou pouvez l'obtenir si vous le souhaitez, que vous pouvez changer le
des logiciels ou en utiliser des éléments dans de nouveaux programmes gratuits ; et que tu sais que tu peux faire
ces choses.

Pour protéger vos droits, nous devons imposer des restrictions interdisant à quiconque de refuser
vous ces droits ou pour vous demander de renoncer à ces droits. Ces restrictions
se traduira par certaines responsabilités pour vous si vous distribuez des copies du
logiciel, ou si vous le modifiez.

Par exemple, si vous distribuez des copies d'un tel programme, que ce soit à titre gratuit ou
frais, vous devez donner aux destinataires tous les droits dont vous disposez. Vous devez vous assurer
qu'eux aussi reçoivent ou peuvent obtenir le code source. Et vous devez leur montrer ces
termes afin qu'ils connaissent leurs droits.

Nous protégeons vos droits en deux étapes : (1) le copyright du logiciel et (2) l'offre
vous cette licence qui vous donne l'autorisation légale de copier, distribuer et/ou modifier
les logiciels.

Aussi, pour la protection de chaque auteur et la nôtre, nous voulons nous assurer que
tout le monde comprend qu'il n'y a aucune garantie pour ce logiciel gratuit. Si la
logiciel est modifié par quelqu'un d'autre et transmis, nous voulons que ses destinataires sachent
que ce qu'ils ont n'est pas l'original, de sorte que tout problème introduit par d'autres
ne se répercutera pas sur la réputation des auteurs originaux.

Enfin, tout programme libre est constamment menacé par les brevets logiciels. Nous souhaitons
pour éviter le danger que les redistributeurs d'un programme libre obtiennent individuellement
licences de brevet, rendant en fait le programme propriétaire. Pour éviter cela, nous
ont clairement indiqué que tout brevet doit faire l'objet d'une licence pour l'utilisation gratuite de tous ou non
licencié du tout.

Les conditions précises de copie, de diffusion et de modification
suivre.

LICENCE PUBLIQUE GÉNÉRALE GNU
TERMES ET CONDITIONS DE COPIE, DISTRIBUTION ET MODIFICATION

0. Cette licence s'applique à tout programme ou autre travail qui contient un avis
placé par le détenteur du droit d'auteur disant qu'il peut être distribué selon les termes de cette
Licence Publique Générale. Le « Programme », ci-dessous, fait référence à un tel programme ou travail,
et une « œuvre basée sur le Programme » désigne soit le Programme ou toute œuvre dérivée
sous le droit d'auteur : c'est-à-dire une œuvre contenant le Programme ou une partie de
celui-ci, soit textuellement, soit avec des modifications et/ou traduit dans une autre langue.
(Ci-après, la traduction est incluse sans limitation dans le terme
« modification ».) Chaque licencié est adressé en tant que « vous ».

Les activités autres que la copie, la distribution et la modification ne sont pas couvertes par
cette Licence ; ils sortent de son champ d'application. L'action d'exécuter le programme n'est pas
restreint, et la sortie du Programme n'est couverte que si son contenu
constituent une œuvre basée sur le Programme (indépendante d'avoir été réalisée en exécutant
le programme). Que cela soit vrai dépend de ce que fait le programme.

1. Vous pouvez copier et distribuer des copies textuelles du code source du Programme tel que
vous le recevez, sur quelque support que ce soit, à condition que vous soyez visiblement et convenablement
publier sur chaque copie un avis de droit d'auteur et une clause de non-responsabilité appropriés ;
conserver intactes toutes les mentions faisant référence à la présente Licence et à l'absence de tout
garantie; et donner à tout autre destinataire du Programme une copie de cette Licence ainsi que
avec le Programme.

Vous pouvez facturer des frais pour l'acte physique de transfert d'une copie, et vous pouvez à
votre option offre une protection de garantie en échange de frais.

2. Vous pouvez modifier votre copie ou vos copies du Programme ou de toute partie de celui-ci, ainsi
formant une œuvre basée sur le Programme, et copier et distribuer ces modifications ou
travailler selon les termes de la section 1 ci-dessus, à condition que vous remplissiez également tous ces
conditions:

a) Vous devez faire en sorte que les fichiers modifiés portent des avis bien visibles
indiquant que vous avez modifié les fichiers et la date de tout changement.

b) Vous devez faire en sorte que tout travail que vous distribuez ou publiez,
contient ou est dérivé du Programme ou de tout
une partie de celui-ci, pour être autorisé dans son ensemble sans frais pour tous
les parties selon les termes de cette licence.

c) Si le programme modifié lit normalement les commandes de manière interactive
lors de l'exécution, vous devez le provoquer, lorsque vous avez commencé à courir pour un tel
utilisation interactive de la manière la plus ordinaire, pour imprimer ou afficher un
annonce comprenant un avis de droit d'auteur approprié et un
notez qu'il n'y a pas de garantie (ou bien, en disant que vous fournissez
une garantie) et que les utilisateurs peuvent redistribuer le programme sous
ces conditions, et en indiquant à l'utilisateur comment afficher une copie de ce
Licence. (Exception: si le programme lui-même est interactif mais
n'imprime normalement pas une telle annonce, votre travail basé sur
le programme n'est pas obligé d'imprimer une annonce.)

Ces exigences s'appliquent à l'œuvre modifiée dans son ensemble. Si sections identifiables
de ce travail ne sont pas dérivés du programme et peuvent être raisonnablement considérés
des œuvres indépendantes et séparées en elles-mêmes, alors cette Licence, et ses conditions, ne
ne s'applique pas à ces sections lorsque vous les distribuez en tant qu'œuvres distinctes. Mais quand
vous distribuez les mêmes sections dans le cadre d'un tout qui est une œuvre basée sur le
Programme, la distribution de l'ensemble doit se faire selon les termes de la présente Licence, dont
les autorisations pour les autres licenciés s'étendent à l'ensemble, et donc à chacun et
chaque partie, peu importe qui l'a écrit.

Ainsi, il n'est pas dans l'intention de cette section de revendiquer des droits ou de contester vos droits
pour travailler entièrement écrit par vous ; l'intention est plutôt d'exercer le droit de
contrôler la distribution d'œuvres dérivées ou collectives basées sur le Programme.

De plus, la simple agrégation d'une autre œuvre non basée sur le Programme avec le
Programme (ou avec une œuvre basée sur le Programme) sur un volume d'un stockage ou
le support de distribution ne place pas l'autre œuvre dans le champ d'application de cette Licence.

3. Vous pouvez copier et distribuer le Programme (ou une œuvre basée sur celui-ci, conformément à la Section
2) en code objet ou sous forme exécutable selon les termes des sections 1 et 2 ci-dessus
à condition que vous effectuiez également l'une des opérations suivantes :

a) Accompagnez-le de la version complète lisible par machine correspondante
code source, qui doit être distribué selon les termes des Sections
1 et 2 ci-dessus sur un support habituellement utilisé pour l'échange de logiciels; ou,

b) Accompagnez-le d'une offre écrite, valable au moins trois
ans, à donner à un tiers, pour une charge ne dépassant pas votre
coût de la distribution de la source physiquement
copie lisible par machine du code source correspondant, à
distribué selon les termes des sections 1 et 2 ci-dessus sur un support
habituellement utilisé pour l'échange de logiciels; ou,

c) Accompagnez-le des informations que vous avez reçues concernant l'offre
pour distribuer le code source correspondant. (Cette alternative est
autorisé uniquement pour la distribution non commerciale et uniquement si vous
reçu le programme sous forme de code objet ou sous forme exécutable avec un tel
une offre, conformément à la sous-section b ci-dessus.)

Le code source d'une œuvre désigne la forme préférée de l'œuvre pour faire
des modifications à celui-ci. Pour un travail exécutable, le code source complet signifie tous les
le code source de tous les modules qu'il contient, ainsi que toute définition d'interface associée
fichiers, ainsi que les scripts utilisés pour contrôler la compilation et l'installation du
exécutable. Cependant, à titre d'exception spéciale, le code source distribué n'a pas besoin
inclure tout ce qui est normalement distribué (sous forme source ou binaire)
avec les principaux composants (compilateur, noyau, etc.) du système d'exploitation sur
lequel l'exécutable s'exécute, à moins que ce composant lui-même accompagne l'exécutable.

Si la distribution du code exécutable ou objet est effectuée en offrant l'accès à la copie
à partir d'un endroit désigné, puis offrant un accès équivalent pour copier le code source
du même endroit compte comme distribution du code source, même si le troisième
les parties ne sont pas obligées de copier la source avec le code objet.

4. Vous ne pouvez pas copier, modifier, concéder en sous-licence ou distribuer le programme sauf
expressément prévu par la présente Licence. Toute autre tentative de copier, modifier,
sous-licencier ou distribuer le Programme est nul et mettra automatiquement fin à votre
droits en vertu de cette Licence. Cependant, les parties qui ont reçu des copies, ou des droits,
de vous en vertu de cette Licence ne verront pas leurs licences résiliées tant que ces
les parties restent en pleine conformité.

5. Vous n'êtes pas obligé d'accepter cette Licence, puisque vous ne l'avez pas signée.
Cependant, rien d'autre ne vous accorde la permission de modifier ou de distribuer le Programme ou
ses œuvres dérivées. Ces actions sont interdites par la loi si vous n'acceptez pas
cette Licence. Par conséquent, en modifiant ou en distribuant le Programme (ou toute œuvre
sur la base du Programme), vous indiquez votre acceptation de cette Licence pour le faire, et
tous ses termes et conditions pour copier, distribuer ou modifier le Programme ou
travaille sur cette base.

6. Chaque fois que vous redistribuez le Programme (ou tout travail basé sur le Programme), le
le destinataire reçoit automatiquement une licence du concédant de licence d'origine pour copier,
distribuer ou modifier le Programme sous réserve des présentes conditions générales. Tu peux
ne pas imposer de restrictions supplémentaires à l'exercice des droits par les destinataires
accordé aux présentes. Vous n'êtes pas responsable de l'application de la conformité par des tiers
à cette Licence.

7. Si, à la suite d'une décision de justice ou d'une allégation de contrefaçon de brevet
ou pour toute autre raison (non limitée aux problèmes de brevets), des conditions sont imposées à
vous (que ce soit par ordonnance du tribunal, accord ou autre) qui contredisent les conditions
de cette Licence, ils ne vous dispensent pas des conditions de cette Licence. Si
vous ne pouvez pas distribuer de manière à satisfaire simultanément à vos obligations en vertu du présent
Licence et toute autre obligation pertinente, par conséquent, vous ne pouvez pas
distribuer le programme du tout. Par exemple, si une licence de brevet ne permet pas
redistribution libre de droits du Programme par tous ceux qui reçoivent des copies directement
ou indirectement à travers vous, alors la seule façon de le satisfaire à la fois
La licence consisterait à s'abstenir entièrement de la distribution du programme.

Si une partie de cette section est jugée invalide ou inapplicable en vertu de quelque
circonstance particulière, le reste de l'article est censé s'appliquer et le
l'article dans son ensemble est destiné à s'appliquer dans d'autres circonstances.

Le but de cette section n'est pas de vous inciter à enfreindre des brevets ou
d'autres réclamations de droits de propriété ou pour contester la validité de telles réclamations ; cette section
a pour seul but de protéger l'intégrité de la distribution du logiciel libre
système, qui est mis en œuvre par les pratiques de licence publique. Beaucoup de gens ont fait
généreuses contributions à la vaste gamme de logiciels distribués par ce
système sur la base d'une application cohérente de ce système ; c'est à la
auteur/donateur de décider s'il est prêt à distribuer le logiciel par le biais de n'importe quel
autre système et un licencié ne peut pas imposer ce choix.

Cette section a pour but d'expliquer clairement ce que l'on pense être un
conséquence du reste de cette Licence.

8. Si la distribution et/ou l'utilisation du Programme est restreinte dans certains
pays soit par des brevets, soit par des interfaces protégées par le droit d'auteur, le droit d'auteur original
titulaire qui place le Programme sous cette Licence peut ajouter une mention géographique explicite
limitation de la distribution à l'exclusion de ces pays, de sorte que la distribution est
autorisé uniquement dans ou entre des pays non ainsi exclus. Dans ce cas, cette Licence
incorpore la limitation comme si elle était écrite dans le corps de cette Licence.

9. La Free Software Foundation peut publier des versions révisées et/ou nouvelles du
Licence publique générale de temps à autre. Ces nouvelles versions seront similaires dans
l'esprit à la version actuelle, mais peut différer dans les détails pour résoudre de nouveaux problèmes ou
préoccupations.

Un numéro distinct est attribué à chaque version. Si le programme spécifie un
numéro de version de cette Licence qui s'y applique et "toute version ultérieure", vous
avoir la possibilité de suivre les termes et conditions de cette version ou de
toute version ultérieure publiée par la Free Software Foundation. Si le programme ne
ne spécifiez pas de numéro de version de cette licence, vous pouvez choisir n'importe quelle version
publié par la Free Software Foundation.

10. Si vous souhaitez incorporer des parties du Programme dans d'autres programmes gratuits
dont les conditions de diffusion sont différentes, écrivez à l'auteur pour lui demander
autorisation. Pour les logiciels protégés par le droit d'auteur de la Free Software Foundation,
écrire à la Free Software Foundation ; nous faisons parfois des exceptions pour cela. Notre
décision sera guidée par les deux objectifs de préserver le statut libre de tous
dérivés de nos logiciels libres et de promouvoir le partage et la réutilisation de logiciels
généralement.

AUCUNE GARANTIE

11. PARCE QUE LE PROGRAMME EST SOUS LICENCE GRATUITE, IL N'Y A AUCUNE GARANTIE POUR
PROGRAMME, DANS LA MESURE AUTORISÉE PAR LA LOI APPLICABLE. SAUF INDICATION CONTRAIRE
PAR ÉCRIT, LES TITULAIRES DE DROITS D'AUTEUR ET/OU D'AUTRES PARTIES FOURNISSENT LE PROGRAMME « EN L'ÉTAT »
SANS GARANTIE D'AUCUNE SORTE, EXPLICITE OU IMPLICITE, Y COMPRIS, MAIS NON
LIMITÉ À, LES GARANTIES IMPLICITES DE QUALITÉ MARCHANDE ET D'ADAPTATION À UN PARTICULIER
BUT. LA TOTALITÉ DU RISQUE QUANT À LA QUALITÉ ET À LA PERFORMANCE DU PROGRAMME EST À
TU. EN CAS DE DÉFAUT DU PROGRAMME, VOUS ASSUMEZ LE COT DE TOUS LES NÉCESSAIRES
ENTRETIEN, RÉPARATION OU CORRECTION.

12. EN AUCUN CAS, SAUF EXIGÉ PAR LA LOI APPLICABLE OU CONVENU PAR ÉCRIT,
TOUT TITULAIRE DE DROITS D'AUTEUR, OU TOUTE AUTRE PARTIE QUI POURRAIT MODIFIER ET/OU REDISTRIBUER
PROGRAMME COMME AUTORISÉ CI-DESSUS, ÊTRE RESPONSABLE ENVERS VOUS DES DOMMAGES, Y COMPRIS TOUT GÉNÉRAL,
DOMMAGES PARTICULIERS, ACCESSOIRES OU CONSÉCUTIFS RÉSULTANT DE L'UTILISATION OU DE L'INCAPACITÉ À
UTILISER LE PROGRAMME (Y COMPRIS, MAIS SANS S'Y LIMITER, LA PERTE DE DONNÉES OU LES DONNÉES RENDUES
INEXACTS OU PERTES SOUTENUES PAR VOUS OU PAR DES TIERS OU UNE DÉFAILLANCE DU PROGRAMME
POUR OPÉRER AVEC TOUT AUTRE PROGRAMME), MÊME SI CE TITULAIRE OU AUTRE PARTIE A ÉTÉ
AVISÉ DE LA POSSIBILITÉ DE TELS DOMMAGES.

FIN DES TERMES ET CONDITIONS

Comment appliquer ces conditions à vos nouveaux programmes

Si vous développez un nouveau programme et que vous voulez qu'il soit le plus utile possible
au public, le meilleur moyen d'y parvenir est d'en faire un logiciel libre qui
tout le monde peut redistribuer et changer selon ces termes.

Pour ce faire, joignez les avis suivants au programme. Il est plus sûr d'attacher
au début de chaque fichier source pour transmettre le plus efficacement possible l'exclusion de
garantie; et chaque fichier doit avoir au moins la ligne "copyright" et un pointeur vers
où se trouve l'avis complet.


Droit d'auteur (C)

Ce programme est un logiciel libre; vous pouvez le redistribuer et / ou le modifier
sous les termes de la GNU General Public License telle que publiée par
la Free Software Foundation; soit la version 2 de la licence, soit
(à votre choix) toute version ultérieure.

Ce sera utile,
mais SANS AUCUNE GARANTIE; sans même la garantie implicite de
QUALITÉ MARCHANDE ou ADÉQUATION À UN USAGE PARTICULIER. Voir le
Licence publique générale GNU pour plus de détails.

Vous devriez avoir reçu une copie de la licence publique générale GNU
avec ce programme; sinon, écrivez au Logiciel Libre
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 États-Unis

Ajoutez aussi des informations sur la façon de vous contacter par courrier électronique et sur papier.

Si le programme est interactif, faites en sorte qu'il affiche un bref avis comme celui-ci lorsqu'il
démarre en mode interactif :

Gnomovision version 69, Copyright (C) année nom de l'auteur
Gnomovision est livré avec ABSOLUMENT AUCUNE GARANTIE ; pour plus de détails, tapez « show w ».
Il s'agit d'un logiciel gratuit et vous êtes invité à le redistribuer
sous certaines conditions; tapez « show c » pour plus de détails.

Les commandes hypothétiques « show w » et « show c » devraient afficher les parties appropriées
de la Licence Publique Générale. Bien sûr, les commandes que vous utilisez peuvent être appelées
autre chose que « show w » et « show c » ; ils pourraient même être des clics de souris ou un menu
articles--ce qui convient à votre programme.

Vous devriez également demander à votre employeur (si vous travaillez comme programmeur) ou à votre école, si
tout, pour signer une « clause de non-responsabilité de droit d'auteur » pour le programme, si nécessaire. Voici une
échantillon; modifier les noms :

Yoyodyne, Inc., décline par la présente tout intérêt de droit d'auteur dans le programme
`Gnomovision' (qui fait des passes aux compilateurs) écrit par James Hacker.

, 1er avril 1989
Ty Coon, président du vice

Cette licence publique générale ne permet pas d'incorporer votre programme dans
programmes propriétaires. Si votre programme est une bibliothèque de sous-programmes, vous pouvez le considérer
plus utile pour permettre de lier des applications propriétaires avec la bibliothèque. Si ce
est ce que vous voulez faire, utilisez la GNU Library General Public License au lieu de cela
Licence.

RASLIQUE Si vous n'utilisez pas la GPL, les conditions de licence suivantes s'appliquent :

Licence RasMol

Même si les auteurs des différents documents et logiciels trouvés ici ont fait
un effort de bonne foi pour s'assurer que les documents sont corrects et que le logiciel
fonctionne conformément à sa documentation, et nous apprécierions grandement d'entendre parler de
tout problème que vous pourriez rencontrer, les programmes et documents tout fichier créé par le
les programmes sont fournis **EN L'ÉTAT** sans aucune garantie quant à leur exactitude,
qualité marchande ou d'adéquation à un usage particulier ou général.

