Il s'agit de la commande runPmv qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
pmv - Visionneuse moléculaire Python
SYNOPSIS
exécuterPmv [Options]
DESCRIPTION
Cette page de manuel est une traduction presque littérale de la sortie fournie par exécuterPmv -h
commander.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous. Pour une description complète, reportez-vous au
didacticiels et documentation disponibles en ligne.
-h, --Aidez-moi
Afficher le résumé des options.
-a or --de nouveau
lire le fichier lastlog
--overwriteLog
écraser le fichier journal
--uniqueLog
créer un fichier journal avec un nom unique
--noLog
désactiver la journalisation
--noSplash
désactiver l'écran de démarrage
--mourir ne pas démarrer la boucle d'événement GUI
--personnalisateur filet
exécuter le fichier spécifié par l'utilisateur
--lib nom du paquet
ajouter une bibliothèque de commandes
-v r, --la vision courir
exécuter des réseaux de vision sur la ligne de commande
-v o, --la vision une fois
exécuter des réseaux de vision et quitter ADT
-d or --dmode modes
spécifier un mode d'affichage
les modes peuvent être n'importe quelle combinaison de mode d'affichage
'cpk' : cpk
'lignes': lignes
'ss' : ruban de structure secondaire
'sb' : bâtons et balles
'lic' : réglisse
'ms' : surface moléculaire
'ca' : trace C-alpha
'bt' : trace de la colonne vertébrale
'sp' : CA-spline
'sssb' : structure secondaire pour les protéines, bâtons et billes pour les autres résidus
avec des lignes de liaisons pour les autres résidus sans liaisons
-c or --cmmode modes
spécifiez un schéma de couleurs pour le mode d'affichage :
'ca' : couleur par atome
'cr' : couleur par résidu (schéma RASMOL)
'cc' : couleur par chaîne
'cm' : couleur par molécule
'cdg' : couleur utilisant le schéma de David Goodsell
'cs' : résidus de couleur utilisant le schéma Shapely
'css' : couleur par élément de structure secondaire
--mettre à jour [tous les soirs|testé|effacer]
Met à jour MGLTools. Si aucun argument n'est fourni, l'interface graphique d'Update Manager est fournie
'nightly' : téléchargez et installez Nightly Builds
'testé' : téléchargez et installez les Nightly Builds testés
'clear' : effacer/désinstaller toutes les mises à jour
Exemple:
afficher les protéines sous forme de ruban, les non-protéines sous forme de bâtonnets et de boules et les couleurs par type d'atome
pmv -i --dmode sssb --cmode cr monprot.pdb
pmv -i -m sssb -c cr maprot.pdb
Utilisez runPmv en ligne à l'aide des services onworks.net
