Il s'agit du remappage de commande qui peut être exécuté dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
remap - Afficher les sites de liaison d'enzymes de restriction dans une séquence de nucléotides
SYNOPSIS
remap -séquence suite -mfichier fichier de données -enzymes un magnifique -sitelen entier [-mincuts entier]
[-coupesmax entier] [-Célibataire booléen] [-cru booléen] [-gluant booléen]
[-ambiguïté booléen] [-plasmide booléen] [-méthylation booléen] [-commercial booléen]
[-table liste] [-Cadre liste] -fichier de sortie fichier de sortie [-liste de coupe booléen]
[-format plat booléen] [-limite booléen] -Traduction booléen -inverser booléen
-orfminsize entier -majuscule gamme -surligner gamme -trois lettres booléen
-nombre booléen -largeur entier -longueur entier -marge entier -patate douce booléen
-la description booléen -décalage entier -html booléen
remap -Aide
DESCRIPTION
remap est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Il fait partie de la commande "Affichage,Nucleic:Restriction,Nucleic:Translation"
groupes).
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
-mfichier fichier de données
Valeur par défaut : Emethylsites.dat
Requis
-enzymes un magnifique
Le nom 'all' lit tous les noms d'enzymes de la base de données REBASE. Vous pouvez spécifier
enzymes en donnant leurs noms avec des virgules entre les deux, tels que :
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. La casse des noms n'a pas d'importance. Vous pouvez spécifier un
fichier de noms d'enzymes à lire en donnant le nom du fichier contenant l'enzyme
les noms précédés du caractère '@', par exemple '@enz.list'. Des lignes vides et
lignes commençant par un caractère dièse ou '!' sont ignorés et toutes les autres lignes sont
concaténés avec une virgule ',' puis traités comme la liste des
enzymes à rechercher. Un exemple de fichier de noms d'enzymes est : ! mes enzymes HincII,
ppIII ! autres enzymes hindiii HinfI PpiI Valeur par défaut : tous
-sitelen entier
Cela définit la longueur minimale du site de reconnaissance de l'enzyme de restriction. Toutes les enzymes
avec des sites plus courts que cela sera ignoré. Valeur par défaut : 4
Supplémentaire
-mincuts entier
Cela définit le nombre minimum de coupes pour toute enzyme de restriction qui sera
pris en considération. Toutes les enzymes qui coupent moins de fois que cela seront ignorées. Valeur par défaut:
1
-coupesmax entier
Ceci définit le nombre maximum de coupes pour toute enzyme de restriction qui sera
pris en considération. Toutes les enzymes qui coupent plus de fois que cela seront ignorées. Valeur par défaut:
2000000000
-Célibataire booléen
Si cela est défini, cela force les valeurs des qualificateurs mincuts et maxcuts à
les deux sont à 1. Toute autre valeur que vous avez définie sera ignorée. Valeur par défaut : N
-cru booléen
Cela permet aux enzymes qui coupent à la même position en avant et en arrière
brins à considérer. Valeur par défaut : O
-gluant booléen
Cela permet aux enzymes qui coupent à des positions différentes en avant et en arrière
brins, laissant un surplomb, à considérer. Valeur par défaut : O
-ambiguïté booléen
Cela permet aux enzymes qui ont un ou plusieurs codes d'ambiguïté 'N' dans leur modèle
à considérer Valeur par défaut : O
-plasmide booléen
Si cela est défini, cela permet les recherches de site de reconnaissance d'enzyme de restriction et
des positions de coupe qui s'étendent sur la fin de la séquence à considérer. Valeur par défaut : N
-méthylation booléen
Si cela est défini, les sites de reconnaissance RE ne correspondront pas aux bases méthylées. Défaut
valeur : N
-commercial booléen
Si cette option est définie, seules les enzymes avec un fournisseur commercial seront recherchées
pour. Ce qualificatif est ignoré si vous avez spécifié une liste explicite d'enzymes à
rechercher, plutôt que de rechercher parmi « toutes » les enzymes dans la base de données REBASE. Ce
est supposé que, si vous demandez une enzyme explicite, alors vous savez probablement
d'où l'obtenir et donc tous les noms d'enzymes que vous avez demandé à rechercher,
et quelle coupe, seront signalés, qu'ils aient ou non un fournisseur commercial.
Valeur par défaut : O
-table liste
-Cadre liste
Cela vous permet de spécifier les trames qui sont traduites. Si vous n'affichez pas
sites coupés dans le sens inverse, alors les traductions dans le sens inverse ne seront pas
affiché même si vous avez demandé les cadres 4, 5 ou 6. Par défaut, les six cadres
être affichées. Valeur par défaut : 6
Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie
-liste de coupe booléen
Cela produit des listes dans la sortie des enzymes qui coupent, celles qui coupent mais sont
exclus car cela a coupé moins de fois que mincut ou plus de fois que maxcut et ceux
enzymes qui ne coupent pas. Valeur par défaut : O
-format plat booléen
Cela modifie le format de sortie en un format où le site de reconnaissance est indiqué par une ligne
de caractères '===' et le site coupé est pointé par un caractère '>' dans le
sens, ou un '<' dans le sens inverse. Valeur par défaut : N
-limite booléen
Cela limite la déclaration des enzymes à une seule enzyme de chaque groupe de
isoschizomères. L'enzyme choisie pour représenter un groupe isoschizomère est le prototype
indiqué dans le fichier de données 'embossre.equ', qui est créé par le programme
'rebaseextraire'. Si vous préférez utiliser différents prototypes, faites une copie de
embossre.equ dans votre répertoire personnel et modifiez-le. Si cette valeur est définie sur false, alors
toutes les enzymes d'entrée seront signalées. Vous pouvez définir cette valeur sur false si vous
fournissent un ensemble explicite d'enzymes plutôt que de les rechercher « toutes ». Défaut
valeur : O
-Traduction booléen
Cela affiche les traductions à 6 images de la séquence dans la sortie. Valeur par défaut : O
-inverser booléen
Cela affiche les sites coupés et la traduction dans le sens inverse. Valeur par défaut : O
-orfminsize entier
Cela définit la taille minimale des cadres de lecture ouverts (ORF) à afficher dans le
traductions. Toutes les autres régions de traduction sont masquées en changeant les acides aminés en
'-' personnages.
-majuscule gamme
Régions à mettre en majuscule. Si ceci est laissé vide, alors la casse de séquence est laissée
seul. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions. Les postes sont
entiers. Ils sont séparés par tout caractère non numérique et non alphabétique. Exemples de région
les spécifications sont : 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99
-surligner gamme
Régions à colorier si formatage pour HTML. S'il n'est pas renseigné, la séquence est
laissé seul. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions. Les
les positions sont des nombres entiers. Ils sont suivis de toute couleur de police HTML valide. Exemples de
les spécifications régionales sont : 24-45 bleu 56-78 orange 1-100 vert 120-156 rouge Un fichier de
les plages de couleurs (une plage par ligne) peuvent être spécifiées comme '@filename'.
-trois lettres booléen
Valeur par défaut : N
-nombre booléen
Valeur par défaut : N
-largeur entier
Valeur par défaut : 60
-longueur entier
-marge entier
Valeur par défaut : 10
-patate douce booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher le nom d'identification de la séquence Par défaut
valeur : O
-la description booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher la description de la séquence
Valeur par défaut : O
-décalage entier
Valeur par défaut : 1
-html booléen
Valeur par défaut : N
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