LA RESPONSABILITÉ DE TOUTE CONSÉQUENCE NÉFASTE DE L'UTILISATION DE PROGRAMMES OU
DOCUMENTS OU TOUT FICHIER OU FICHIERS CRÉÉS PAR L'UTILISATION DES PROGRAMMES OU DOCUMENTS MENSONGE
UNIQUEMENT AVEC LES UTILISATEURS DES PROGRAMMES OU DOCUMENTS OU FICHIER OU FICHIERS ET NON AVEC
AUTEURS DES PROGRAMMES OU DOCUMENTS.

Sous réserve de votre acceptation des conditions énoncées ci-dessus et de votre respect des
termes et conditions indiqués dans les avis ci-dessous, si vous n'allez pas faire de
modifications ou créer des œuvres dérivées, vous êtes autorisé à copier et à
distribuer ce package, à condition que vous procédiez comme suit :

1. Soit inclure la documentation complète, notamment le fichier NOTICE, avec
ce que vous distribuez ou indiquez clairement où les gens peuvent obtenir une copie de
La documentation; et

2. Veuillez donner crédit lorsque le crédit est dû en citant la version et l'original
les auteurs correctement ; et

3. Veuillez ne donner à personne l'impression que les auteurs originaux sont
fournir une garantie de quelque nature que ce soit.

Si vous souhaitez utiliser des éléments majeurs de RasMol dans un autre programme, faites
modifications à RasMol, ou d'une autre manière faire ce qu'un avocat appellerait un
"travail dérivé", vous n'êtes pas seulement autorisé à le faire, vous êtes encouragé à le faire.
En plus des choses dont nous avons discuté ci-dessus, veuillez procéder comme suit :

4. Veuillez expliquer dans votre documentation en quoi ce que vous avez fait diffère de ceci
version de RasMol ; et

5. Veuillez rendre votre code source modifié disponible.

Cette version de RasMol n'est _pas_ dans le domaine public, mais elle est donnée gratuitement au
communauté dans l'espoir de faire avancer la science. Si vous apportez des modifications, veuillez les faire
de manière responsable, et veuillez nous offrir la possibilité d'inclure ces
changements dans les futures versions de RasMol.

Général Avertissement
L'avis suivant s'applique à ce travail dans son ensemble et aux travaux inclus
à l'intérieur:

* Les efforts créatifs dépendent d'un échange d'idées animé. Il y a des lois et
coutumes qui établissent des droits et des responsabilités pour les auteurs et les utilisateurs de
ce que les auteurs créent. Cet avis n'est pas destiné à vous empêcher d'utiliser le
logiciels et documents dans ce package, mais pour s'assurer qu'il n'y a pas
des malentendus sur les termes et conditions d'une telle utilisation.

* Veuillez lire attentivement l'avis suivant. Si vous ne comprenez aucune partie
de cet avis, veuillez demander un avis juridique professionnel approprié avant d'utiliser
du logiciel et des documents inclus dans ce progiciel. En plus de
quelles que soient les autres mesures que vous pourriez être obligé de prendre pour respecter la propriété intellectuelle
les droits de propriété des différentes parties impliquées, si vous utilisez le logiciel
et documents dans ce paquet, veuillez donner crédit lorsque le crédit est dû en citant
ce package, ses auteurs et l'URL ou toute autre source à partir de laquelle vous l'avez obtenu,
ou des références primaires équivalentes dans la littérature avec les mêmes auteurs.

* Certains des logiciels et documents inclus dans ce progiciel sont les
propriété intellectuelle de diverses parties, et le placement dans ce paquet n'est pas en
impliquent de quelque manière que ce soit que de tels droits ont été renoncés ou diminués de quelque manière que ce soit.

* En ce qui concerne tout logiciel ou document pour lequel un droit d'auteur existe, TOUS
LES DROITS SONT RÉSERVÉS AUX PROPRIÉTAIRES DE CES DROITS D'AUTEUR.

* Même si les auteurs des différents documents et logiciels trouvés ici ont
fait un effort de bonne foi pour s'assurer que les documents sont corrects et que le
le logiciel fonctionne conformément à sa documentation, et nous apprécierions grandement
l'audition de tous les problèmes que vous pourriez rencontrer, les programmes et documents et tous les fichiers
créés par les programmes sont fournis **EN L'ÉTAT** sans aucune garantie quant à
l'exactitude, la qualité marchande ou l'adéquation à un usage particulier ou général.

* LA RESPONSABILITÉ DE TOUTE CONSÉQUENCE INDÉSIRABLE DE L'UTILISATION DE PROGRAMMES OU
DOCUMENTS OU TOUT FICHIER OU FICHIERS CRÉÉS PAR L'UTILISATION DES PROGRAMMES OU DOCUMENTS MENSONGE
UNIQUEMENT AVEC LES UTILISATEURS DES PROGRAMMES OU DOCUMENTS OU FICHIER OU FICHIERS ET NON AVEC
AUTEURS DES PROGRAMMES OU DOCUMENTS.

Voir les fichiers GPL et RASLIC pour deux autres manières d'attribuer une licence à ce package.

RasMol V2.6 Avertissement
L'avis suivant s'applique à RasMol V 2.6 et aux versions antérieures de RasMol.

Les informations contenues dans ce document sont sujettes à modification sans préavis et ne
représentent un engagement de la part du fournisseur. Ce paquet est
vendu/distribué à la condition qu'il ne soit pas, à titre commercial ou
sinon, être prêté, revendu, loué ou autrement diffusé sans le
l'accord préalable du fournisseur, sous toute forme d'emballage ou de couvercle autre que celui en
laquelle il a été produit. Aucune partie de ce manuel ou du logiciel qui l'accompagne ne peut être
reproduit, stocké dans un système de récupération sur disque optique ou magnétique, bande ou tout autre
autre support, ou transmis sous quelque forme ou par quelque moyen que ce soit, électronique, mécanique,
photocopie, enregistrement ou autre à des fins autres que celles de l'acheteur
usage personnel.

Ce produit ne doit pas être utilisé dans la planification, la construction, l'entretien,
l'exploitation ou l'utilisation d'une installation nucléaire ni le vol, la navigation ou
communication d'aéronefs ou d'équipements de soutien au sol. L'auteur ne doit pas être
responsable, en tout ou en partie, de toute réclamation ou dommage résultant d'une telle utilisation,
y compris la mort, la faillite ou le déclenchement d'une guerre.

UICR Politique
La IUCr Politique pour le Protection et le Promotion of le STAR Fichier et CIF
Normes pour Échanger et Archivage Electronique Données.

Aperçu

Le fichier d'informations cristallographiques (CIF)[1] est une norme pour l'information
échange promulgué par l'Union internationale de cristallographie (IUCr). CAF
(Hall, Allen & Brown, 1991) est la méthode recommandée pour soumettre des publications
à Acta Crystallographica Section C et rapports de détermination de la structure cristalline
à d'autres sections d'Acta Crystallographica et de nombreuses autres revues. La syntaxe de
un CIF est un sous-ensemble du format plus général STAR File[2]. Le fichier CIF et STAR
approches sont de plus en plus utilisées dans les sciences structurelles pour l'échange de données et
l'archivage et ont une influence significative sur ces activités dans d'autres
champs.

Déclaration of intention

L'intérêt de l'IUCr pour le fichier STAR est en tant que norme générale d'échange de données pour
la science, et son intérêt pour le CIF, un dérivé conforme du fichier STAR, est
comme un échange de données concis et une norme d'archivage pour la cristallographie et la structure
science.

Protection of le Normes

Protéger le Fichier STAR et le CIF en tant que normes d'échange et d'archivage
données électroniques, l'IUCr, au nom de la communauté scientifique,

* détient les droits d'auteur sur les normes elles-mêmes,

* détient les marques de commerce et marques de service associées, et

* détient un brevet sur le fichier STAR.

Ces droits de propriété intellectuelle concernent uniquement les formats d'échange, non
les données qui y sont contenues, ni au logiciel utilisé dans la génération, l'accès ou
manipulation des données.

Promotion of le Normes

La seule exigence que l'IUCr, dans son rôle protecteur, impose aux logiciels
prétendant traiter des données STAR File ou CIF est que les conditions suivantes soient remplies
avant la vente ou la distribution.

* Logiciel prétendant lire les fichiers écrits dans le fichier STAR ou le CIF
standard doit pouvoir extraire les données pertinentes d'un fichier conforme à la
La syntaxe du fichier STAR ou la syntaxe CIF, respectivement.

* Logiciel prétendant écrire des fichiers soit dans le fichier STAR, soit dans le standard CIF
doit produire des fichiers conformes à la syntaxe du fichier STAR ou à la syntaxe CIF,
respectivement.

* Logiciel prétendant lire les définitions d'un dictionnaire de données spécifique approuvé
par l'IUCr doit être en mesure d'extraire toute définition pertinente qui est conforme à
le langage de définition du dictionnaire (DDL)[3] associé à ce dictionnaire.

L'IUCr, par l'intermédiaire de son Comité sur les normes CIF, aidera tout développeur à
vérifier que le logiciel répond à ces conditions de conformité.

Glossaire of conditions

[1] CAF :

est un fichier de données conforme à la syntaxe de fichier définie à http://www.iucr.org/iucr-
haut/cif/spec/index.html

[2] Fichier STAR :

est un fichier de données conforme à la syntaxe de fichier définie à http://www.iucr.org/iucr-
haut/cif/spec/star/index.html

[3] LDD :

est un langage utilisé dans un dictionnaire de données pour définir des éléments de données en termes de
"les attributs". Dictionnaires actuellement approuvés par l'IUCr, et les versions DDL
utilisés pour construire ces dictionnaires, sont répertoriés à http://www.iucr.org/iucr-
haut/cif/spec/ddl/index.html

Dernière modification : 30 septembre 2000

Politique IUCr Copyright (C) 2000 Union Internationale de Cristallographie

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une partie est dérivée.

* Les articles fournis avec la présente ont été développés sous le parrainage des États-Unis
Gouvernement. Ni les États-Unis, ni l'USDOE, ni le Leland Stanford Junior
L'Université, ni ses employés, ne donne aucune garantie, expresse ou implicite, ou assume
toute responsabilité quant à l'exactitude, l'exhaustivité ou l'utilité de tout
informations, appareils, produits ou procédés divulgués, ou déclare que leur utilisation
ne portera pas atteinte aux droits privés. Mention de tout produit, de son fabricant,
ou les fournisseurs ne doivent pas, et n'est pas destiné à, impliquer une approbation, une désapprobation ou
aptitude à un usage particulier. Les États-Unis et l'Université conservent à tout moment le
droit d'utiliser et de diffuser les éléments fournis à quelque fin que ce soit.

Avis 91 02 01

CIFPARSE
Des parties de ce logiciel sont vaguement basées sur le progiciel CIFPARSE de
le NDB à l'Université Rutgers. Voir

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE fait partie de l'application NDBQUERY, une composante du programme Nucleic
Projet de base de données sur les acides [ HM Berman, WK Olson, DL Beveridge, JK
Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, SH Shieh, AR Srinivasan et B. Schneider.
(1992). La base de données sur les acides nucléiques : une base de données relationnelle complète de trois
Structures dimensionnelles des acides nucléiques. Biophys J., 63, 751-759.], dont
la coopération est grandement appréciée, en particulier sous la forme de concepts de conception
créé par J. Westbrook.

Veuillez tenir compte de l'avis suivant dans l'API CIFPARSE :

Ce logiciel est fourni SANS GARANTIE DE QUALITÉ MARCHANDE OU D'ADAPTATION À UN
BUT PARTICULIER OU TOUTE AUTRE GARANTIE, EXPRESSE OU IMPLICITE. LES RUTGERS NE FONT PAS
REPRÉSENTATION OU GARANTIE QUE LE LOGICIEL NE VIOLERA AUCUN BREVET,
DROIT D'AUTEUR OU AUTRE DROIT DE PROPRIÉTÉ.

DESCRIPTION

RasMol est un programme de graphiques moléculaires destiné à la visualisation de protéines, nucléiques
acides et petites molécules. Le programme vise à l'affichage, l'enseignement et la génération de
des images de qualité de publication. RasMol fonctionne sur une large gamme d'architectures et d'exploitation
systèmes, y compris les systèmes Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX et VMS. UNIX et VMS
Les versions nécessitent un écran X Windows couleur 8, 24 ou 32 bits (X11R4 ou ultérieur). Le X
La version Windows de RasMol fournit une prise en charge facultative d'un boîtier de numérotation matériel et
communication accélérée en mémoire partagée (via les extensions XInput et MIT-SHM) si
disponible sur le serveur X actuel.

Le programme lit dans un fichier de coordonnées de molécule et affiche interactivement la molécule sur
l'écran dans une variété de schémas de couleurs et de représentations de molécules. Actuellement
les représentations disponibles incluent des wireframes à profondeur de coupe, des bâtons « Dreiding », le remplissage d'espace
(CPK) sphères, billes et bâtons, rubans biomoléculaires solides et en brins, étiquettes d'atomes et points
superficies.

Jusqu'à 5 molécules peuvent être chargées et affichées à la fois. L'un ou l'ensemble des
les molécules peuvent être tournées et traduites.

La fonction d'aide de RasMol est accessible en tapant « aide " ou " aide
" à partir de la ligne de commande. Une liste complète des commandes RasMol peut être affichée en
en tapant "commandes d'aide". Un seul point d'interrogation peut également être utilisé pour abréger le mot-clé
"aider". Veuillez saisir « notifications d'aide » pour les notifications importantes.

COMMANDES

RasMol permet l'exécution de commandes interactives tapées au RasMol> invite dans le
fenêtre du terminal. Chaque commande doit être donnée sur une ligne distincte. Les mots-clés sont cas
insensibles et peuvent être saisis en lettres majuscules ou minuscules. Tous les espaces
les caractères sont ignorés, sauf pour séparer les mots-clés et leurs arguments.

Toutes les commandes peuvent être précédées d'une parenthèse atome expression pour sélectionner temporairement
certains atomes juste pour l'exécution de cette seule commande. Après exécution de la commande,
la sélection précédente est restaurée à l'exception des commandes Sélectionner , restreindre et scripts.

Les commandes/mots-clés actuellement reconnus par RasMol sont indiqués ci-dessous.

Colonne vertébrale
Le RasMol colonne vertébrale commande permet la représentation d'un squelette polypeptidique comme
une série de liaisons reliant les carbones alpha adjacents de chaque acide aminé dans un
chaîne. L'affichage de ces 'liens' backbone est activé et désactivé par la commande
paramètre de la même manière qu'avec le wireframe commander. La commande colonne vertébrale de rabais
désactive les 'liens' sélectionnés, et colonne vertébrale on ou avec un numéro les allume. Les
nombre peut être utilisé pour spécifier le rayon du cylindre de la représentation dans l'un ou l'autre
Unités Angstrom ou RasMol. Une valeur de paramètre de 500 (2.0 Angströms) ou au-dessus des résultats
dans une erreur "Valeur de paramètre trop grande". Les objets de l'épine dorsale peuvent être colorés à l'aide du
RasMol couleur colonne vertébrale commander.

Le mot réservé backbone est également utilisé comme un ensemble prédéfini ("help sets") et comme un
paramètre à la set hbond et set ssbond commandes. La commande RasMol tracer
rend une épine dorsale lissée, contrairement à colonne vertébrale qui relie les carbones alpha
avec des lignes droites.

L'épine dorsale peut être affichée avec des lignes pointillées à l'aide de la colonne vertébrale tiret
commander.

Biographie
Le RasMol fond La commande est utilisée pour définir la couleur du fond "toile".
La couleur peut être donnée soit sous la forme d'un nom de couleur, soit sous la forme d'un triple de rouge séparé par des virgules,
Composants vert et bleu (RVB) entre crochets. Taper la commande
vous aider couleurs donnera une liste des noms de couleurs prédéfinis reconnus par RasMol.
Lorsqu'il fonctionne sous X Windows, RasMol reconnaît également les couleurs dans le serveur X
base de données de noms de couleurs.

La fond la commande est synonyme de RasMol set fond commander.

lien La commande RasMol lien + ajoute l'obligation désignée à la
dessin, en augmentant l'ordre du lien si le lien existe déjà. La commande lien
en particulier pendant la préparation sélectionne les deux atomes spécifiés par les numéros de série des atomes
comme les deux extrémités d'un lien autour duquel le tourner lien la commande sera
appliqué. Si aucun lien n'existe, il est créé.

La rotation autour d'une liaison précédemment sélectionnée peut être spécifiée par le tourner lien
commande, ou peut également être contrôlé avec la souris, en utilisant le lien tourner
on / off ou l'équivalent tourner lien on / off les commandes.

Bulgare
Le RasMol Bulgare La commande définit les menus et les messages sur les versions bulgares.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

Dessin Animé
Le RasMol dessin animé la commande affiche une molécule rubans comme Richardson
protéine de style (MolScript) les dessins animés, mis en œuvre sous forme de rubans épais (profonds). Les
le moyen le plus simple d'obtenir une représentation de bande dessinée d'une protéine est d'utiliser le Dessins animés
option sur le Présentoir menu. La dessin animé La commande représente le actuellement sélectionné
résidus sous forme de ruban profond avec une largeur spécifiée par l'argument de la commande. À l'aide de
la commande sans paramètre entraîne la prise de la largeur du ruban à partir du
la structure secondaire de la protéine, comme décrit dans le rubans commander. Par défaut, le
Les extrémités C des feuilles bêta sont affichées sous forme de pointes de flèche. Cela peut être activé et
désactivé à l'aide du set dessins animés commander. La profondeur du dessin animé peut être ajustée
en utilisant l' set dessins animés commander. le set dessins animés commande sans aucune
paramètres renvoie ces deux options à leurs valeurs par défaut.

Centre Le RasMol centre commande définit le point sur lequel le tourner commande et le
les barres de défilement font pivoter la molécule actuelle. Sans paramètre la commande centrale
réinitialise le centre de rotation pour être le centre de gravité de la molécule. Si un
l'expression de l'atome est spécifiée, RasMol fait tourner la molécule autour du centre de
gravité de l'ensemble d'atomes spécifié par l'expression. Par conséquent, si un seul atome est
spécifié par l'expression, cet atome restera « stationnaire » pendant les rotations.

Type vous aider expression pour plus d'informations sur les expressions atomiques RasMol.

Alternativement, le centrage peut être donné comme un triplet séparé par des virgules de [CenX, CenY,
CenZ] en unités RasMol (1/250 d'angstrom) par rapport au centre de gravité.
Le triple doit être mis entre crochets.

Les formulaires optionnels centre traduire et centre centre peut être utilisé pour
spécifier l'utilisation d'un centre de rotation translaté (pas nécessairement au centre de
la toile) ou un centre de rotation qui est placé au centre de la toile.
À partir de RasMol 2.7.2, la valeur par défaut consiste à centrer le nouvel axe sur le canevas.

Chinois
Le RasMol Chinois La commande définit les menus et les messages sur les versions chinoises.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

presse-papiers
Le RasMol presse-papiers La commande place une copie de l'image actuellement affichée sur le
'presse-papiers' graphique local. Remarque : cette commande n'est pas encore prise en charge sous UNIX ou VMS
Machines. Il est destiné à faciliter le transfert d'images entre les applications
sous Microsoft Windows ou sur un Apple Macintosh.

Lors de l'utilisation de RasMol sur un système UNIX ou VMS, cette fonctionnalité peut être obtenue en
générer une image tramée dans un format lisible par le programme de réception
en utilisant le RasMol écrire commander.

Couleur Colorez les atomes (ou autres objets) de la région sélectionnée. La couleur peut être donnée
sous forme de nom de couleur ou de triples séparés par des virgules de rouge, vert et bleu (RVB)
composants entre crochets. Taper la commande vous aider couleurs donnera un
liste de tous les noms de couleurs prédéfinis reconnus par RasMol.

