ruban - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

ruban - tiroir-ruban du package graphique moléculaire Raster3D

SYNOPSIS

"ruban" [-h] [-d[0123456]] fichier pdb
or
"ruban" [-h] -d[0123456] - (pour prendre les enregistrements PDB de stdin)

Les agitateurs à ruban lit un fichier de coordonnées PDB et produit un fichier sur stdout contenant Raster3D
enregistrements de descripteur pour une représentation en ruban construite à partir d'un maillage triangulaire. Les
fichier produit par ruban peut être alimenté directement à rendement ou il peut être combiné avec
descripteurs produits par d'autres utilitaires Raster3D.

EXEMPLES

Pour décrire l'ensemble de la chaîne protéique comme un seul ruban coloré en douceur du bleu à
l'extrémité N au rouge à l'extrémité C :

ruban -d2 protéine.pdb | rendu > chain_picture.png

Pour colorer une protéine multichaîne avec des couleurs spécifiées pour chaque chaîne :

chat chaincolors.pdb protein.pdb | ruban -d5 -> chaines.r3d

OPTIONS

-h

Supprimer les enregistrements d'en-tête dans la sortie. Par défaut ruban produira un fichier de sortie qui
commence par des enregistrements d'en-tête contenant un ensemble par défaut d'options de mise à l'échelle et de traitement.
Votre -h flag supprimera ces enregistrements d'en-tête afin que le fichier de sortie ne contienne que
descripteurs triangulaires. Cette option est utile pour produire des fichiers qui ne décrivent qu'une partie
d'une scène, et qui seront ensuite combinés avec des fichiers descripteurs produits par d'autres
programmes.

-d[0123456]

Par défaut ruban nécessite une entrée interactive pour sélectionner les paramètres du ruban et la coloration
informations. Cependant, cinq schémas de coloration par défaut sont implémentés, et ceux-ci peuvent être
sélectionné comme option de ligne de commande pour contourner toute entrée interactive.

-d ou -d0 identique à -d2 ci-dessous

-d1 ruban de couleur unie (par défaut, bleu)

-d2 teinte du bleu à l'extrémité N au rouge à l'extrémité C

-d3 une surface du ruban est bleue, l'autre surface est grise

-D4 teinter la surface avant du bleu au rouge, la surface arrière est grise

-d5 chaînes de couleurs séparées en utilisant des cartes de couleurs successives
du flux d'entrée. Notez que la correspondance des motifs sur les enregistrements de couleurs n'est _pas_ effectuée ;
les couleurs sont simplement prises de manière séquentielle au fur et à mesure que de nouvelles chaînes sont rencontrées.

-d6 Couleur par atome CA le plus proche tiré de la COULEUR
enregistrements en tête du fichier d'entrée

DESCRIPTION

L'entrée à ruban se compose d'un seul fichier texte contenant des informations sur les couleurs
[facultatif] et les coordonnées atomiques au format de la banque de données PDB. Seulement CA et atome de carbonyle O
des enregistrements sont requis ; tous les autres atomes d'entrée sont ignorés. Paramètres et coloration du ruban
spécifié de manière interactive lors de l'exécution du programme. L'interaction du clavier peut être contournée par
en sélectionnant l'un des schémas de coloration par défaut à l'aide de l'indicateur -d. Un maillage triangulaire
Le ruban est généré en tant qu'enregistrements de descripteur Raster3D. Par défaut, le fichier de sortie contient un
ensemble d'enregistrements d'en-tête tel que requis par le rendement programme. L'en-tête est construit pour
inclure une matrice TMAT correspondant à la matrice de transformation contenue dans le fichier
configuration.matrice (s'il existe), ou aux angles eulériens contenus dans le fichier configuration.angles (si
ça existe).

Les agitateurs à ruban produit une trace continue et lisse du squelette protéique. Pour plus compliqué
représentations de la structure secondaire des protéines, il est préférable d'utiliser un programme différent,
par exemple MOLSCRIPT, plutôt que ruban.

ENVIRONNEMENT

Les fichiers setup.matrix et setup.angles, s'ils existent, affectent les enregistrements d'en-tête produits
by ruban.

SOURCE

anonyme ftp site:
ftp.bmsc.washington.edu

web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

communiquer avec:
Ethan A. Merritt
Université de Washington, Seattle WA 98195
[email protected]

Utiliser le ruban en ligne à l'aide des services onworks.net