Il s'agit de la commande sam-stats qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
sam-stats - ea-utils : produire des statistiques résumées
SYNOPSIS
sam-statistiques [Options] [file1] [file2 Filen]
DESCRIPTION
Version: 1.38.681
Produit de nombreuses statistiques faciles à digérer pour les fichiers répertoriés
Options (par défaut entre parenthèses) :
-D Gardez une trace de plusieurs alignements -O PREFIX Activation du préfixe de sortie
sortie étendue (voir ci-dessous) -R Couverture FIL/sortie ARN (couverture, biais 3', etc.,
implique -A) -A Signaler tous les sigs chr, même s'il y en a plus de 1000 -b INT
Nombre de lectures à échantillonner pour les statistiques par base (1 M) -S INT Taille de la signature ascii
(30) -x FIL Extension de fichier pour gérer plusieurs fichiers (statistiques) -M Plus que
écraser si plus récent (nécessite -x, ou plusieurs fichiers) -B L'entrée est bam, ne le faites pas
prendre la peine de regarder la magie -z N'échoue pas quand aucune entrée dans sam
SORTIE:
Si un fichier est spécifié, la sortie est sur la sortie standard. Si plusieurs fichiers sont
spécifié, ou si le -x est fournie, le fichier de sortie est . . Défaut
l'extension est « statistiques ».
Statistiques complètes :
: moyenne, max, stdev, médiane, Q1 (25 centile), Q3
reads : # d'entrées dans le fichier sam, peut ne pas être # reads
phred : échelle phred utilisée
bsize : # lectures utilisées pour les statistiques de qualité
lectures mappées
: nombre de lectures alignées (séquences d'identification de sonde uniques)
bases mappées
: total des longueurs des lectures alignées
:
: nombre de lectures alignées vers l'avant
inverser
: nombre de lectures inversées
taux snp
: bases discordantes / bases totales (taux snv)
taux ins
: insérer des bases / des bases totales
taux de suppression
: bases supprimées / bases totales
incompatibilité PCT
: pourcentage de lectures qui ne correspondent pas
aligner pct
: pourcentage de lectures alignées
longueur
: lecture des statistiques de longueur, ignoré si longueur fixe
mapq
: statistiques pour les qualités de mappage
insérer
: statistiques pour les tailles d'insert
% : pourcentage de bases mappées par chr, suivi d'une signature
Sous-échantillonné stats (1 millions lit maximum) :
qualité de base : statistiques pour les qualités de base %A,%T,%C,%G : pourcentages de base
Sens of le par chromosome Signature:
Un histogramme ascii des lectures cartographiées par position chromosomique. Il n'est émis que si le
Le SAM/BAM d'origine a un en-tête. Les valeurs sont le log2 du nombre de lectures mappées à
chaque position + ascii '0'.
Expansion sortie mode produit a set of fichiers:
.stats : sortie principale
.fastx : sortie compatible fastx-toolkit
.rcov : nombres par référence et couverture
.xdist : distribution de non-concordance
.ldist : distribution de longueur (le cas échéant)
.mqdist
: cartographie de la qualité de la distribution
Utiliser sam-stats en ligne à l'aide des services onworks.net