Les objets autorisés sont atomes, obligations, colonne vertébrale, rubans, Étiquettes, points, les obligations, carte, et
obligations SS. Si aucun objet n'est spécifié, le mot-clé par défaut atome est assumé. Certains
des schémas de couleurs sont définis pour certains types d'objets. Le schéma de couleurs aucun peuvent être
appliqué à tous les objets à l'exception des atomes et des points, indiquant que les objets sélectionnés
n'ont pas de couleur propre, mais utilisent la couleur de leurs atomes associés (c'est-à-dire le
atomes qu'ils relient). Atom les objets peuvent également être colorés par autre, aminé, chaîne,
dessin animé, CPK, groupe, modèle, galbé, Structure, la réactivité or utilisateur. Liaisons hydrogène
peut également être coloré par type et les surfaces des points peuvent également être colorées par électrostatique
potentiel. Pour plus d'informations tapez vous aider couleur . Les objets cartographiques peuvent être
coloré par une couleur spécifique ou par l'atome le plus proche.

Mode Couleur
ColourMode permet à l'utilisateur de basculer entre l'utilisation du nouveau couleur méthode. À
présente, la nouvelle technique de coloration est la même que l'ancienne, mais pour préserver
compatibilité pour les anciens scripts, il peut être judicieux d'ajouter un "colormode on" près du haut
de votre script quelque part, si le script a été conçu pour la version 2.7.3 de RasMol ou
plus tôt. La nouvelle méthode de couleur, une fois terminée, vise à corriger quelques bogues dans le
routines de coloration.

Connectez
Le RasMol Contact est utilisée pour forcer RasMol à (re)calculer le
connectivité de la molécule actuelle. Si le fichier d'entrée d'origine contenait
informations de connectivité, celles-ci sont ignorées. La commande Contact non utilise un rapide
algorithme heuristique adapté à la détermination de la liaison dans de grandes biomolécules
tels que les protéines et les acides nucléiques. La commande Contact oui utilise un plus lent plus
algorithme précis basé sur des rayons covalents plus adaptés aux petits
molécules contenant des éléments inorganiques ou des cycles tendus. Si aucun paramètre n'est
donné, RasMol détermine quel algorithme utiliser en fonction du nombre d'atomes dans le
fichier d'entrée. Plus de 255 atomes font que RasMol utilise l'implémentation la plus rapide.
C'est la méthode utilisée pour déterminer la liaison, si nécessaire, lorsqu'une molécule est
lisez d'abord en utilisant le charge commander.

Reporter Le RasMol reporter commande ajoute la commande donnée à la macro avec le nom donné, si non
nom est donné, la commande est ajoutée à la macro avec un nom vide. La commande zap
est un cas particulier. Dans ce cas, la macro est effacée. Si aucun nom n'est donné, le
la commande doit commencer par une sélection, par exemple reporter (sélection).spacefill

Les commandes différées accumulées sous le nom donné peuvent être exécutées à l'aide de la
exécuter commander

Définir Le RasMol Vous permet de définir La commande permet à l'utilisateur d'associer un ensemble arbitraire d'atomes
avec un identifiant unique. Cela permet la définition d'ensembles définis par l'utilisateur. Ces
les ensembles sont déclarés statiquement, c'est-à-dire qu'une fois défini, le contenu de l'ensemble ne
changer, même si l'expression qui les définit dépend de la transformation en cours
et la représentation de la molécule.

Profondeur Le RasMol profondeur La commande active, désactive ou positionne le plan de back-clipping de
la molécule. Le programme ne dessine que les parties de la molécule les plus proches
au spectateur que le plan de détourage. Les valeurs entières vont de zéro au
dos de la molécule à 100 qui est complètement devant la molécule.
Des valeurs intermédiaires déterminent le pourcentage de la molécule à prélever.

Cette commande interagit avec le dracula commande, qui se clipse à l'avant d'un
un plan de découpage z donné.

Cercles Le RasMol dots est utilisée pour générer une surface de points de van der Waals autour du
atomes actuellement sélectionnés. Les surfaces de points affichent des points régulièrement espacés sur une sphère
du rayon de van der Waals autour de chaque atome sélectionné. Des points qui seraient « enterrés »
dans le rayon de van der Waals de tout autre atome (sélectionné ou non) ne sont pas
affiché. La commande dots on supprime toute surface de points existante et génère un
les points font surface autour de l'ensemble d'atomes actuellement sélectionné avec une densité de points par défaut de
100. La commande dots de rabais supprime toute surface de points existante. La densité de points peut être
spécifié en fournissant un paramètre numérique compris entre 1 et 1000. Cette valeur
correspond approximativement au nombre de points sur la surface d'une moyenne
atome.

Par défaut, la couleur de chaque point sur une surface de points est la couleur de son plus proche
atome au moment où la surface est générée. La couleur de toute la surface du point peut
être modifié à l'aide du couleur dots commander.

Écho Le RasMol echo commande est utilisée pour afficher un message dans la commande/terminal RasMol
la fenêtre. Le paramètre de chaîne peut éventuellement être délimité par des guillemets doubles
personnages. Si aucun paramètre n'est spécifié, le echo La commande affiche une ligne vide.
Cette commande est particulièrement utile pour afficher du texte à partir d'un RasMol scénario
fichier.

English
Le RasMol English La commande définit les menus et les messages sur les versions anglaises.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

Exécution
Le RasMol exécuter commander:

1. enregistre l'ancien équilibre de la molécule (translation, rotation et zoom)

2. exécute la macro spécifiée en supprimant à la fois les mises à jour d'écran et l'enregistrement

3. anime le mouvement de la molécule nouvellement rendue linéairement de l'ancien équilibre à
le nouvel équilibre

La macro doit avoir été préalablement définie par des appels au reporter commander.

L'animation du mouvement dépend des réglages préalables du record commander.

français Le RasMol français La commande définit les menus et les messages sur les versions françaises.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

H Obligations Le RasMol hbond commande est utilisée pour représenter la liaison hydrogène de la protéine
l'épine dorsale de la molécule. Cette information est utile pour évaluer la protéine
structure secondaire. Les liaisons hydrogène sont représentées par des lignes pointillées ou
cylindres entre les résidus donneur et accepteur. La première fois le hbond commander
est utilisé, le programme recherche la structure de la molécule pour trouver des liaisons hydrogène
résidus et rapporte le nombre de liaisons à l'utilisateur. La commande obligations on
affiche les « obligations » sélectionnées sous forme de lignes pointillées, et le obligations de rabais éteint leur
affichage. La couleur des objets hbond peut être modifiée par le couleur hbond commander.
Initialement, chaque liaison hydrogène a les couleurs de ses atomes connectés.

Par défaut, les lignes pointillées sont tracées entre l'oxygène acceptant et le donneur
azote. En utilisant le set obligations commander les positions de carbone alpha du
des résidus appropriés peuvent être utilisés à la place. Ceci est particulièrement utile lors de l'examen
protéines dans la représentation du squelette.

Aide Le RasMol vous aider La commande fournit une aide en ligne sur le sujet donné.

Italien
Le RasMol Italien La commande définit les menus et les messages sur les versions italiennes.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

Japonais
Le RasMol Japonais La commande définit les menus et les messages sur les versions japonaises.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

Étiquette Le RasMol étiquette La commande permet d'associer une chaîne de texte formatée arbitraire
avec chaque atome actuellement sélectionné. Cette chaîne peut contenir des 'expansions
spécificateurs qui affichent les propriétés de l'atome étiqueté. Une extension
le spécificateur se compose d'un caractère '%' suivi d'un seul caractère alphabétique
en spécifiant la propriété à afficher. Un véritable caractère '%' peut être affiché
en utilisant le spécificateur d'extension '%%'.

L'étiquetage des atomes pour les atomes actuellement sélectionnés peut être désactivé avec la commande
étiquette de. Par défaut, si aucune chaîne n'est donnée en paramètre, RasMol utilise des étiquettes
approprié pour la molécule actuelle.

La couleur de chaque étiquette peut être modifiée en utilisant le couleur étiquette commander. Par défaut,
chaque étiquette est dessinée de la même couleur que l'atome auquel elle est attachée. Les
la taille et l'espacement du texte affiché peuvent être modifiés à l'aide de la set taille de police
commander. La largeur des traits dans le texte affiché peut être modifiée
en utilisant l' set coup de police
commander.

Charge Chargez un fichier de coordonnées de molécule dans RasMol. Les formats de fichier de molécule valides sont pdb
(format Banque de Données de Protéines), MDl (format de fichier MOL de Molecular Design Limited),
alchimie (format de fichier Tripos' Alchemy), mol2 (format de fichier Sybyl Mol2 de Tripos),
charme (format de fichier CHARMm), xyz (format de fichier XMol XYZ de MSC), mopac (JP
format de fichier MOPAC de Stewart) ou caf (format de fichier IUCr CIF ou mmCIF). Si aucun fichier
le format est spécifié, APD, CAF, or mmCIF est supposé par défaut. Jusqu'à 20 molécules
peut être chargé à la fois. Si les modèles de ligand CHEM_COMP sont inclus dans un fichier mmCIF,
ils seront chargés en tant que modèles RMN, en donnant d'abord tous les modèles RMN pour le modèle
coordonnées si spécifiées, puis en donnant tous les modèles RMN pour le modèle idéal
coordonnées.

Pour supprimer une molécule avant d'en charger une autre, utilisez le RasMol zap commander. À
sélectionner une molécule à manipuler utiliser le RasMol molécule commander.

La charge la commande sélectionne tous les atomes de la molécule, la centre sur l'écran
et le rend sous la forme d'un modèle filaire de couleur CPK. Si la molécule ne contient pas de liaisons
(c'est-à-dire qu'il ne contient que des carbones alpha), il est dessiné comme un squelette de carbone alpha. Si la
spécifie moins de liaisons que d'atomes, RasMol détermine la connectivité à l'aide du
Contact commander.

La charge en ligne La commande permet également le stockage des coordonnées des atomes dans les scripts pour
permettre une meilleure intégration avec les navigateurs WWW. Une commande de chargement exécutée dans un script
le fichier peut spécifier le mot-clé en ligne au lieu d'un nom de fichier conventionnel. Cette option
précise que les coordonnées de la molécule à charger sont stockées dans le même fichier
comme commandes en cours d'exécution.

Carte Le RasMol Localisation les commandes manipulent les cartes de densité électronique en coordination avec le
présentation des molécules. Ces commandes sont très gourmandes en mémoire et peuvent ne pas fonctionner sur
machines avec une mémoire limitée. Chaque molécule peut avoir autant de cartes que disponibles
la mémoire le permet. Les cartes peuvent être lues à partir de fichiers ou générées à partir de la densité gaussienne
distributions autour des atomes.

Localisation Couleur, colorier une carte selon un schéma de couleurs donné, Localisation produire, à
générer une carte à partir d'atomes sélectionnés basée sur des pseudo-gaussiennes, Localisation niveau, pour définir le
niveau de contour pour les cartes sélectionnées, Localisation charge, charger une carte à partir d'un fichier, Localisation masque
pour désigner un masque pour les cartes sélectionnées, Localisation résolution, pour régler la résolution
pour le contour des cartes sélectionnées, Localisation restreindre, pour sélectionner une ou plusieurs cartes et pour
désactiver tous les autres, Localisation enregistrer, pour enregistrer les informations cartographiques dans un fichier, Localisation escalader, des bactéries
le mise à l'échelle of pseudo-gaussiens quand générateur Plans, Localisation sélectionner, pour sélectionner un ou
plus de cartes, Localisation montrer, pour afficher des informations sur une ou plusieurs cartes ou sur les
paramètres à utiliser pour générer ou charger la carte suivante, Localisation espacement, de mettre en
l'espacement entre les courbes de niveau des cartes sélectionnées, Localisation se propager, pour définir l'écart
des gaussiennes pour la génération de carte en tant que fraction du rayon atomique, et Localisation zap
pour supprimer des cartes précédemment générées ou chargées.

L'effet de Localisation générer et Localisation charge commandes est modifié par le Localisation masque
commande qui limite la portion de l'espace d'affichage qui peut être considérée pour
affichage de cartes.

Carte couleur
Le RasMol Localisation couleur la commande colore les cartes sélectionnées selon les
schéma de couleurs. Le schéma de couleurs peut être un nom de couleur ou un triple RBG dans
parenthèses, ou le mot-clé atome pour que les points de la carte soient colorés par la couleur
de l'atome le plus proche.

Carte générer
Le RasMol Localisation générer La commande génère une carte à partir de tous les atomes actuellement
sélectionné, en additionnant les densités électroniques approchées par des distributions gaussiennes.
La hauteur de chaque gaussienne est déterminée par le réglage de la Localisation en échelon commander.
Par défaut, l'échelle de la carte est vraie, chaque gaussien a un élément proportionnel à la hauteur
type de l'atome. Si le paramètre optionnel 'LRSurf' est renseigné ou si l'échelle de la carte
false a été exécuté, chaque gaussien est mis à l'échelle de sorte que le niveau de contour gaussien
1 est dans le rayon van der Waals. Dans les deux cas, un écart type déterminé
par le spread ou la résolution le plus récemment spécifié est utilisé. Si un spread non nul
a été donné le rayon de l'atome est multiplié par la propagation pour trouver le
écart-type. La valeur par défaut est 2/3. Si une résolution a été donnée, le
la propagation est déduite comme les 2/3 de la résolution.

Par exemple, si la résolution est donnée comme 1., et l'atome en question est un Carbone
avec un rayon de van der Waals de 468 unités RasMol (1.87 Angstroms), le
la propagation est de 6667 et l'écart type de la gaussienne est de 1.25
Angströms.

Si le spread a été mis à zéro, le spread pour chaque atome est déterminé à partir du
le rayon de van der Waals et le rayon de l'atome de sonde pour simuler l'effet d'un Lee-
surface de Richards.

Si aucune carte spécifique n'a été donnée par le sélecteur de carte, la nouvelle carte est donnée la prochaine
numéro de carte disponible.

Si une carte spécifique a été donnée par le sélecteur de carte, la nouvelle carte remplace cette carte. Si
plus d'une carte a été donnée par le sélecteur de carte, la nouvelle carte remplace la plus basse
numérotées des cartes sélectionnées. Dans tous les cas, la nouvelle carte devient l'actuel
carte sélectionnée.

La carte est affichée sous forme de points, de maillage ou d'une surface, selon la dernière carte
mode de rendu sélectionné ou le mode sélectionné sur la commande elle-même.

Carte niveau
Le RasMol Localisation niveau La commande définit le niveau de contour à utiliser pour créer
représentations ultérieures des cartes générées ou chargées. Si le mot-clé MEAN dans
utilisé, le niveau est relatif à la moyenne des données cartographiques. Sinon le niveau est
absolu.

En général, un niveau inférieur donne une carte contenant une plus grande partie du volume affiché,
tandis qu'un niveau plus élevé donne une carte contenant moins du volume affiché.

Carte charge
Le RasMol Localisation charge La commande charge un fichier de carte dans RasMol. Les formats valides sont
Format de carte CCP4 et format imgCIF.

Si aucune carte spécifique n'a été donnée par le sélecteur de carte, la nouvelle carte est donnée la prochaine
numéro de carte disponible.

Si une carte spécifique a été donnée par le sélecteur de carte, la nouvelle carte remplace cette carte. Si
plus d'une carte a été donnée par le sélecteur de carte, la nouvelle carte remplace la plus basse
numérotées des cartes sélectionnées. Dans tous les cas, la nouvelle carte devient l'actuel
carte sélectionnée.

La carte est affichée sous forme de points, de maillage ou d'une surface selon le dernier rendu de la carte
mode sélectionné.

Carte masque
Le RasMol Localisation masque la commande spécifie un masque à utiliser pour limiter l'espace d'affichage
à utiliser pour faire des représentations d'autres cartes ou supprimer un masque antérieur
spécification.

L'option 'sélectionné' indique que le masque doit être créé à partir du
atomes sélectionnés. Les ' L'option ' indique que le masque doit être copié depuis
la carte du nombre spécifié. L'option 'aucun' supprime le précédent
masque spécifié, le cas échéant.

Le sélecteur de carte spécifie la ou les cartes auxquelles le masque spécifié sera
appliqué. Par exemple, 'map next mask selected' spécifie que le
les atomes sélectionnés doivent être utilisés pour générer un masque à appliquer à toutes les cartes créées
par les commandes suivantes « chargement de la carte » ou « génération de la carte ».

N'importe quelle carte peut être utilisée comme masque. Les parties de la carte de masque supérieures à ou
égal à la valeur moyenne de la carte de masque permet aux valeurs de la carte d'être masquées
à utiliser tel que donné. Les parties de la carte de masque inférieures à la valeur moyenne de
la carte de masque provoque le traitement des valeurs de la carte masquée comme si elles étaient
égal à la valeur de données la plus basse de la carte masquée.

Carte RAPIDE
Le RasMol Localisation RAPIDE La commande spécifie la résolution en unités RasMol ou, si un
nombre contenant un point décimal est donné, la résolution en Angstroms à utiliser
dans la génération et la représentation des cartes.

La résolution est utilisée à l'espacement de la carte pour les représentations de cartes, indiquant
la séparation entre les niveaux de contour (voir le Localisation espacement commande) et de déduire
la carte étendue à utiliser dans les cartes générées à partir d'atomes sélectionnés (voir le Localisation propagation
commander). L'étalement de la carte est défini sur les deux tiers de la résolution spécifiée.

Carte restreindre
Le RasMol Localisation restreindre La commande sélectionne des cartes particulières pour les rendre actives
commandes de carte suivantes. Ceci est similaire au Localisation Sélectionner commande, mais ne
désactive l'affichage des cartes qui n'ont pas été sélectionnées.

Carte enregistrer
Le RasMol Localisation enregistrer La commande enregistre un fichier de carte imgCIF.

Si aucune carte spécifique n'a été donnée par le sélecteur de carte, les cartes actuellement sélectionnées et
leurs masques sont écrits dans le fichier, une carte et une paire de masques par bloc de données.

Carte en échelon
Le RasMol Localisation en échelon commande sélectionne la mise à l'échelle des pseudo-gaussiennes dans le Localisation
générer commandes. Dans la valeur par défaut de l'échelle de carte true, chaque gaussien a une hauteur
type d'élément proportionnel de l'atome. Si map scale false a été exécuté, chaque
Gaussian est mis à l'échelle de sorte que le niveau de contour gaussien 1 soit au niveau de van der Waals
rayon. Dans les deux cas, un écart type déterminé par le plus récent
la propagation ou la résolution spécifiée est utilisée.

Carte Sélectionner
Le RasMol Localisation Sélectionner La commande sélectionne des cartes particulières pour les rendre actives
commandes de carte suivantes. Ceci est similaire au Localisation restreindre commande, mais ne
désactiver l'affichage des cartes qui n'ont pas été sélectionnées.

Si l'optionnel atome paramètre est donné, la commande sélectionne les atomes de centre
plus proche des points de la carte. Le rayon de la recherche peut être spécifié par le
paramètre rayon_recherche. La valeur par défaut est de rechercher des atomes dans les 4 Angstroms plus
le rayon de la sonde. Si l'optionnel dans les paramètre est donné, la nouvelle sélection est
pris à l'intérieur des atomes actuellement sélectionnés. Si les options ajouter le paramètre est
donnée, la nouvelle sélection est ajoutée aux atomes actuellement sélectionnés. La valeur par défaut est
chercher dans tous les atomes.

Carte montrer
Le RasMol Localisation montrer commande provoque des informations sur les cartes spécifiées par la carte
sélecteur à écrire dans la fenêtre de commande.

