Il s'agit de la commande run_gubbins qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
run_gubbins - analyse phylogénétique des séquences du génome
SYNOPSIS
run_gubbins [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations ITÉRATIONS]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
FILS] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] alignement_nom_fichier
DESCRIPTION
Gubbins prend en charge l'analyse phylogénétique rapide de grands échantillons de bactéries recombinantes
séquences du génome entier.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) est un algorithme
qui identifie de manière itérative des loci contenant des densités élevées de substitutions de bases tout en
construire simultanément une phylogénie basée sur les mutations ponctuelles putatives en dehors de
ces régions. Les simulations démontrent que l'algorithme génère des
reconstructions sous des modèles réalistes d'évolution bactérienne à court terme, et peuvent être exécutés
en quelques heures seulement sur des alignements de centaines de séquences de génomes bactériens.
OPTIONS
positionnel arguments:
nom_fichier_alignement
Fichier d'alignement Multifasta
facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
--groupe extérieur EXTRA-GROUPE, -o EXTRA-GROUPE
Nom du groupe externe pour le rerooting. Une liste de noms séparés par des virgules peut être utilisée s'ils
former un clade
--starting_tree STARTING_TREE, -s STARTING_TREE
Arbre de départ
--use_time_stamp, -u
Utiliser un horodatage dans les noms de fichiers
--verbeux, -v
Activer le débogage
--no_cleanup, -n
Ne pas nettoyer les fichiers intermédiaires
--tree_builder TREE_BUILDER, -t TREE_BUILDER
Application à utiliser pour la construction d'arbres [raxml|fasttree|hybrid], RAxML par défaut
--itérations itérations, -i ITÉRATIONS
Nombre maximum d'itérations, la valeur par défaut est 5
--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
SNP min pour identifier un bloc de recombinaison, la valeur par défaut est 3
--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE, -f FILTER_PERCENTAGE
Filtrez les taxons avec plus que ce pourcentage de lacunes, la valeur par défaut est 25
--préfixe PRÉFIXE, -p PRÉFIXE
Ajouter un préfixe aux noms de fichiers de sortie finaux
--threads FILS, -c FILS
Nombre de threads à exécuter avec RAXML, mais uniquement si une version PTHREADS est disponible
--converge_method MÉTHODE_CONVERGE, -z CONVERGE_METHOD
Critères à utiliser pour savoir quand arrêter les itérations [peser
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|recombinaison]
--version
afficher le numéro de version du programme et quitter
--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE, -a MIN_WINDOW_SIZE
Taille de fenêtre minimale, 100 par défaut
--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE, -b MAX_WINDOW_SIZE
Taille maximale de la fenêtre, par défaut 10000
Utilisez run_gubbins en ligne à l'aide des services onworks.net