Carte espacement
Le RasMol Localisation espacement commande spécifie l'espacement à utiliser entre le contour
lignes dans la création de représentations de cartes. L'espacement est généralement
donné en Angströms avec un point décimal, mais peut également être spécifié en unités RasMol
(250e d'Angstom) sous forme d'entier. Pour les cartes chargées en coordonnées de grille qui
l'espacement est parallèle aux bords de la cellule. L'espacement par défaut est d'un demi Angstrom.

Carte propagation
Le RasMol Localisation propagation commande spécifie l'inverse du nombre de standards
écarts par rayon à utiliser pour générer des cartes sous forme de sommes de gaussiennes centrées
sur les positions atomiques. L'écart par défaut est d'un deux tiers (c'est-à-dire que chaque rayon couvre
1.5 écart-type).

Si le spread a été mis à zéro, le spread pour chaque atome est déterminé à partir du
le rayon de van der Waals et le rayon de l'atome de sonde pour simuler l'effet d'un Lee-
surface de Richards.

Carte zap
Le RasMol Localisation zap la commande supprime les données et les représentations des cartes
spécifié par le sélecteur de carte. Les numéros de carte des cartes qui n'ont pas été supprimées
ne sont pas modifiés.

Molécule
Le RasMol molécule La commande sélectionne l'une des 5 molécules précédemment chargées pour
manipulation active. Alors que toutes les molécules sont affichées et peuvent être tournées
collectivement (voir le tourner tous commande), une seule molécule à la fois est
active pour la manipulation par les commandes qui contrôlent les détails du rendu.

Surveiller des
Le RasMol moniteur La commande permet l'affichage des moniteurs de distance. Une distance
moniteur est une ligne en pointillés (pointillés) entre une paire arbitraire d'atomes, éventuellement
marqué par la distance qui les sépare. La commande RasMol moniteur
ajoute un tel moniteur de distance entre les deux atomes spécifiés par l'atome
numéros de série donnés en paramètres

Les moniteurs de distance sont désactivés avec la commande moniteurs de. Par défaut,
les moniteurs affichent la distance entre ses deux extrémités sous la forme d'une étiquette au centre
du moniteur. Ces étiquettes de distance peuvent être désactivées avec la commande set
moniteurs de, et réactivé avec la commande set moniteurs sur. Comme la plupart des autres
représentations, la couleur d'un moniteur est tirée de la couleur de ses extrémités
sauf indication contraire du couleur moniteurs commander.

Des moniteurs de distance peuvent également être ajoutés à une molécule de manière interactive avec la souris,
en utilisant l' set cueillette moniteur commander. Cliquer sur un atome entraîne son
identifié sur la ligne de commande rasmol. De plus, chaque atome sélectionné incrémente un
compteur modulo tel que, en mode moniteur, un atome sur deux affiche la distance
entre cet atome et le précédent. La touche majuscule peut être utilisée pour former la distance
moniteurs entre un atome fixe et plusieurs positions consécutives. Un moniteur à distance
peut également être supprimé (basculé) en sélectionnant la paire appropriée de points d'extrémité d'atome
une seconde fois.

Basculer
Le RasMol Pas de bascule La commande active ou désactive l'utilisation de la capacité de basculement qui
est utilisé par certaines des autres commandes RasMol. Lorsqu'aucune valeur booléenne n'est spécifiée,
Le mode NoToggle est ACTIVÉ. Lorsque le mode NoToggle est ACTIVÉ, toutes les fonctionnalités de basculement
est DÉSACTIVÉ. Pour le désactiver, il faut explicitement définir nonbasculer de.

Certaines commandes qui utilisent la fonction de basculement sont : Mode Couleur. Plus de fonctions qui
utiliser cette capacité peut être ajouté à une date ultérieure.

Pause Le RasMol pause La commande est utilisée dans les fichiers de script pour arrêter le fichier de script pour le local
manipulation par une souris, jusqu'à ce qu'une touche soit enfoncée pour redémarrer le fichier de script. Attendez
est synonyme d' pause. Cette commande peut être exécutée dans les fichiers de script RasMol pour
suspendre l'exécution séquentielle des commandes et permettre à l'utilisateur d'examiner les
Image actuelle. Lorsque RasMol exécute un pause commande dans un fichier de script, il suspend
l'exécution du reste du fichier, rafraîchit l'image à l'écran et permet la
manipulation de l'image à l'aide de la souris et des barres de défilement, ou redimensionnement de la
fenêtre graphique. Une fois qu'une touche est enfoncée, le contrôle revient au fichier de script à la
ligne suivant le pause commander. Pendant qu'un script est suspendu, la molécule peut être
pivoté, traduit, mis à l'échelle, en dalles et sélectionné comme d'habitude, mais toutes les commandes de menu sont
désactivée.

PLAY Le RasMol jeux et sport La commande spécifie le support d'enregistrement à partir duquel lire un
film. L'heure de début de l'image de lecture est donnée en secondes avec une précision de la milliseconde.
Puisque nous travaillons sur des ordinateurs, le support est spécifié comme un ensemble de fichiers, chacun
marqué avec l'heure de début de l'image de lecture en millisecondes dans le nom. Les
place dans le nom auquel rechercher l'heure de début de l'image de lecture dans
millisecondes est marqué par les caractères "ssssss" avec un nombre approprié de
chiffres. RasMol accepte les majuscules ou les minuscules ou les chiffres décimaux pour marquer
l'endroit pour le moment. Les commandes de lecture et d'éjection suppriment efficacement
le support spécifié de l'utilisation. Si aucun support n'est spécifié, play off suspend la lecture
et jouer sur reprend la lecture. Normalement, le jeu commence immédiatement et se poursuit jusqu'à la fin
du médium. Cependant, si un play off et/ou une combinaison de play from et
jouer jusqu'à ce que est entré avant jeux et sport type moyen, ces paramètres seront utilisés.

Depuis la version 2.7.5, RasMol prend en charge la lecture à partir de scripts et de fichiers de données.

Imprimé Le RasMol impression la commande envoie l'image actuellement affichée à la valeur par défaut locale
imprimante à l'aide du pilote d'imprimante natif du système d'exploitation. Remarque : cette commande est
pas encore supporté sous UNIX ou VMS. Il est destiné à tirer parti de Microsoft
Pilotes d'imprimante Windows et Apple Macintosh. Par exemple, cela permet aux images d'être
imprimé directement sur une imprimante matricielle.

Lors de l'utilisation de RasMol sur un système UNIX ou VMS, cette fonctionnalité peut être obtenue en
soit en générant un fichier PostScript à l'aide du RasMol écrire ps or écrire vecteurs
commandes et l'imprimer ou générer un fichier image raster et utiliser un utilitaire pour
déchargez-le sur l'imprimante locale.

quitter Quittez le programme RasMol. Les commandes RasMol sortie et quitter sont synonymes,
sauf dans les scripts imbriqués. Dans ce cas, sortie ne termine que le courant
niveau, tandis que quitter termine tous les niveaux imbriqués de scripts.

Enregistrement Le RasMol record La commande spécifie le support d'enregistrement pour contenir le film. Depuis
nous travaillons sur des ordinateurs, le support est spécifié comme modèle pour un ensemble de
fichiers, chacun marqué par l'heure de début de l'image de lecture en millisecondes (plutôt que
en secondes pour éviter d'incorporer une virgule décimale) dans le nom. L'endroit dans
le nom à remplacer par l'heure de début de l'image de lecture en millisecondes est
marqué par les caractères "ssssss" avec un nombre approprié de chiffres. RasMol
accepte des s majuscules ou minuscules ou des chiffres décimaux pour marquer l'emplacement du
temps. Les commandes record off suppriment l'utilisation du support spécifié. Si pas de support
est spécifié, l'enregistrement désactivé suspend l'enregistrement et l'enregistrement activé reprend l'enregistrement avec
la prochaine fois disponible sur le même support. L'écran est le support par défaut et
est, par défaut, activé. L'écriture sur le disque doit être explicitement spécifiée pour que le disque
ne se remplit pas par inadvertance. Le type de support d'enregistrement peut être un
type d'image tel que gif, pict ou png pour enregistrer les images d'écran réelles ou le script pour
enregistrer les commandes RasMol utilisées pour générer les trames.

Normalement, l'enregistrement commence à l'heure de début de l'image de lecture 0 seconde. Un non nul
le temps de démarrage en secondes peut être spécifié avec le record de commande comme dans record
de 25 or record de 37.25 aider à organiser les scènes de films à assembler
plus tard dans un ordre approprié. Les record jusqu'au commande permet une limite supérieure à
être réglé sur la durée d'enregistrement en secondes. La valeur par défaut est de n'avoir aucune limite. Délivrance du
commandes

record de 600

record jusqu'au 1800

se traduirait par un segment de film de 20 minutes destiné à commencer 10 minutes dans un
film plus long. Ces commandes permettent de contrôler la réécriture des segments de temps sélectionnés.

Refresh
Le RasMol rafraîchir La commande redessine l'image courante. Ceci est utile dans les scripts pour
assurer l'application d'une liste complexe de changements de paramètres.

Renuméroter
Le RasMol renuméroter commande numérote séquentiellement les résidus dans un macromoléculaire
chaîne. Le paramètre facultatif spécifie la valeur du premier résidu dans le
séquence. Par défaut, cette valeur est un. Pour les protéines, chaque acide aminé est numéroté
consécutivement du terminus N au terminus C. Pour les acides nucléiques, chaque base
est numéroté de l'extrémité 5' à l'extrémité 3'. Toutes les chaînes dans le courant
base de données sont renumérotées et les lacunes dans la séquence d'origine sont ignorées. Le départ
la valeur pour la numérotation peut être négative.

Réinitialiser Le RasMol réinitialiser La commande restaure la transformation d'affichage d'origine et le centre de
rotation. L'échelle est réglée sur sa valeur par défaut, zoom 100 le centre de rotation
est fixé au centre géométrique de la molécule actuellement chargée, centre tous, ceci.
le centre est déplacé vers le milieu de l'écran et le point de vue défini sur le
orientation par défaut.

Cette commande ne doit pas être confondue avec le RasMol zap commande qui supprime le
molécule actuellement stockée, ramenant le programme à son état initial.

Limiter
Le RasMol restreindre La commande définit à la fois la région actuellement sélectionnée du
molécule et désactive la représentation de (la plupart de) ces parties de la molécule
n'est plus sélectionné. Toutes les commandes RasMol suivantes qui modifient la couleur d'une molécule
ou la représentation n'affectent que la région actuellement sélectionnée. Le paramètre d'un
restreindre La commande est une expression d'atome RasMol qui est évaluée pour chaque atome de
la molécule actuelle. Cette commande est très similaire à la RasMol Sélectionner commander,
sauf restreindre désactive le filaire, remplissage d'espace et colonne vertébrale représentations dans
la région non sélectionnée.

Tapez « expression d'aide » pour plus d'informations sur les expressions d'atome RasMol ou consultez
Atom Expressions.

Rubans
Le RasMol rubans La commande affiche la protéine ou l'acide nucléique actuellement chargé comme
une surface "ruban" solide et lisse passant le long de l'épine dorsale de la protéine. Les
un ruban est tracé entre chaque acide aminé dont le carbone alpha est actuellement sélectionné.
La couleur du ruban est modifiée par le RasMol couleur ruban commander. Si la
la couleur actuelle du ruban est aucun (par défaut), la couleur est tirée de l'alpha
carbone à chaque position le long de sa longueur.

La largeur du ruban à chaque position est déterminée par le paramètre facultatif dans
les unités RasMol habituelles. Par défaut, la largeur du ruban est tirée de la
structure secondaire de la protéine ou une valeur constante de 720 (2.88 angströms) pour
acides nucléiques. La largeur par défaut des hélices alpha et des feuilles bêta des protéines est de 380
(1.52 Angstroms) et 100 (0.4 Angstroms) pour les tours et la bobine aléatoire. Le secondaire
l'affectation de la structure est soit à partir du fichier PDB, soit calculée à l'aide du DSSP
algorithme tel qu'il est utilisé par le structure commander. Cette commande est similaire à la RasMol
commander brins qui rend le ruban biomoléculaire comme une profondeur parallèle
courbes.

Rotation Faites pivoter la molécule autour de l'axe spécifié. Valeurs autorisées pour l'axe
sont "x", "y", "z" et "bond". Le paramètre entier indique l'angle dans
degrés pour que la structure soit tournée. Pour les axes X et Y, les valeurs positives se déplacent
le point le plus proche en haut et à droite, et les valeurs négatives le déplacent vers le bas et à gauche,
respectivement. Pour l'axe Z, une rotation positive agit dans le sens horaire et une rotation négative
angle dans le sens inverse des aiguilles d'une montre.

Alternativement, cette commande peut être utilisée pour spécifier quelles rotations la souris ou
les cadrans contrôleront. Si tourner lien oui est sélectionné, la barre de défilement horizontale
contrôlera la rotation autour de l'axe sélectionné par le lien src dst en particulier pendant la préparation commander.
If tourner tous oui est sélectionné et que plusieurs molécules ont été chargées, alors toutes
les molécules vont tourner ensemble. Dans tous les autres cas, la souris et les molettes contrôlent le
la rotation de la molécule sélectionnée par le molécule n commander.

Russe
Le RasMol Russe La commande définit les menus et les messages sur les versions russes.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

Enregistrer Enregistrez l'ensemble d'atomes actuellement sélectionné dans une banque de données de protéines (PDB), MDL,
Fichier au format Alchemy(tm) ou XYZ. La distinction entre cette commande et la
RasMol écrire la commande a été abandonnée. La seule différence est que sans format
spécifier le enregistrer commande génère un APB fichier et le écrire commande génère un
GIF l'image.

scénario Le RasMol scénario commande lit un ensemble de commandes RasMol séquentiellement à partir d'un texte
fichier et les exécute. Cela permet aux séquences de commandes couramment utilisées d'être
stocké et exécuté par une seule commande. Un fichier de script RasMol peut contenir un autre
commande de script jusqu'à une "profondeur" maximale de 10, permettant des séquences compliquées de
actions à exécuter. RasMol ignore tous les caractères après le premier caractère '#'
sur chaque ligne permettant d'annoter les scripts. Les fichiers de script sont souvent également
annoté à l'aide du RasMol echo commander.

La façon la plus courante de générer un fichier de script RasMol est d'utiliser le écrire scénario or
écrire rasmol commandes pour afficher la séquence de commandes nécessaires pour
régénérer la vue actuelle, la représentation et la coloration de l'actuel
molécule affichée.

La commande RasMol source est synonyme de scénario commander.

Choisir Définissez la région actuellement sélectionnée de la molécule. Tous les RasMol suivants
commandes qui manipulent une molécule ou modifient uniquement sa couleur ou sa représentation
affecter la région actuellement sélectionnée. Le paramètre d'un Sélectionner la commande est un RasMol
expression qui est évaluée pour chaque atome de la molécule actuelle. Le actuellement
région (active) sélectionnée de la molécule sont les atomes qui provoquent l'expression
évaluer vrai. Pour sélectionner la molécule entière utilisez la commande RasMol Sélectionner tout.
Le comportement du Sélectionner commande sans aucun paramètre est déterminée par le
RasMol hétéro et Hydrogénation paramètres.

Tapez « expression d'aide » pour plus d'informations sur les expressions d'atome RasMol ou consultez
Atom Expressions.

Ensemble Le RasMol set La commande permet à l'utilisateur de modifier divers paramètres internes du programme
tels que ceux contrôlant les options de rendu. Chaque paramètre a son propre jeu ou
options de paramètres autorisées. En règle générale, l'omission de l'option de paramètre réinitialise que
paramètre à sa valeur par défaut. Une liste de noms de paramètres valides est donnée ci-dessous.

Afficher Le RasMol montrer commande afficher les détails de l'état du actuellement chargé
molécule. La commande montrer d'information répertorie le nom de la molécule, la classification,
Le code PDB et le nombre d'atomes, de chaînes, de groupes qu'il contient. Si liaison hydrogène,
ponts disulfures ou structure secondaire ont été déterminés, le nombre de
hbonds, ssbonds, helices, ladders et turn sont également affichés, respectivement. Les
commander montrer centre affiche toutes les valeurs de centrage non nulles sélectionnées par le centre
[CenX, Ceny, CenZ] commander. La commande montrer phipsi montre les angles phi et psi de
les résidus actuellement sélectionnés et les angles oméga des liaisons peptidiques cis. Les
commander montrer RamImprimer (ou 'show RPP' ou 'show RamachandranPrinterPlot') montre un
simple tracé d'imprimante Ramachandran dans le style du fisipl de Frances Bernstein
programme. La commande montrer rotation (ou 'show rot' ou 'show 'rotate') montre le
les valeurs actuellement sélectionnées de z, y, x et les rotations de liaison, le cas échéant. La commande montrer
choisi (ou « afficher le groupe sélectionné » ou « afficher la chaîne sélectionnée » ou « afficher la sélection
atom' ) affiche les groupes (par défaut), les chaînes ou les atomes de la sélection courante. Les
commander montrer séquence énumère les résidus qui composent chaque chaîne de la molécule.
La commande montrer symétrie montre le groupe d'espace et la cellule unitaire de la molécule. Les
commander montrer traductions affiche toutes les valeurs de traduction non nulles sélectionnées par le
traduire commander. La commande montrer zoom montre tout zoom non nul
valeur choisie par le zoom commander.

Dalle Le RasMol dracula La commande active, désactive ou positionne le plan de découpage z du
molécule. Le programme ne dessine que les parties de la molécule qui sont plus loin
du spectateur que le plan de dallage. Les valeurs entières vont de zéro à la
tout en arrière de la molécule à 100 qui est complètement devant la molécule.
Des valeurs intermédiaires déterminent le pourcentage de la molécule à prélever.

Cette commande interagit avec le profondeur commande, qui se clipse à l'arrière d'un
un plan de découpage z donné.

Remplissage de l'espace
Le RasMol remplissage d'espace La commande est utilisée pour représenter tous les éléments actuellement sélectionnés
atomes sous forme de sphères solides. Cette commande est utilisée pour produire à la fois l'union des sphères et
modèles boule et bâton d'une molécule. La commande, remplissage d'espace vrai, le défaut,
représente chaque atome comme une sphère de rayon de van der Waals. La commande remplissage d'espace
de rabais désactive la représentation de l'atome sélectionné sous forme de sphères. Un rayon de sphère
peut être spécifié sous la forme d'un nombre entier en unités RasMol (1/250e Angstrom) ou d'une valeur
contenant un point décimal. Une valeur de 500 (2.0 angströms) ou plus donne un
Erreur "Valeur de paramètre trop grande".

La la réactivité L'option définit le rayon de chaque sphère à la valeur stockée dans son
champ de température. Les valeurs nulles ou négatives n'ont aucun effet et les valeurs supérieures à
2.0 sont tronqués à 2.0. Les utilisateur option permet au rayon de chaque sphère d'être
spécifié par des lignes supplémentaires dans le fichier PDB de la molécule en utilisant la COULEUR de Raster 3D
extension d'enregistrement.

La commande RasMol cpk est synonyme de remplissage d'espace commander.

La commande RasMol cpknew est synonyme de remplissage d'espace commande, sauf qu'un
un ensemble de couleurs légèrement différent est utilisé.

espagnol
Le RasMol espagnol La commande définit les menus et les messages sur les versions espagnoles.

Cette commande peut ne pas fonctionner correctement si les polices appropriées n'ont pas été installées.
Les commandes Bulgare, Chinois, Anglais, Français, Italienne, Russe et espagnol Au cours de cette réunion, Matthew a obtenu de précieux conseils et Linda lui a demandé de la tenir au courant de ses progrès.
être utilisé pour sélectionner bulgare, chinois, anglais, français, italien, japonais, russe
et des menus et messages en espagnol si les polices appropriées ont été installées.

Obligations SS
Le RasMol obligations SS commande est utilisée pour représenter les ponts disulfure de la
molécule de protéine sous forme de lignes pointillées ou de cylindres entre les
cystéines. La première fois que le obligations SS commande est utilisée, le programme recherche
la structure de la protéine pour trouver des demi-paires de cystéine (cystéines dont les soufres
sont à moins de 3 Angströms l'un de l'autre) et rapporte le nombre de ponts au
utilisateur. La commande obligations SS on affiche les « obligations » sélectionnées sous forme de lignes pointillées, et le
commander obligations SS de rabais désactive l'affichage des ssbonds dans la zone actuellement sélectionnée.
La sélection des ponts disulfure est identique aux liaisons normales et peut être ajustée
en utilisant le RasMol set mode de liaison commander. La couleur des liaisons disulfure peut être
modifié à l'aide du couleur obligations SS commander. Par défaut, chaque liaison disulfure a le
couleurs de ses atomes connectés.

Par défaut, des liaisons disulfure sont tracées entre les atomes de soufre au sein de la cystéine
groupes. En utilisant le set obligations SS commander la position de l'alpha de la cystéine
des charbons peuvent être utilisés à la place.

Étoile Le RasMol étoile La commande est utilisée pour représenter tous les atomes actuellement sélectionnés comme
étoiles (six traits, un chacun dans les directions x, -x, y, -y, z et -z). le
commandes Sélectionner pas collé suivie par étoile 75 sont utiles pour marquer les atomes non liés dans
a wireframe afficher avec moins de frais généraux que fournis par remplissage d'espace 75. Cela peut être
fait automatiquement pour tous les affichages filaires suivants avec la commande set
mode de liaison pas collé.

La commande étoile vrai, la valeur par défaut, représente chaque atome comme une étoile avec des traits
longueur égale au rayon de van der Waals. La commande étoile de rabais éteint le
représentation de l'atome sélectionné sous forme d'étoiles. Une longueur de course en étoile peut être spécifiée
sous forme d'entier en unités RasMol (1/250e Angstrom) ou d'une valeur contenant une décimale
point. Une valeur de 500 (2.0 angströms) ou plus entraîne une "valeur de paramètre également
grande" erreur.

La la réactivité L'option définit la longueur du trait de chaque étoile à la valeur stockée dans
son champ de température. Les valeurs nulles ou négatives n'ont aucun effet et les valeurs supérieures
supérieur à 2.0 sont tronqués à 2.0. Les utilisateur L'option permet la longueur de course de chaque
étoile à spécifier par des lignes supplémentaires dans le fichier PDB de la molécule à l'aide de Raster
Extension d'enregistrement COULEUR de 3D.

Le RasMol remplissage d'espace La commande peut être utilisée pour un rendu plus artistique des atomes comme
sphères.

Stéréo Le RasMol stéréo La commande fournit un affichage stéréo côte à côte des images. Stéréo
la visualisation d'une molécule peut être activée (et désactivée) soit en sélectionnant Stéréo de
le Options menu, ou en tapant les commandes stéréo on or stéréo de.

À partir de la version 2.7.2.1 de RasMol, le Stéréo sélection de menu et la commande
stéréo sans arguments cycle à partir de l'état initial de stéréo de rabais à stéréo on in
mode louche pour stéréo on en mode yeux fermés, puis de nouveau à stéréo de.

L'angle de séparation entre les deux vues peut être ajusté avec le set stéréo [-]
commande, où les valeurs positives entraînent une vision croisée et négative
valeurs en visionnement détendue (yeux muraux). L'inclusion de [-] dans le stéréo
commande, comme par exemple dans stéréo 3 or stéréo -5, contrôle également l'angle et
direction.

La commande stéréo n'est que partiellement implémentée. Lorsque la stéréo est allumée, le
l'image n'est pas correctement recentrée. (Cela peut être fait avec un traduire x -
commande.) Il n'est pas pris en charge dans les fichiers de sortie PostScript vectoriels, n'est pas enregistré par
le écrire scénario commande, et en général n'est pas encore correctement interfacé avec
plusieurs autres fonctionnalités du programme.

Colliers de perles
Le RasMol brins La commande affiche la protéine ou l'acide nucléique actuellement chargé comme
un "ruban" lisse de courbes de profondeur passant le long de l'épine dorsale de la protéine.
Le ruban est composé d'un certain nombre de brins parallèles les uns aux autres
le long du plan peptidique de chaque résidu. Le ruban est tiré entre chaque amino
acide dont le carbone alpha est actuellement sélectionné. La couleur du ruban est modifiée
par le RasMol couleur ruban commander. Si la couleur actuelle du ruban est aucun (les
par défaut), la couleur est tirée du carbone alpha à chaque position le long de son
longueur. Les brins centraux et extérieurs peuvent être colorés indépendamment en utilisant le
couleur ruban1 et couleur ruban2 commandes, respectivement. Le nombre de brins dans
le ruban peut être modifié à l'aide du RasMol set brins commander.

La largeur du ruban à chaque position est déterminée par le paramètre facultatif dans
les unités RasMol habituelles. Par défaut, la largeur du ruban est tirée de la
structure secondaire de la protéine ou une valeur constante de 720 pour les acides nucléiques
(qui produit un ruban de 2.88 Angstroms de large). La largeur par défaut de la protéine alpha
hélices et feuilles bêta est de 380 (1.52 Angstroms) et 100 (0.4 Angstroms) pour les tours
et bobine aléatoire. L'affectation de la structure secondaire provient soit du fichier PDB, soit
calculé à l'aide de l'algorithme DSSP tel qu'il est utilisé par le structure commander. Cette commande
est similaire à la commande RasMol rubans qui rend le ruban biomoléculaire comme un
surface ombragée lisse.

Structure
Le RasMol structure La commande calcule les affectations de structure secondaire pour le
protéine actuellement chargée. Si le fichier PDB d'origine contenait une affectation structurelle
enregistrements (HELIX, SHEET et TURN) ceux-ci sont supprimés. Initialement, les liaisons hydrogène
de la molécule actuelle sont trouvées, si cela n'a pas déjà été fait. Le secondaire
La structure est ensuite déterminée à l'aide de l'algorithme DSSP de Kabsch et Sander. Une fois que
terminé le programme rapporte le nombre d'hélices, de brins et de tours trouvés.

Surface
Le RasMol surface commande rend une surface moléculaire de Lee-Richards résultant de
faire rouler un atome sonde sur les atomes sélectionnés. La valeur donnée spécifie le rayon
de la sonde. Si donnée sous la première forme, la développée de la surface de la sonde
s'affiche (la surface exclue du solvant). Si elle est donnée sous la deuxième forme, l'enveloppe
des positions du centre de la sonde est indiquée (le solvant accessible
surface).

Tracer Le RasMol tracer la commande affiche une spline lisse entre le carbone alpha consécutif
postes. Cette spline ne passe pas exactement par la position du carbone alpha de
chaque résidu, mais suit le même chemin que rubans, brins et les dessins animés. Notez
que les résidus peuvent être affichés comme rubans, brins, dessins animés ou un trace.
L'activation de l'une de ces représentations désactive les autres. Cependant, un résidu peut
être affiché simultanément comme épine dorsale et comme l'une des représentations ci-dessus.
Cela peut changer dans les futures versions de RasMol. Avant la version 2.6, tracer était
synonyme de colonne vertébrale.

Tracer la réactivité affiche l'épine dorsale comme un cylindre plus large à haute température
facteurs et plus mince au plus bas. Cette représentation est utile à la radiographie
cristallographes et spectroscopistes RMN.

Traduire
Le RasMol traduire commande déplace la position du centre de la molécule sur
l'écran. Le paramètre d'axe spécifie le long de quel axe la molécule doit être
déplacé et le paramètre entier spécifie la position absolue de la molécule
centre à partir du milieu de l'écran. Les valeurs autorisées pour le paramètre d'axe sont
"x", "y" et "z". Les valeurs de déplacement doivent être comprises entre -100 et 100, ce qui
correspondent au déplacement de la molécule actuelle juste en dehors de l'écran. Un "x" positif
le déplacement déplace la molécule vers la droite, et un déplacement positif "y" se déplace
la molécule vers le bas de l'écran. La paire de commandes traduire x 0 et traduire y 0
centre la molécule sur l'écran.

Délier La commande RasMol non lié retire le lien désigné de la
dessin.

La commande non lié sans arguments supprime une obligation précédemment choisie par le lien
en particulier pendant la préparation commander.

wireframe
Le RasMol wireframe La commande représente chaque liaison dans la région sélectionnée du
molécule comme un cylindre, une ligne ou un vecteur de profondeur. L'affichage des obligations comme
les vecteurs de profondeur (dessinés plus sombres à mesure que vous vous éloignez du spectateur) sont activés par
la commande wireframe or wireframe sur. Les obligations sélectionnées sont affichées comme
cylindres en spécifiant un rayon sous forme d'entier en unités RasMol ou contenant
un point décimal comme valeur en Angstroms. Une valeur de paramètre de 500 (2.0 Angströms)
ou au-dessus entraîne une erreur "Valeur de paramètre trop grande". Les obligations peuvent être colorées
en utilisant l' couleur obligations commander.

Si les liaisons sélectionnées impliquaient des atomes de conformères alternatifs, alors les liaisons sont
rétréci au milieu à un rayon de 8 du rayon spécifié (ou au rayon
spécifié comme deuxième paramètre facultatif).

Atomes non liés, qui pourraient devenir invisibles dans un wireframe l'affichage peut
être marqué par un précédent set mode de liaison pas collé commander. Si presque colinéaire
les liaisons aux atomes les rendent difficiles à voir dans un affichage filaire, le set
mode de liaison tous La commande ajoutera des marqueurs pour tous atomes dans la suite wireframe commander
exécutions.

Écrire Écrivez l'image actuelle dans un fichier dans un format standard. Image actuellement prise en charge
les formats de fichier incluent bmp (bitmap Microsoft) et gif (GIF Compuserve), iris (IRIS
RVB), ppm (Pixmap portable), ras (Fichier raster du soleil), ps et epsf (Encapsulé
PostScript), monopes (PostScript encapsulé monochrome), pict (Pomme PICT), vecteurs
(Vecteur Post-scriptum). Les écrire La commande peut également être utilisée pour générer la commande
scripts pour d'autres programmes graphiques. Le format scénario écrit un fichier contenant
le RasMol scénario commandes pour reproduire l'image courante. Le format molscript
écrit les commandes nécessaires pour rendre la vue actuelle de la molécule comme
rubans dans le programme Molscript de Per Kraulis et le format cinéma les commandes pour
Le programme Mage de David Richardson. Les formats suivants sont utiles pour
En traitement: povray (POVRay 2), povray3 (POVRay 3 -- en cours de développement), vrml (VRML
déposer). Enfin, plusieurs formats sont fournis pour fournir des données phi-psi pour la liste
ou pour phipsi (données phi-psi sous forme de liste annotée avec cis omegas), Ramachan et RDF
et RamachandranFichierDonnées (données phi-psi sous forme de colonnes de nombres pour gnuplot), RPP et
RamachandranImprimantePlot (données phi-psi sous forme de tracé d'imprimante).

La distinction entre cette commande et le RasMol enregistrer la commande a été abandonnée.
La seule différence est que sans spécificateur de format, le enregistrer commande génère un
APB fichier et le écrire commande génère un GIF l'image.

Zap Supprime le contenu de la base de données actuelle et réinitialise les variables de paramètre à
leur état initial par défaut.

Zoom Modifiez le grossissement de l'image actuellement affichée. Paramètres booléens
agrandir ou réinitialiser l'échelle de la molécule actuelle. Un paramètre entier
spécifie le grossissement souhaité en pourcentage de l'échelle par défaut. Les
la valeur minimale du paramètre est 10 ; la valeur maximale du paramètre dépend de la
taille de la molécule affichée. Pour les protéines de taille moyenne, c'est environ 500.

SET PARAMETRES

RasMol a un certain nombre de paramètres internes qui peuvent être modifiés à l'aide de la set commander.
Ces paramètres contrôlent un certain nombre d'options du programme telles que les options de rendu et la souris
mappages de boutons.

choisir play.fps radius record.aps

Ensemble Ambiant
Le RasMol ambiant paramètre est utilisé pour contrôler la quantité d'ambiant (ou
environnant) la lumière dans la scène. le ambiant la valeur doit être comprise entre 0 et 100. Elle
contrôle le pourcentage d'intensité de la teinte la plus sombre d'un objet. Pour un solide
objet, c'est l'intensité des surfaces opposées à la source lumineuse ou dans
ombre. Pour les objets de profondeur, il s'agit de l'intensité des objets les plus éloignés de la
téléspectateur.

Ce paramètre est couramment utilisé pour corriger les moniteurs avec différents "gamma
valeurs" (luminosité), pour modifier la luminosité ou l'obscurité d'une image papier lorsque
imprimé ou pour modifier la sensation de profondeur pour les représentations filaires ou ruban.

Ensemble Haches
Le RasMol axes paramètre contrôle l'affichage des axes de coordonnées orthogonaux sur le
affichage actuel. Les axes de coordonnées sont ceux utilisés dans le fichier de données de la molécule, et
l'origine est le centre de la boîte englobante de la molécule. Les set axes la commande est
similaire aux commandes set boîte liée et set cellule unitaire qui affichent la boîte englobante
et la maille cristallographique, respectivement.

Ensemble Fondu arrière
Le RasMol fondu en arrière Le paramètre est utilisé pour contrôler le backfade au
couleur de fond plutôt que noir. Ceci est contrôlé par les commandes set
fondu en arrière on et set fondu en arrière de. Par exemple, cela peut être utilisé pour générer
des images prédécoupées qui s'estompent en blanc plutôt qu'en noir.

Ensemble Biographie
Le RasMol fond paramètre est utilisé pour définir la couleur de la "toile"
Contexte. La couleur peut être donnée sous forme de nom de couleur ou de virgule séparée
triple des composants Rouge, Vert, Bleu (RVB) entre crochets. Taper le
commander vous aider couleurs donnera une liste des noms de couleurs prédéfinis reconnus par
RasMol. Lorsqu'il est exécuté sous X Windows, RasMol reconnaît également les couleurs dans le X
base de données de noms de couleurs du serveur.

La commande set fond est synonyme de la commande RasMol fond.

Ensemble Mode liaison
Le RasMol set mode de liaison commande contrôle le mécanisme utilisé pour sélectionner
liaisons et modifie l'affichage des atomes liés et non liés par
wireframe les commandes.

Lorsque vous utilisez le Sélectionner et restreindre commandes, une liaison donnée sera sélectionnée si i)
le mode de liaison est or et l'un des atomes connectés est sélectionné, ou ii) le
Bondmode est et et les deux atomes connectés par la liaison sont sélectionnés. D'où un
la liaison individuelle peut être identifiée de manière unique à l'aide de la commande set mode de liaison et
puis en sélectionnant uniquement les atomes aux deux extrémités.

La mode de liaison [tous | aucun | pas lié] commandes ajouter étoile 75 or remplissage d'espace 75 marqueurs
pour les atomes désignés à wireframe affiche. Les étoiles sont utilisées lorsque la valeur spécifiée
le rayon du filaire est nul.

Ensemble Obligations
Le RasMol obligations paramètre est utilisé pour contrôler l'affichage des doubles et triples liaisons comme
plusieurs lignes ou cylindres. Actuellement, les ordres d'obligations ne sont lus qu'à partir de MDL Mol
fichiers, fichiers au format Sybyl Mol2, fichiers au format Tripos Alchemy, CIF et mmCIF, et
fichiers PDB appropriés. Des liaisons doubles (et triples) sont spécifiées dans certains fichiers PDB par
en spécifiant une liaison donnée deux fois (et trois fois) dans les enregistrements CONECT. La commande
set obligations on permet l'affichage des ordres d'obligations, et la commande set obligations de rabais
les désactive.

Ensemble Boîte liée
Le RasMol boîte liée paramètre contrôle l'affichage de la molécule actuelle
cadre de délimitation sur l'écran. Le cadre de délimitation est orthogonal au fichier de données
axes de coordonnées d'origine. Les set boîte liée la commande est similaire aux commandes set
axes et set cellule unitaire qui affichent des axes de coordonnées orthogonaux et la boîte englobante,
respectivement.

Ensemble Dessin Animé
Le RasMol dessin animé paramètre est utilisé pour contrôler l'affichage de la version cartoon de
le rubans affichage. Par défaut, les terminaisons C des feuilles bêta sont affichées comme
pointes de flèches. Cela peut être activé et désactivé à l'aide de la set dessins animés
commander. La profondeur de la bande dessinée peut être ajustée à l'aide de la dessins animés
commander. le set dessins animés la commande sans aucun paramètre renvoie ces deux options
à
leurs valeurs par défaut.

Ensemble CisAngle
Le RasMol cisangle paramètre contrôle l'angle de coupure pour l'identification du peptide cis
obligations. Si aucune valeur n'est donnée, la coupure est fixée à 90 degrés.

Ensemble Présentoir
Cette commande contrôle le mode d'affichage dans RasMol. Par défaut, set l’affichage
normal RasMol affiche la molécule dans la représentation spécifiée par l'utilisateur.
La commande set l’affichage choisi modifie le mode d'affichage de telle sorte que la molécule soit
dessiné temporairement de manière à indiquer la partie actuellement sélectionnée de la molécule. le
Le schéma de couleurs et la représentation spécifiés par l'utilisateur restent inchangés. Dans ce
représentation tous les atomes sélectionnés sont affichés en jaune et tous les atomes non sélectionnés
sont représentés en bleu. La couleur de l'arrière-plan est également changée en gris foncé pour
indiquer le changement de mode d'affichage. Cette commande n'est généralement utilisée que par
des interfaces utilisateur graphiques (GUI) externes.

Ensemble Taille de police
Le RasMol set taille de police commande est utilisée pour contrôler la taille des caractères qui
former des étiquettes d'atomes. Cette valeur correspond à la hauteur du caractère affiché
en pixels. La valeur maximale de taille de police est de 48 pixels et la valeur par défaut est de 8
pixels de haut. L'espacement fixe ou proportionnel peut être sélectionné en ajoutant le "FS"
ou des modificateurs "PS", respectivement. La valeur par défaut est "FS". Pour afficher les étiquettes des atomes sur
l'écran utilise le RasMol étiquette commande et pour changer la couleur de l'affichage
étiquettes, utilisez le couleur qui commander.

Ensemble PoliceStroke
Le RasMol set coup de police La commande est utilisée pour contrôler la taille de la largeur du trait
des caractères qui forment les étiquettes des atomes. Cette valeur est le rayon en pixels de
cylindres utilisés pour former les courses. La valeur spéciale de "0" est la valeur par défaut utilisée
pour la largeur de trait normale d'un pixel, ce qui permet un dessin rapide et
rotation de l'image. Des valeurs non nulles sont fournies pour permettre une plus grande
étiquettes d'atomes pour publication au détriment du temps supplémentaire nécessaire au rendu de l'image.

Lorsque des traits plus larges sont utilisés, une taille de police plus grande est recommandée, par exemple en utilisant le
RasMol set taille de police 24 PS commande, suivie de set coup de police 2

Pour afficher les étiquettes des atomes à l'écran, utilisez le RasMol étiquette commande, et de changer
la couleur des étiquettes affichées utilise le couleur qui commander.

Ensemble H Obligations
Le RasMol obligations paramètre détermine si des liaisons hydrogène sont établies entre le
les atomes donneurs et accepteurs de la liaison hydrogène, set obligations chaîne latérale ou entre le
atomes de carbone alpha du squelette protéique et entre les atomes de phosphore du
squelette d'acide nucléique, set obligations colonne vertébrale. L'affichage réel des liaisons hydrogène
est commandé par l' obligations commander. Dessiner des liaisons hydrogène entre la protéine alpha
carbones ou atomes de phosphore d'acide nucléique est utile lorsque le reste de la molécule
n'est montré que dans une représentation schématique telle que colonne vertébrale, rubans or brins.
Ce paramètre est similaire au RasMol obligations SS paramètre.

Ensemble Hétéro
Le RasMol hétéro paramètre est utilisé pour modifier le comportement 'par défaut' du RasMol
Sélectionner commande, c'est-à-dire le comportement de Sélectionner sans aucun paramètre. Quand ce
valeur est faux, le défaut Sélectionner la région ne comprend pas d'atomes hétérogènes
(se référer à l'ensemble prédéfini hétéro ). Lorsque cette valeur est vrai, le défaut Sélectionner
région peut contenir des hétéroatomes. Ce paramètre est similaire au RasMol Hydrogénation
paramètre qui détermine si les atomes d'hydrogène doivent être inclus dans la valeur par défaut
ensemble. Si les deux hétéro et Hydrogénation are vrai, Sélectionner sans aucun paramètre est
équivalente à Sélectionner tout.

Ensemble Sablier
Le RasMol Sablier paramètre permet à l'utilisateur d'activer et de désactiver l'utilisation du
Curseur 'sablier' utilisé par RasMol pour indiquer que le programme est actuellement occupé
dessiner l'image suivante. La commande set Sablier on active l'indicateur, tandis que
set Sablier de rabais empêche RasMol de changer le curseur. Ceci est utile lorsque
faire tourner la molécule, exécuter une séquence de commandes à partir d'un fichier de script ou utiliser
communication interprocessus pour exécuter des séquences complexes de commandes. Dans ces cas
un curseur « clignotant » peut être gênant.

Ensemble Hydrogène
Le RasMol Hydrogénation paramètre est utilisé pour modifier le comportement "par défaut" du
RasMol Sélectionner commande, c'est-à-dire le comportement de Sélectionner sans aucun paramètre. Lorsque
cette valeur est faux, le défaut Sélectionner région ne comprend pas d'hydrogène,
atomes de deutérium ou de tritium (se référer à l'ensemble prédéfini Hydrogénation ). Lorsque cette valeur
is vrai, le défaut Sélectionner région peut contenir des atomes d'hydrogène. Ce paramètre est
similaire au RasMol hétéro paramètre qui détermine si des atomes hétérogènes
doit être inclus dans l'ensemble par défaut. Si les deux Hydrogénation et hétéro are vrai, Sélectionner
sans aucun paramètre équivaut à Sélectionner tout.

Ensemble Kinémage
Le RasMol set cinéma commande contrôle la quantité de détails stockés dans un Kinemage
fichier de sortie généré par le RasMol écrire cinéma commander. Le cinéma de sortie
les fichiers sont destinés à être affichés par le programme Mage de David Richardson. set
cinéma faux, la valeur par défaut, ne stocke que la représentation actuellement affichée dans
le fichier de sortie généré. La commande set cinéma vrai, génère un plus complexe
Kinemage qui contient à la fois les représentations filaire et dorsale ainsi que
les axes de coordonnées, le cadre de délimitation et la maille cristalline.

Ensemble menus
Le RasMol set menus La commande active les boutons de menu ou la barre de menu de la fenêtre de canevas.
Cette commande n'est généralement utilisée que par les interfaces utilisateur graphiques ou pour créer en tant que
une image aussi grande que possible lors de l'utilisation de Microsoft Windows.

Ensemble Surveiller des
Le RasMol set moniteur la commande active moniteurs. Les étiquettes du moniteur de distance peuvent
être désactivé avec la commande set moniteur de, et réactivé avec la commande set
moniteur sur.

Ensemble Souris
Le RasMol set souris La commande définit la rotation, la translation, la mise à l'échelle et le zoom
liaisons de souris. La valeur par défaut est rasmol qui convient aux souris à deux boutons
(pour les souris à trois boutons, les deuxième et troisième boutons sont synonymes) ; rotation XY
est contrôlé par le premier bouton, et la translation XY par le second. Supplémentaire
les fonctions sont contrôlées en maintenant une touche de modification sur le clavier. [Maj] et
le premier bouton effectue la mise à l'échelle, [shift] et le deuxième bouton effectue Z-
rotation, et [contrôle] et le premier bouton de la souris contrôle le plan de découpage. le
perspicacité et combien les options fournissent les mêmes liaisons de souris que les autres packages pour
utilisateurs expérimentés.

Ensemble Picking
Le RasMol set cueillette série de commandes affecte la façon dont un utilisateur peut interagir avec un
molécule affichée à l'écran dans RasMol.

Activer/Désactiver Atom Identification Cueillette: Cliquer sur un atome avec la souris
entraîne l'identification et l'affichage de son nom de résidu, numéro de résidu, atome
nom, numéro de série de l'atome et chaîne dans la fenêtre de commande. Ce comportement peut être
désactivé avec la commande set cueillette aucun et restauré avec la commande set
cueillette identifiant. La commande set cueillette coordination ajoute les coordonnées atomiques du
atome à l'écran.

Désactiver le prélèvement, en utilisant set cueillette de rabais est utile lors de l'exécution du pause
dans les scripts RasMol car elle empêche l'affichage de messages parasites sur le
ligne de commande pendant que le script est suspendu.

Mesure Distances, Angles et Torsion : Mesure interactive des distances,
angles et torsions est obtenu à l'aide des commandes : set cueillette distance set
cueillette moniteur, set cueillette angle et set cueillette torsion, respectivement. Dans ces
modes, cliquer sur un atome entraîne son identification sur la commande rasmol
ligne. De plus, chaque atome sélectionné incrémente un compteur modulo tel que dans
mode distance, chaque deuxième atome affiche la distance (ou moniteur de distance)
entre cet atome et le précédent. En mode angle, un atome sur trois affiche
l'angle entre les trois atomes précédents et en torsion tous les quatre atome
affiche la torsion entre les quatre derniers atomes. En maintenant enfoncée la touche majuscule
lors du prélèvement d'un atome, ce compteur modulo n'est pas incrémenté et permet, par
exemple, les distances d'atomes consécutifs à un atome fixe à afficher. Voir
le moniteur commande pour savoir comment contrôler l'affichage des lignes de moniteur de distance et
Étiquettes.

Étiquetage Atomes avec le Souris: La souris peut également être utilisée pour basculer l'affichage de
une étiquette d'atome sur un atome donné. La commande RasMol set cueillette étiquette supprime une étiquette
à partir d'un atome choisi s'il en a déjà un ou affiche une étiquette concise sur cet atome
positionner autrement.

Centrage Rotation avec le Souris: Une molécule peut être centrée sur un atome spécifié
positionner à l'aide des commandes RasMol set cueillette centre or set cueillette centre. In
ce mode, la sélection d'un atome fait que toutes les rotations ultérieures se déroulent autour de ce point.

Picking a lien as a Rotation Axe: Toute liaison peut être choisie comme axe de rotation
pour la portion de la molécule au-delà du deuxième atome sélectionné. Cette fonctionnalité
doit être utilisé avec prudence, car, naturellement, il modifie la conformation du
molécule. Après avoir exécuté set cueillette lien ou en utilisant l'équivalent "Pick Bond" dans
le menu "Paramètres", un lien à faire pivoter est choisi avec le même type de souris
clics comme sont utilisés pour choisir des atomes pour une mesure de distance. Normalement ça
doit être fait lorsqu'un lien existe, mais s'il n'existe pas de lien, il sera ajouté. le
lien ne peut pas être utilisé pour la rotation s'il fait partie d'un anneau de n'importe quelle taille. Toutes les obligations
sélectionnés pour la rotation sont mémorisés afin qu'ils puissent être correctement signalés lorsque
écrire un script, mais seul le lien le plus récemment sélectionné peut faire l'objet d'une rotation active.

Activation Atome/Groupe/Chaîne Sélection Cueillette: Les atomes, les groupes et les chaînes peuvent être
sélectionné (comme avec le Sélectionner commande), avec le set cueillette atome, set cueillette
groupe, set cueillette chaîne commandes. Pour chacune de ces commandes, la touche majuscule peut
être utilisé pour ajouter une nouvelle sélection à l'ancienne, et la touche de contrôle peut être utilisée
pour supprimer une nouvelle sélection de l'ancienne. Quand le set cueillette atome la commande est
donnée, la souris peut être utilisée pour sélectionner ou faire glisser une boîte autour des atomes pour lesquels
la sélection est souhaitée. Quand le set cueillette groupe la commande est donnée, en choisissant n'importe quel
atome provoquera la sélection de tous les atomes qui concordent en nombre de résidus avec le
atome choisi, même s'il est dans des chaînes différentes. Quand le set cueillette chaîne la commande est
étant donné, la sélection de n'importe quel atome entraînera la sélection de tous les atomes qui s'accordent en chaîne
identifiant avec l'atome choisi.

Ensemble PLAY
Le RasMol set jouer.fps la commande donne le nombre d'images par seconde pour la lecture
par le jeux et sport commande (par défaut 24 images par seconde).

Dans la version actuelle de RasMol, le minutage de la lecture n'est pas contrôlé par ce
paramètre.

Ensemble Rayon
Le RasMol set radius La commande est utilisée pour modifier le comportement du RasMol dots
commande en fonction de la valeur de la solvant paramètre. Lorsque solvant is vrai,
le radius paramètre contrôle si une vraie surface de van der Waals est générée par
le dots commander. Si la valeur de radius est autre chose que zéro, cette valeur est
utilisé comme rayon de chaque atome au lieu de sa vraie valeur vdW. Lorsque la valeur de
solvant is vrai, ce paramètre détermine le rayon de la 'sphère de sonde' (solvant).
Le paramètre peut être donné sous forme d'entier en unités rasmol ou contenant une décimale
point en Angströms. La valeur par défaut de ce paramètre est déterminée par la valeur
of solvant et changer solvant réinitialise radius à sa nouvelle valeur par défaut.

Ensemble Enregistrement
Le RasMol set enregistrement.aps donne la vitesse maximale à l'écran en Angstroms par
seconde dans l'animation des translations, des rotations et des zooms (par défaut 10 A/seconde).

Le RasMol set enregistrement.aps la commande donne le nombre d'images par seconde pour l'enregistrement
par le record commande (par défaut 24 images par seconde).

Le RasMol set enregistrer.dwell la commande définit le temps en secondes pour s'attarder sur un changement
en apparence (par défaut 5 sec).

Ensemble OmbrePuissance
La puissance de l'ombre paramètre (adopté de RasTop) détermine la répartition des nuances
(le contraste) utilisé dans le rendu des objets solides. Cette valeur entre 0 et 100
ajuste l'ombrage sur une surface d'objet orientée dans la direction de la lumière
la source. Changer le paramètre shadepower ne change pas le maximum ou le
valeurs minimales de cet ombrage, tout comme la modification de la ambiant paramètre. Une valeur de
100 concentre la lumière sur le dessus des sphères, donnant un très spéculaire, vitreux
rendu (voir le puissance spécifique paramètre). Une valeur de 0 distribue la lumière sur le
objet entier.

Cette implémentation de shadepower ne diffère de celle de RasTop que par le choix
de plage (0 à 100 contre -20 à 20 dans RasTop).

Ensemble Shadow
Le RasMol set ombre La commande active et désactive le lancer de rayons du
image rendue. Actuellement, seule la représentation de remplissage d'espace est ombrée ou peut
projette des ombres. L'activation de l'ombrage désactivera automatiquement le Z-clipping
(dallage) plan à l'aide de la commande dracula de. Le lancer de rayons prend généralement environ
quelques secondes pour une protéine de taille moyenne. Il est recommandé que l'ombrage
être normalement désactivé pendant que la molécule est transformée ou manipulée, et
activé uniquement une fois qu'un point de vue approprié est sélectionné, pour fournir une plus grande
impression de profondeur.

Ensemble Mode Dalle
Le RasMol mode dalle paramètre contrôle la méthode de rendu des objets coupés par le
plan de dallage (z-clipping). Les paramètres de brame valides sont "reject", "half",
« creux », « plein » et « section ».

Ensemble Solvant
Le RasMol set solvant commande est utilisée pour contrôler le comportement du RasMol dots
commander. En fonction de la valeur de la solvant paramètre, le dots commande soit
génère une surface van der Waals ou accessible aux solvants autour du
ensemble sélectionné d'atomes. La modification de ce paramètre réinitialise automatiquement la valeur de
le RasMol radius paramètre. La commande set solvant faux, la valeur par défaut,
indique qu'une surface de van der Waals doit être générée et réinitialise la valeur de
radius à zéro. La commande set solvant oui indique qu'un « Connolly » ou
La surface accessible aux solvants « Richards » doit être dessinée et définit la radius
paramètre, le rayon du solvant, à 1.2 Angstrom (ou 300 unités RasMol).

Ensemble Spéculaire
Le RasMol set spéculaire La commande active et désactive l'affichage des spéculaires
surbrillances sur des objets solides dessinés par RasMol. Les reflets spéculaires apparaissent en blanc
réflexions de la source lumineuse sur la surface de l'objet. Le RasMol actuel
l'implémentation utilise une fonction d'approximation pour générer cette surbrillance.

Les reflets spéculaires sur les surfaces des objets solides peuvent être modifiés en utilisant
le coefficient de réflexion spéculaire, qui est modifié à l'aide du RasMol set
puissance spécifique commander.

Ensemble SpecPuissance
La puissance spécifique paramètre détermine la brillance des objets solides rendus par
RasMol. Cette valeur comprise entre 0 et 100 ajuste le coefficient de réflexion utilisé dans
calculs de surbrillance spéculaire. Les reflets spéculaires sont activés et désactivés
par le RasMol set spéculaire commander. Les valeurs autour de 20 ou 30 produisent un aspect plastique
superficies. Les valeurs élevées représentent des surfaces plus brillantes telles que les métaux, tandis que les valeurs inférieures
les valeurs produisent des surfaces plus diffuses/ternes.

Ensemble Obligations SS
Le RasMol obligations SS paramètre détermine si des ponts disulfure sont tracés
entre les atomes de soufre dans la chaîne latérale (par défaut) ou entre l'alpha
atomes de carbone dans le squelette des résidus cystéines. L'affichage réel de
ponts disulfures est contrôlé par le obligations SS commander. Dessiner des ponts disulfures
entre les carbones alpha est utile lorsque le reste de la protéine n'est montré que dans un
représentation schématique telle que colonne vertébrale, rubans or brins. Ce paramètre est
similaire au RasMol obligations paramètre.

Ensemble Stéréo
Le RasMol set stéréo paramètre contrôle la séparation entre la gauche et la droite
images. L'activation et la désactivation de la stéréo ne repositionnent pas le centre de la molécule.

La visualisation stéréo d'une molécule peut être activée (et désactivée) soit en sélectionnant Stéréo
du Options menu, ou en tapant les commandes stéréo on or stéréo de.

L'angle de séparation entre les deux vues peut être ajusté avec le set stéréo [-]
commande, où les valeurs positives entraînent une vision croisée et négative
valeurs en visionnement détendue (yeux muraux). Actuellement, la visualisation stéréo n'est pas prise en charge
in vecteur PostScript fichiers de sortie.

Ensemble Colliers de perles
Le RasMol brins paramètre contrôle le nombre de brins parallèles qui sont
affiché dans les représentations de ruban de protéines. Les valeurs admissibles pour
ce paramètre sont 1, 2, 3, 4, 5 et 9. La valeur par défaut est 5. Le nombre de
brins est constant pour tous les rubans affichés. Cependant, la largeur du ruban
(la séparation entre les brins) peut être contrôlé sur une base de résidu par résidu
en utilisant le RasMol rubans commander.

Ensemble Transparent
Le RasMol communication paramètre contrôle l'écriture de GIF transparents par le
écrire gif commander. Cela peut être contrôlé par le set communication on et
set communication de rabais les commandes.

Ensemble Cellule d'unité
Le RasMol cellule unitaire paramètre contrôle l'affichage de l'unité cristallographique
cellule sur l'affichage actuel. La cellule de cristal n'est activée que si le
les informations de symétrie cristalline sont contenues dans le fichier de données PDB, CIF ou mmCIF. Les
Commande RasMol montrer symétrie afficher les détails du groupe spatial et de l'unité du cristal
axes cellulaires. Les set cellule unitaire la commande est similaire aux commandes set axes et set
boîte liée qui affichent des axes de coordonnées orthogonaux et la boîte englobante,
respectivement.

Ensemble VectPS
Le RasMol vecteurs paramètre est utilisé pour contrôler la façon dont le RasMol écrire
La commande génère des fichiers de sortie PostScript vectoriels. La commande set vecteurs on permet
l'utilisation de contours noirs autour des sphères et des liaisons cylindriques produisant des "cartoon-
comme" sortie haute résolution. Cependant, la mise en œuvre actuelle de RasMol
dessine de manière incorrecte des sphères qui sont coupées par plus d'une autre sphère.
Par conséquent, les modèles "ball and stick" sont rendus correctement mais ne remplissent pas beaucoup d'espace
modèles de sphères. Les contours de dessins animés peuvent être désactivés, par défaut, par la commande set
vecteurs de.

Ensemble Écrire
Le RasMol écrire paramètre contrôle l'utilisation du enregistrer et écrire commandes dans
scripts, mais il ne peut être exécuté qu'à partir de la ligne de commande. Par défaut, cette valeur
is faux, interdisant la génération de fichiers dans tous les scripts exécutés au démarrage
(comme ceux lancés à partir d'un navigateur WWW). Cependant, les animateurs peuvent démarrer RasMol
de manière interactive : tapez set écrire on puis exécutez un script pour générer chaque image
en utilisant la commande source.

ATOM EXPRESSIONS

Les expressions d'atome RasMol identifient de manière unique un groupe arbitraire d'atomes au sein d'une molécule.
Les expressions atomiques sont composées soit d'expressions primitives, d'ensembles prédéfinis, de comparaisons
les opérateurs, dans les expressions ou combinaisons logiques (booléennes) de l'expression ci-dessus
les types.

Les opérateurs logiques permettent de construire des requêtes complexes à partir de requêtes plus simples en utilisant
les connecteurs booléens standard et, or et pas. Ceux-ci peuvent être abrégés par les symboles
"&", "|" et "!", respectivement. Les parenthèses (crochets) peuvent être utilisées pour modifier la priorité
des opérateurs. Pour plus de commodité, une virgule peut également être utilisée pour la disjonction booléenne.

L'expression de l'atome est évaluée pour chaque atome, d'où de protéines et colonne vertébrale sélectionne les protéines
les atomes du squelette, pas les atomes du squelette des protéines et des acides [nucléiques] !

Primitif Expressions
Les expressions primitives RasMol sont les éléments constitutifs fondamentaux de l'atome
expressions. Il existe deux types d'expressions primitives. Le premier type est utilisé
pour identifier un numéro de résidu donné ou une plage de numéros de résidu. Un seul résidu est
identifié par son numéro (position dans la séquence), et une plage est spécifiée par
limites inférieure et supérieure séparées par un trait d'union. Par exemple Sélectionner 5,6,7,8
est également Sélectionner 5-8. Notez que cela sélectionne les nombres de résidus donnés dans tous les
chaînes de macromolécules.

Le deuxième type d'expression primitive spécifie une séquence de champs qui doivent
correspond à un atome donné. La première partie spécifie un résidu (ou groupe de résidus)
et une deuxième partie facultative spécifie les atomes dans ces résidus. La première
partie se compose d'un nom de résidu, éventuellement suivi d'un numéro de résidu et/ou
identifiant de chaîne.

La deuxième partie se compose d'un point suivi d'un nom d'atome. Un atome
le nom peut comporter jusqu'à quatre caractères alphabétiques ou numériques. Un point-virgule facultatif
suivi d'un autre identificateur de conformation peut être ajouté. Un facultatif
Une barre oblique suivie d'un numéro de modèle peut également être ajoutée.

Un astérisque peut être utilisé comme caractère générique pour un champ entier et un point d'interrogation comme
caractère générique unique.

Comparaison Les opérateurs
Les parties d'une molécule peuvent également être distinguées en utilisant l'égalité, l'inégalité et
ordonnant les opérateurs sur leurs propriétés. Le format d'une telle expression de comparaison est
un nom de propriété, suivi d'un opérateur de comparaison, puis d'une valeur entière.

Les propriétés atomiques qui peuvent être utilisées dans RasMol sont atome pour la série atomique
nombre, élémnon pour le numéro atomique de l'atome (élément), resno pour le résidu
nombre, radius pour le rayon de remplissage en unités RasMol (ou zéro si non représenté
comme une sphère) et la réactivité pour la valeur de température isotrope PDB.

L'opérateur d'égalité est noté "=" ou "==". L'opérateur d'inégalité comme
soit "<>", "!=" ou "/=". Les opérateurs de classement sont "<" pour moins de, "<=" pour
inférieur ou égal à, ">" pour supérieur à et ">" pour supérieur ou égal à.

Dans Expressions
Un RasMol dans les L'expression permet de sélectionner les atomes sur leur proximité avec
un autre ensemble d'atomes. UNE dans les expression prend deux paramètres séparés par une virgule
et entouré de parenthèses. Le premier argument est une valeur entière appelée le
distance de "coupure" de l'expression à l'intérieur et le deuxième argument est tout valide
expression de l'atome. La distance de coupure est exprimée en unités entières RasMol
ou Angströms contenant un point décimal. Un atome est sélectionné s'il est dans le
distance de coupure de l'un des atomes définis par le deuxième argument. Ceci permet
expressions complexes à construire contenant imbriquées dans les expressions.

Par exemple, la commande Sélectionner dans (3.2, colonne vertébrale) sélectionne n'importe quel atome dans un 3.2
Rayon d'Angstrom de n'importe quel atome dans un squelette de protéine ou d'acide nucléique. Dans
les expressions sont particulièrement utiles pour sélectionner les atomes autour d'un site actif.

Prédéfini Ensembles
Les expressions d'atome RasMol peuvent contenir des ensembles prédéfinis. Ces ensembles sont des mots-clés uniques
qui représentent des portions d'une molécule d'intérêt. Les ensembles prédéfinis sont souvent
abréviations d'expressions atomiques primitives. Dans certains cas, l'utilisation de paramètres prédéfinis
ensembles permet de sélectionner des zones d'une molécule qui ne pourraient pas être autrement
distingué. Une liste des ensembles actuellement prédéfinis est donnée ci-dessous. Dans
En plus des ensembles répertoriés ici, RasMol traite également les noms d'éléments (et leurs
pluriels) comme des ensembles prédéfinis contenant tous les atomes de ce type d'élément, c'est-à-dire le
commander Sélectionner oxygène équivaut à la commande Sélectionner élément=8.

Prédéfini Ensembles

AT Ensemble Cet ensemble contient les atomes dans les nucléotides complémentaires adénosine et
thymidine (A et T, respectivement). Tous les nucléotides sont classés soit comme l'ensemble
at ou l'ensemble cg Cet ensemble est équivalent aux expressions d'atomes RasMol à, et
nucléique et pas CG.

Acide Ensemble
L'ensemble des acides aminés acides. Ce sont les types de résidus Asp et Glu. Tous les acides aminés
les acides sont classés soit comme acide, Essentiel or neutre. Cet ensemble équivaut à
les expressions atomiques RasMol aspic, glu et pas à moi et pas (de base or neutre).

Acyclique Ensemble
L'ensemble des atomes dans les acides aminés ne contenant pas de cycle ou d'anneau. Tous les acides aminés sont
classé soit comme cyclique or acyclique. Cet ensemble est équivalent à l'atome RasMol
expression pas à moi et pas cyclique.

Aliphatique Ensemble
Cet ensemble contient les acides aminés aliphatiques. Ce sont les acides aminés Ala, Gly,
Ile, Leu et Val. Cet ensemble est équivalent à l'expression de l'atome RasMol hélas, gly,
et, leu, val.

Alpha Ensemble
L'ensemble des carbones alpha dans la molécule de protéine. Cet ensemble est d'environ
équivalent à l'expression de l'atome RasMol *.CALIFORNIE. Cette commande ne doit pas être confondue
avec l'ensemble prédéfini hélice qui contient les atomes dans les acides aminés de la
les hélices alpha de la protéine.

Amino Ensemble
Cet ensemble contient tous les atomes contenus dans les résidus d'acides aminés. C'est utile
pour distinguer la protéine de l'acide nucléique et des atomes hétérogènes dans le
base de données de molécules actuelle.

Aromatique Ensemble
L'ensemble des atomes dans les acides aminés contenant des cycles aromatiques. Ce sont les acides aminés
acides His, Phe, Trp et Tyr. Parce qu'ils contiennent des cycles aromatiques, tous les membres de
cet ensemble fait partie de l'ensemble prédéfini cyclique. Cet ensemble est équivalent au
Expressions atomiques RasMol le sien, phé, trp, tyr et cyclique et pas pro.

Colonne vertébrale Ensemble
Cet ensemble contient les quatre atomes de chaque acide aminé qui forment le polypeptide NC-
Le squelette CO des protéines et les atomes du squelette sucre phosphate des protéines nucléiques
acides. Utiliser les sets prédéfinis RasMol de protéines et nucléique faire la distinction entre
les deux formes de colonne vertébrale. Les atomes des acides nucléiques et des protéines sont soit colonne vertébrale
or chaîne latérale. Cet ensemble est équivalent à l'expression RasMol (protéine or nucléique)
et pas chaîne latérale.

L'ensemble prédéfini chaîne principale est synonyme de l'ensemble colonne vertébrale.

Basic Ensemble
L'ensemble des acides aminés basiques. Ce sont les types de résidus Arg, His et Lys. Tous
les acides aminés sont classés soit comme acide, Essentiel or neutre. Cet ensemble est
équivalent aux expressions de l'atome RasMol argument, le sien, lumière et pas à moi et pas (acide
or neutre).

Bonded Ensemble
Cet ensemble contient tous les atomes de la base de données de molécules actuelle qui sont liés à
au moins un autre atome.

Enterré Ensemble
Cet ensemble contient les atomes de ces acides aminés qui ont tendance (préfèrent) à être enterrés
à l'intérieur de la protéine, loin du contact avec les molécules de solvant. Cet ensemble fait référence au
préférence d'acides aminés et non l'accessibilité réelle au solvant pour le courant
protéine. Tous les acides aminés sont classés soit comme surface or enterré. Cet ensemble est
équivalent à l'expression de l'atome RasMol pas à moi et pas la surface.

CG Ensemble Cet ensemble contient les atomes dans les nucléotides complémentaires cytidine et guanosine
(C et G, respectivement). Tous les nucléotides sont classés soit comme l'ensemble at ou l'
set cg Cet ensemble est équivalent aux expressions d'atomes RasMol c, g et nucléique et
pas à.

Accusé Ensemble
Cet ensemble contient les acides aminés chargés. Ce sont les acides aminés qui
non plus acide or de base. Les acides aminés sont classés comme étant soit accusé or
neutre. Cet ensemble est équivalent aux expressions d'atomes RasMol acide or Essentiel et
pas à moi et pas neutre.

Cyclique Ensemble
L'ensemble des atomes dans les acides aminés contenant un cycle ou des anneaux. Tous les acides aminés sont
classé soit comme cyclique or acyclique. Cet ensemble se compose des acides aminés His,
Phe, Pro, Trp et Tyr. Les membres de l'ensemble prédéfini aromatique sont membres de
cet ensemble. Le seul acide aminé cyclique mais non aromatique est la proline. Cet ensemble est
équivalent aux expressions de l'atome RasMol le sien, phé, pro, trp, tyr et aromatique or
PRO et pas à moi et pas acyclique.

cystine Ensemble
Cet ensemble contient les atomes de résidus de cystéine qui font partie d'un disulfure
pont, c'est-à-dire des demi-cystines. RasMol détermine automatiquement les ponts disulfure, si
ni l'ensemble prédéfini cystine ni le RasMol obligations SS la commande a été utilisée
puisque la molécule a été chargée. L'ensemble des cystéines libres peut être déterminé en utilisant
l'expression de l'atome RasMol cs et pas la cystine.

Hélix Ensemble
Cet ensemble contient tous les atomes qui font partie d'une hélice alpha de protéine telle que déterminée
soit par l'auteur du fichier PDB, soit par l'algorithme DSSP de Kabsch et Sander. Par défaut,
RasMol utilise la détermination de la structure secondaire donnée dans le fichier PDB s'il
existe. Sinon, il utilise l'algorithme DSSP tel qu'utilisé par le RasMol structure
commander.

Cet ensemble prédéfini ne doit pas être confondu avec l'ensemble prédéfini Alpha qui
contient les atomes de carbone alpha d'une protéine.

Hétéro Ensemble
Cet ensemble contient tous les atomes hétérogènes de la molécule. Ce sont les atomes
décrit par les entrées HETATM dans le fichier PDB. Ceux-ci contiennent généralement de l'eau,
cofacteurs et autres solvants et ligands. Tous hétéro les atomes sont classés soit comme
ligand or solvant atomes. Ces hétérogènes solvant les atomes sont en outre classés
soit eau or des ions.

Hydrogène Ensemble
Cet ensemble prédéfini contient tous les atomes d'hydrogène, de deutérium et de tritium de la
molécule actuelle. Cet ensemble prédéfini est équivalent à l'expression de l'atome RasMol
élément=1.

hydrophobe Ensemble
Cet ensemble contient tous les acides aminés hydrophobes. Ce sont les acides aminés Ala,
Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met et Trp. Tous les acides aminés sont classés soit comme
Hydrophobe or polaire. Cet ensemble est équivalent aux expressions d'atomes RasMol hélas,
leu, Val, et, pro, phé, rencontré, trp et pas à moi et pas polaire.

ions Ensemble
Cet ensemble contient tous les ions phosphates et sulfates hétérogènes du courant
fichier de données de molécule. Un grand nombre de ces ions sont parfois associés à
structures de protéines et d'acides nucléiques déterminées par cristallographie aux rayons X. Ces
les atomes ont tendance à encombrer une image. Tout hétéro les atomes sont classés soit comme ligand or
solvant atomes. Tous solvant les atomes sont classés soit comme eau or des ions.

Grande Ensemble
Tous les acides aminés sont classés soit comme petite, moyenne or grande. Cet ensemble est
équivalent à l'expression de l'atome RasMol pas à moi et pas (petit or moyen).

ligand Ensemble
Cet ensemble contient toutes les fractions hétérogènes de cofacteur et de ligand qui sont
contenu dans le fichier de données moléculaire actuel. Cet ensemble est défini comme étant tout hétéro
atomes qui ne sont pas solvant atomes. Par conséquent, cet ensemble est équivalent à l'atome de RasMol
expression hétéro et pas solvant.

Moyenne Ensemble
Tous les acides aminés sont classés soit comme petite, moyenne or grande. Cet ensemble est
équivalent à l'expression de l'atome RasMol pas à moi et pas (grand or petit).

Neutri Ensemble
L'ensemble des acides aminés neutres. Tous les acides aminés sont classés soit comme acide,
Essentiel or neutre. Cet ensemble est équivalent à l'expression de l'atome RasMol pas à moi et
pas (acide or de base).

Nucléique Ensemble
L'ensemble de tous les atomes dans les acides nucléiques, qui se compose des quatre bases nucléotidiques
adénosine, cytidine, guanosine et thymidine (A, C, G et T, respectivement). Tous
les nucléotides sont classés soit comme purines or pyrimidine. Cet ensemble est équivalent
aux expressions atomiques RasMol un, c, g, t et purines or pyrimidine. Les symboles pour
nucléotides d'ARN (U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU,
et PSU) sont également reconnus comme membres de cet ensemble.

Polar Ensemble
Cet ensemble contient les acides aminés polaires. Tous les acides aminés sont classés soit comme
Hydrophobe or polaire. Cet ensemble est équivalent à l'expression de l'atome RasMol pas à moi
et pas hydrophobe.

Protéines Ensemble
L'ensemble de tous les atomes des protéines. Il s'agit de l'ensemble prédéfini RasMol pas à moi
et les modifications post-traduction courantes.

Purine Ensemble
L'ensemble des nucléotides puriques. Ce sont les bases adénosine et guanosine (A et
G, respectivement). Tous les nucléotides sont soit lisier or pyrimidines. Cet ensemble est
équivalent aux expressions de l'atome RasMol a, g et nucléique et pas pyrimidine.

Pyrimidine Ensemble
L'ensemble des nucléotides pyrimidiques. Ce sont les bases cytidine et thymidine (C
et T, respectivement). Tous les nucléotides sont soit lisier or pyrimidines. Cet ensemble
est équivalent aux expressions de l'atome RasMol c, t et nucléique et pas purine.

Sélectionné Ensemble
Cet ensemble contient l'ensemble des atomes dans la région actuellement sélectionnée. Le actuellement
la région sélectionnée est définie par le précédent Sélectionner or restreindre commande et non la
expression atomique contenant le choisi mot-clé.

feuille Ensemble
Cet ensemble contient tous les atomes qui font partie d'une feuille bêta de protéine telle que déterminée par
soit l'auteur du fichier PDB, soit l'algorithme DSSP de Kabsch et Sander. Par défaut,
RasMol utilise la détermination de la structure secondaire donnée dans le fichier PDB s'il
existe. Sinon, il utilise l'algorithme DSSP tel qu'utilisé par le RasMol structure
commander.

Chaîne latérale Ensemble
Cet ensemble contient les chaînes latérales fonctionnelles de tous les acides aminés et la base de chacun
nucléotide. Ce sont les atomes ne faisant pas partie du squelette polypeptidique NCCO de
protéines ou le squelette sucre phosphate des acides nucléiques. Utiliser le RasMol
ensembles prédéfinis de protéines et nucléique distinguer les deux formes de
chaîne latérale. Les atomes des acides nucléiques et des protéines sont soit colonne vertébrale or chaîne latérale.
Cet ensemble est équivalent à l'expression RasMol (protéine or nucléique) et pas
colonne vertébrale.

Petite Ensemble
Tous les acides aminés sont classés soit comme petite, moyenne or grande. Cet ensemble est
équivalent à l'expression de l'atome RasMol pas à moi et pas (moyen or grand).

Solvant Ensemble
Cet ensemble contient les atomes de solvant dans le fichier de coordonnées de la molécule. Voici les
molécules d'eau hétérogènes, ions phosphate et sulfate. Tous hétéro les atomes sont
classé soit comme ligand or solvant atomes. Tous solvant les atomes sont classés comme
non plus eau or des ions. Cet ensemble est équivalent aux expressions d'atomes RasMol hétéro
et pas ligand et eau or des ions.

Surface Ensemble
Cet ensemble contient les atomes de ces acides aminés qui ont tendance (préfèrent) à être sur le
surface des protéines, en contact avec les molécules de solvant. Cet ensemble fait référence au
préférence d'acides aminés et non l'accessibilité réelle au solvant pour le courant
protéine. Tous les acides aminés sont classés soit comme surface or enterré. Cet ensemble est
équivalent à l'expression de l'atome RasMol pas à moi et pas enterré.

Tournez Ensemble
Cet ensemble contient tous les atomes qui font partie des tours d'une protéine tels que déterminés par
soit l'auteur du fichier PDB, soit l'algorithme DSSP de Kabsch et Sander. Par défaut,
RasMol utilise la détermination de la structure secondaire donnée dans le fichier PDB s'il
existe. Sinon, il utilise l'algorithme DSSP tel qu'utilisé par le RasMol structure
commander.

L'eau Ensemble
Cet ensemble contient toutes les molécules d'eau hétérogènes de la base de données actuelle. UNE
un grand nombre de molécules d'eau sont parfois associées à des protéines et des noyaux
structures acides déterminées par cristallographie aux rayons X. Ces atomes ont tendance à encombrer un
image. Tous hétéro les atomes sont classés soit comme ligand or solvant atomes. Les
solvant les atomes sont en outre classés comme eau or des ions.

Ensemble Résumé
Le tableau ci-dessous résume la classification de RasMol des acides aminés communs.

COULEUR LES SCHÉMAS

Le RasMol couleur La commande permet différents objets (tels que les atomes, les liaisons et le ruban
segments) à donner une couleur spécifiée. Typiquement, cette couleur est soit un RasMol
nom de couleur prédéfini ou un triple RVB. De plus, RasMol prend également en charge autre, aminé,
chaîne, dessin animé, CPK, groupe, modèle, galbé, Structure, la réactivité or utilisateur jeux de couleurs
pour les atomes, et hbond type schéma de couleurs pour les liaisons hydrogène et électrostatique défaillances
schéma de couleurs pour les surfaces de points. Les 24 noms de couleurs actuellement prédéfinis sont Noir, Bleu,
Teinte bleue, marron, cyan, or, gris, vert, vertBleu, teinte verte, rose vif, magenta, orange,
Rose, PinkTeinte, Violet, Rouge, RougeOrange, SeaGreen, SkyBlue, Violet, Blanc, Jaune et
JauneTeinte

Si vous souhaitez fréquemment utiliser une couleur non prédéfinie, vous pouvez rédiger un script d'une ligne.
Par exemple, si vous créez le fichier gris.col contenant la ligne, couleur
#gris, puis la commande scénario gris.col colore l'ensemble d'atomes actuellement sélectionné en gris.

autre Couleurs
Le RasMol alt Le schéma de couleurs (conformateur alternatif) code la structure de base avec
une couleur et applique un nombre limité de couleurs à chaque conformateur alternatif. Dans
un RasMol conçu pour les systèmes de couleurs 8 bits, 4 couleurs sont autorisées pour l'alternance
conformateurs. Sinon, 8 couleurs sont disponibles.

Amino Couleurs
Le RasMol pas à moi schéma de couleurs colore les acides aminés selon les acides aminés traditionnels
propriétés acides. Le but de la coloration est d'identifier les acides aminés d'une manière inhabituelle.
ou environnement surprenant. Les parties externes d'une protéine qui sont polaires sont visibles
couleurs (brillantes) et résidus non polaires plus foncés. La plupart des couleurs sont consacrées par
tradition. Cette palette de couleurs est similaire à la galbé régime.

Entraînement Couleurs
Le RasMol chaîne Le schéma de couleurs attribue à chaque chaîne macromoléculaire une couleur unique.
Ce schéma de couleurs est particulièrement utile pour distinguer les parties de
structure multimère ou les « brins » individuels d'une chaîne d'ADN. Entraînement peuvent être
sélectionné parmi le RasMol Couleurs menu.

Charger Couleurs
Le RasMol charge schéma de couleurs code de couleur pour chaque atome en fonction de la charge
valeur stockée dans le fichier d'entrée (ou champ facteur bêta des fichiers PDB). Des valeurs élevées sont
coloré en bleu (positif) et les valeurs inférieures colorées en rouge (négatif). Plutôt
que d'utiliser une échelle fixe, ce schéma détermine les valeurs maximales et minimales de la
champ de charge/température et interpole du rouge au bleu de manière appropriée. D'où,
le vert ne peut pas être considéré comme une charge « pas de frais net ».

La différence entre la charge et la réactivité schémas de couleurs est que l'augmentation
les valeurs de température passent du bleu au rouge, tandis que les valeurs de charge croissantes vont
du rouge au bleu.

Si le champ charge/température stocke des valeurs raisonnables, il est possible d'utiliser le
RasMol couleur dots défaillances commande pour coder en couleur une surface de points (générée par le
dots commande) par potentiel électrostatique.

PCK Couleurs
Le RasMol cpk la palette de couleurs est basée sur les couleurs du plastique populaire
modèles de remplissage d'espace qui ont été développés par Corey, Pauling et plus tard améliorés par
Kultun. Ce schéma de couleurs colore les objets « atomes » par type d'atome (élément). Cette
est le schéma classiquement utilisé par les chimistes. L'affectation des plus couramment
les types d'éléments utilisés aux couleurs sont indiqués ci-dessous.

Réservation de groupe Couleurs
Le RasMol groupe schéma de couleurs codes de couleurs résidus par leur position dans un
chaîne macromoléculaire. Chaque chaîne est dessinée comme un spectre lisse du bleu au
vert, jaune et orange à rouge. D'où l'extrémité N des protéines et l'extrémité 5'
des acides nucléiques sont colorés en rouge et l'extrémité C des protéines et l'extrémité 3' de
les acides nucléiques sont dessinés en bleu. Si une chaîne a un grand nombre de
molécules qui lui sont associées, la macromolécule peut ne pas être dessinée dans son intégralité
« gamme » du spectre. Réservation de groupe peut être sélectionné dans le RasMol Couleurs menu.

Si une chaîne est associée à un grand nombre de molécules hétérogènes, la
la macromolécule peut ne pas être dessinée dans toute la gamme du spectre. Quand RasMol
effectue la coloration de groupe il décide de la gamme de couleurs qu'il utilise à partir du résidu
numérotation donnée dans le fichier PDB. Par conséquent, le plus petit nombre de résidus est affiché dans
bleu et le nombre de résidus le plus élevé est affiché en rouge. Malheureusement, si un PDB
fichier contient un grand nombre d'hétéroatomes, tels que des molécules d'eau, qui occupent
les nombres de résidus élevés, la protéine est affichée dans l'extrémité bleu-vert de la
spectre et les eaux à l'extrémité jaune-rouge du spectre. C'est aggravé
en ce qu'il y a typiquement beaucoup plus de molécules d'eau que de résidus d'acides aminés. le
la solution à ce problème est d'utiliser la commande set hétéro de rabais avant d'appliquer le
schéma de couleurs du groupe. Ceci peut également être réalisé en basculant Hétéro Atomes sur le
Options menu avant de sélectionner Réservation de groupe sur le Couleur menu. Cette commande indique
RasMol pour n'utiliser que des résidus non hétérogènes dans la mise à l'échelle des couleurs du groupe.

RMN Modèle Couleurs
Le RasMol modèle Le schéma de couleurs code chaque modèle RMN avec une couleur distincte. Les
Le numéro de modèle RMN est pris comme valeur numérique. Les valeurs élevées sont colorées en bleu et
valeurs inférieures colorées en rouge. Plutôt que d'utiliser une échelle fixe, ce schéma détermine
la valeur maximale du numéro de modèle RMN et interpole du rouge au bleu
de manière appropriée.

Galbé Couleurs
Le RasMol galbé schéma de couleurs codes de couleurs résidus par propriété d'acide aminé. Cette
est basé sur les "Shapely Models" de Bob Fletterick. Chaque acide aminé et nucléique
les résidus acides reçoivent une couleur unique. Les galbé schéma de couleurs est utilisé par David
Le programme Raster3D de Bacon. Cette palette de couleurs est similaire à la pas à moi schéma de couleurs.

Structure Couleurs
Le RasMol structure schéma de couleurs colore la molécule par protéine secondaire
structure. Les hélices alpha sont de couleur magenta, [240,0,128, XNUMX], les feuilles bêta sont
de couleur jaune, [255,255,0], les virages sont de couleur bleu pâle, [96,128,255] et tous
les autres résidus sont colorés en blanc. La structure secondaire est soit lue à partir du
Fichier PDB (enregistrements HELIX, SHEET et TURN), si disponible, ou déterminé à l'aide de Kabsch
et l'algorithme DSSP de Sander. Le RasMol structure la commande peut être utilisée pour forcer
Affectation de la structure du DSSP à utiliser.

Température Couleurs
Le RasMol la réactivité schéma de couleurs code de couleur chaque atome selon le
valeur de température anisotrope (bêta) stockée dans le fichier PDB. Typiquement, cela donne un
mesure de la mobilité/incertitude de la position d'un atome donné. Des valeurs élevées sont
coloré dans des couleurs plus chaudes (rouge) et des valeurs inférieures dans des couleurs plus froides (bleu). Cette
caractéristique est souvent utilisée pour associer une valeur « d'échelle » [telle que la variabilité des acides aminés
dans les mutants viraux] avec chaque atome dans un fichier PDB, et colorer la molécule
de manière appropriée.

La différence entre la la réactivité et charge schémas de couleurs est que l'augmentation
les valeurs de température passent du bleu au rouge, tandis que les valeurs de charge croissantes vont
du rouge au bleu.

Utilisateur Couleurs
Le RasMol utilisateur Le schéma de couleurs permet à RasMol d'utiliser le schéma de couleurs stocké dans le
fichier PDB. Les couleurs de chaque atome sont stockées dans des enregistrements COLO placés dans le PDB
fichier de données. Cette convention a été introduite par le programme Raster3D de David Bacon.

HBondure Type Couleurs
Le RasMol type schéma de couleurs s'applique uniquement aux liaisons hydrogène, est donc utilisé dans le
commander couleur obligations type. Ce schéma de couleurs code chaque liaison hydrogène selon
à la distance le long d'une chaîne protéique entre le donneur et l'accepteur de liaison hydrogène.
Cette représentation schématique a été introduite par Belhadj-Mostefa et Milner-White.
Cette représentation donne un bon aperçu de la structure secondaire des protéines (hbonds
les hélices alpha en formation apparaissent en rouge, celles en feuillets apparaissent en jaune et celles
les virages en formation apparaissent en magenta).

Potentiel Couleurs
Le RasMol défaillances le schéma de couleurs s'applique uniquement aux surfaces de points, est donc utilisé dans
la commande couleur dots potentiel. Ce schéma colore chacun actuellement affiché
point par le potentiel électrostatique à ce point dans l'espace. Ce potentiel est
calculé en utilisant la loi de Coulomb en prenant le champ température/charge de l'entrée
fichier pour être la charge associée à cet atome. C'est la même interprétation
utilisé par le couleur charge commander. Comme le charge schéma de couleurs les valeurs faibles sont
bleu/blanc et les valeurs élevées sont rouges.

Amino Acide Codes
Le tableau suivant répertorie les noms, les codes à une lettre et à trois lettres de chaque
des acides aminés.

Booleans
Un paramètre booléen est une valeur de vérité. Les valeurs booléennes valides sont 'true' et 'false',
et leurs synonymes 'on' et 'off'. Les paramètres booléens sont couramment utilisés par RasMol
pour activer ou désactiver une représentation ou une option.

DOSSIER FORMATS

Protéines Sauvegarde de Banque Fichiers

Si vous n'avez pas la documentation de l'APB, vous pouvez trouver le résumé suivant de l'APB
format de fichier utile. La banque de données sur les protéines est une base de données d'archives informatisée pour
structures macromoléculaires. La base de données a été créée en 1971 par Brookhaven National
Laboratoire, Upton, New York, en tant que référentiel du domaine public pour la cristallographie résolue
structure. La Banque utilise un format uniforme pour stocker les coordonnées atomiques et les liaisons partielles
connectivités dérivées d'études cristallographiques. En 1999, la banque de données sur les protéines
transféré au Collaboratoire de recherche en biologie structurale.

Les entrées du fichier PDB se composent d'enregistrements de 80 caractères chacun. En utilisant l'analogie de la carte perforée,
les colonnes 1 à 6 contiennent un identifiant de type d'enregistrement, les colonnes 7 à 70 contiennent des données. Dans
entrées plus anciennes, les colonnes 71 à 80 sont normalement vides, mais peuvent contenir des informations de séquence
ajoutés par les programmes de gestion de bibliothèque. Dans les nouvelles entrées conformes au format PDB 1996,
il y a d'autres informations dans ces colonnes. Les quatre premiers caractères du disque
identifiant suffisent pour identifier le type d'enregistrement de manière unique, et la syntaxe de chaque
l'enregistrement est indépendant de l'ordre des enregistrements dans toute entrée pour un
macromolécule.

Les seuls types d'enregistrement qui présentent un intérêt majeur pour le programme RasMol sont l'ATOM et
Les enregistrements HETATM qui décrivent la position de chaque atome. Les enregistrements ATOM/HETATM contiennent
les noms d'atomes standard et les abréviations de résidus, ainsi que les identifiants de séquence,
coordonnées en unités Angstrom, taux d'occupation et facteurs de mouvement thermique. Les détails exacts
sont donnés ci-dessous sous la forme d'une instruction au format FORTRAN. La colonne "fmt" indique l'utilisation du
dans tous les formats PDB, dans les formats 1992 et antérieurs ou dans les formats 1996 et ultérieurs
formats.

Les résidus apparaissent dans l'ordre à partir du résidu N-terminal pour les protéines et 5'-terminal
pour les acides nucléiques. Si la séquence des résidus est connue, certains numéros de série d'atomes peuvent être
omis pour permettre l'insertion future de tout atome manquant. Dans chaque résidu, les atomes sont
ordonné de manière standard, en commençant par le squelette (NCCO pour les protéines) et
procédant en s'éloignant de plus en plus du carbone alpha, le long de la chaîne latérale.

Les enregistrements HETATM sont utilisés pour définir les modifications post-traductionnelles et les cofacteurs
associé à la molécule principale. Les records TER sont interprétés comme des ruptures dans le
l'épine dorsale de la molécule.

Si présent, RasMol inspecte également HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, CONECT, CRYST1,
Enregistrements ÉCHELLE, MODÈLE, ENDMDL, EXPDTA et FIN. Des informations telles que le nom, le code de la base de données,
la date de révision et la classification de la molécule sont extraites de HEADER et COMPND
enregistrements, les affectations initiales de la structure secondaire sont extraites de HELIX, SHEET et TURN
enregistrements, et la fin du fichier peut être indiquée par un enregistrement END.

RasMol Interprétation of APB des champs
Les atomes situés à 9999.000, 9999.000, 9999.000 sont supposés être des pseudo Insight
atomes et sont ignorés par RasMol. Les noms d'atome commençant par « Q » sont également supposés être
des pseudo-atomes ou des marqueurs de position.

Lorsqu'un fichier de données contient une structure RMN, plusieurs conformations peuvent être placées dans
un seul fichier PDB délimité par des paires d'enregistrements MODEL et ENDMDL. Afficheurs RasMol
tous les modèles RMN contenus dans le fichier.

Les noms de résidus "CSH", "CYH" et "CSM" sont considérés comme des pseudonymes pour la cystéine "CYS".
Les noms de résidus "WAT", "H20", "SOL" et "TIP" sont considérés comme des pseudonymes pour l'eau
"HOH". Le nom de résidu "D20" est considéré comme de l'eau lourde "DOD". Le nom du résidu "SUL"
est considéré comme un ion sulfate "SO4". Le nom de résidu "CPR" est considéré comme cis-
proline et se traduit par "PRO". Le nom de résidu « TRY » est considéré comme un
pseudonyme du tryptophane "TRP".

RasMol utilise les champs HETATM pour définir les ensembles hétéro, eau, solvant et ligand.
Tout groupe portant le nom "HOH", "DOD", "SO4" ou "PO4" (ou alias l'un de ces
noms selon les règles précédentes) est considéré comme un solvant et est considéré comme
défini par un champ HETATM.

RasMol ne respecte que les enregistrements de connectivité CONECT dans les fichiers PDB contenant moins de
256 atomes. Ceci est expliqué plus en détail dans la section sur la détermination de la molécule
connectivité. Les enregistrements CONECT qui définissent une liaison plus d'une fois sont interprétés comme
spécifiant l'ordre de liaison de cette liaison, c'est-à-dire qu'une liaison spécifiée deux fois est un double
liaison et une liaison spécifiée trois fois (ou plus) est une triple liaison. Ceci n'est pas un
fonction PDB standard.

APB Couleur Schème Spécification
RasMol accepte également le type d'enregistrement COLO supplémentaire dans les fichiers PDB. Cette
Le format d'enregistrement a été introduit par le programme Raster3D de David Bacon pour spécifier le
schéma de couleurs à utiliser lors du rendu de la molécule. Cette extension n'est pas
actuellement pris en charge par l'APB. L'enregistrement COLO a le même type d'enregistrement de base que
les enregistrements ATOM et HETATM décrits ci-dessus.

Les couleurs sont attribuées aux atomes à l'aide d'un processus d'appariement. Le champ Masque est utilisé dans
le processus d'appariement comme suit. Le premier RasMol lit et se souvient de tous les ATOM,
Enregistrements HETATM et COLO dans l'ordre d'entrée. Lorsque la couleur définie par l'utilisateur ('User')
schéma est sélectionné, RasMol parcourt chaque enregistrement ATOM/HETATM mémorisé à tour de rôle,
et recherche un enregistrement COLO qui correspond à toutes les colonnes 7 à 30. Le
Le premier enregistrement COLO à trouver détermine la couleur et le rayon de l'atome.

Notez que les composants Rouge, Vert et Bleu sont dans les mêmes positions que les X, Y,
et Z d'un enregistrement ATOM ou HETA, et le rayon de van der Waals entre
le lieu de l'occupation. Les composants Rouge, Vert et Bleu doivent tous être dans le
plage de 0 à 1.

Afin qu'un enregistrement COLO puisse fournir des spécifications de couleur et de rayon pour plus
plus d'un atome (par exemple basé sur le résidu, le type d'atome, ou tout autre critère pour lequel
des étiquettes peuvent être données quelque part dans les colonnes 7 à 30), un caractère « ne vous inquiétez pas »,
le signe dièse "#" (chiffre ou signe dièse) est utilisé. Ce personnage, lorsqu'il est trouvé dans un
Enregistrement COLO, correspond à n'importe quel caractère de la colonne correspondante dans un ATOM/HETATM
enregistrer. Tous les autres caractères doivent correspondre à l'identique pour être comptés comme une correspondance. En tant que
extension à la spécification, tout atome qui ne correspond pas à un enregistrement COLO est
affiché en blanc.

Multiple RMN Modèles photo
RasMol charge tous les modèles RMN à partir d'un fichier PDB, quelle que soit la commande utilisée :
charge pdb or charge nmrpdb

Une fois que plusieurs conformations RMN ont été chargées, elles peuvent être manipulées avec le
extensions d'expression d'atome décrites dans Primitif Expressions. En particulier, l'
commander restreindre * / 1 limitera l'affichage au premier modèle uniquement.

CIF et mmCIF Format Fichiers
CIF est la norme IUCr pour la présentation de petites molécules et mmCIF est destiné
en remplacement du format PDB à champ fixe pour la présentation des
structures macromoléculaires. RasMol peut accepter des ensembles de données dans l'un ou l'autre format.

Il existe de nombreux sites utiles sur le World Wide Web où des outils d'information et
les logiciels liés à CIF, mmCIF et le PDB peuvent être trouvés. Les suivants sont bons
points de départ de l'exploration :

L'Union Internationale de Cristallographie (IUCr) donne accès à des logiciels,
dictionnaires, déclarations de politique et documentation relatives aux CIF et mmCIF sur :
IUCr, Chester, Angleterre (www.iucr.org/iucr-top/cif/) avec de nombreux sites miroirs.

Le Nucleic Acid Database Project donne accès à ses entrées, logiciels et
documentation, avec une page mmCIF donnant accès au dictionnaire et mmCIF
outils logiciels à l'Université Rutgers, New Jersey, États-Unis
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) avec de nombreux sites miroirs.

Cette version de RasMol restreint les valeurs des balises CIF ou mmCIF essentiellement aux mêmes
conventions telles qu'elles sont utilisées pour le format PDB à champ fixe. Ainsi les identifiants de chaîne et
les identificateurs de conformation alternatifs sont limités à un seul caractère, les noms d'atomes
sont limités à 4 caractères, etc. RasMol interprète les CIF et mmCIF suivants
tags : une recherche est effectuée dans plusieurs blocs de données pour les tags souhaités, de sorte qu'un
un seul ensemble de données peut être composé de plusieurs blocs de données, mais plusieurs ensembles de données
peuvent ne pas être empilés dans le même fichier.

SPÉCIFIQUE À LA MACHINE SUPPORT

Dans les sections suivantes, la prise en charge de Monochrome X-Windows, Tcl/Tc CIB, UNIX sockets
basé CIB, Compilation RasWinComment avec Borland et MétroWerks sont décrits.

Monochrome X-Windows Assistance
RasMol prend en charge les nombreux postes de travail UNIX monochromes généralement trouvés dans les universités,
tels que les stations de travail SUN bas de gamme et les terminaux X NCD. La version X11 de RasMol
(lorsqu'il est compilé en mode 8 bits) détecte désormais les écrans X-Windows en noir et blanc et
active automatiquement le dithering. L'utilisation du tramage de diffusion d'erreurs à l'exécution
signifie que tous les modes d'affichage de RasMol sont disponibles en mode monochrome. Pour
meilleurs résultats, les utilisateurs doivent expérimenter avec la commande set ambient pour s'assurer que le
contraste maximal dans les images résultantes.

Tcl/Tc IPC Support
La version 4 de la bibliothèque graphique Tk a changé le protocole utilisé pour communiquer entre
Applications Tk. La version 2.6 de RasMol a été modifiée de manière à pouvoir communiquer
avec à la fois ce nouveau protocole et le protocole de la version 3 précédente pris en charge par RasMol
v2.5. Bien que les applications Tcl/Tk 3.x ne puissent communiquer qu'avec d'autres 3.x
applications et les applications Tcl/Tk 4.x avec d'autres applications 4.x, ces changements
permettre à RasMol de communiquer entre les processus avec les deux protocoles (potentiellement
en parallèle).

UNIX sockets basé IPC
L'implémentation UNIX de RasMol prend en charge la communication par socket de type BSD. Une
mécanisme de socket identique est également en cours de développement pour VMS, Apple Macintosh et
Systèmes Microsoft Windows. Cela devrait permettre à RasMol d'afficher de manière interactive
résultats d'un calcul sur un hôte distant. Le protocole actuel agit comme un TCP/IP
serveur sur le port 21069 qui exécute les lignes de commande jusqu'à ce que la commande sortie or
la commande quitter est tapé. La commande sort du serveur RasMol, la commande
quitter à la fois déconnecte la session en cours et termine RasMol. Cette fonctionnalité
peut être testé à l'aide de la commande UNIX telnet 21069.

Compilation RasWinComment avec Borland et MétroWerks
Un certain nombre de modifications ont été apportées au code source lors de la transition de la version 2.5
à 2.6 pour permettre à la version Microsoft Windows de RasMol de se compiler à l'aide du
Compilateur Borland C/C++. Ces correctifs incluent des changements de nom pour la bibliothèque standard
et un code spécial pour éviter un bogue dans _fmemset. Des modifications supplémentaires ont été apportées au
transition de 2.6 à 2.7 pour permettre la compilation avec les compilateurs MetroWerks.

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