Il s'agit de la commande scoreAlignment qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
addUnalignedIntervals - partie du package mauveAligner
AlignementProjector - partie du package mauveAligner
backbone_global_to_local - partie du paquet mauveAligner
bbAnalyze - fait partie du package mauveAligner
createBackboneMFA - partie du package mauveAligner
getAlignmentWindows - partie du package mauveAligner
getOrthologList - partie du package mauveAligner
makeBadgerMatrix - partie du package mauveAligner
mauveToXMFA - partie du package mauveAligner
mfa2xmfa - partie du package mauveAligner
projectAndStrip - partie du package mauveAligner
randomGeneSample - partie du package mauveAligner
scoreAlignment - fait partie du package mauveAligner
stripGapColumns - partie du package mauveAligner
stripSubsetLCBs - partie du package mauveAligner
toGrimmFormat - fait partie du package mauveAligner
toMultiFastA - fait partie du package mauveAligner
toRawSequence - partie du package mauveAligner
uniqueMerCount - fait partie du package mauveAligner
uniquifyTrees - partie du package mauveAligner
xmfa2maf - partie du package mauveAligner
DESCRIPTION
Ces outils appartiennent au package mauveAligner. Ils ne sont pas explicitement documentés mais
impriment une ligne de synthèse qui est répétée ici.
addUnalignedIntervals <entrée intervalle fichier> <sortie intervalle fichier>
alignementProjecteur <entrée xmfa> <sortie xmfa> <mfa suivants saisie> <mfa suivants sortie> <liste of
séquences à comprendre, starting at 0>
backbone_global_to_local <xmfa fichier> <colonne vertébrale fichier> <sortie fichier>
bbAnalyser <xmfa fichier> <guide arbre> <colonne vertébrale séquences fichier> <colonne vertébrale avec fichier> <annoté
suivants index> <sortie fichier>
l'index de séquence annoté commence à 0.
créerBackboneMFA <entrée intervalle fichier> <sortie MFA nom>
getAlignmentWindows <XMFA alignement> <fenêtre longueur> <fenêtre décalage montant> <base sortie
nom de fichier>
getOrthologList getOrthologList <entrée xmfa> <colonne vertébrale suivants fichier> <référence génome> <CDS
orthologue nom de fichier> <CDS alignement base nom>
faireBadgerMatrix faireBadgerMatrix <entrée xmfa> <sortie blaireau fichier> <LCB coordonner fichier>
mauveVersXMFA mauveVersXMFA <Mauve Alignement saisie> <XMFA sortie>
mfa2xmfa <AMF alignement saisie> <XMFA alignement sortie> [Non aligné RapideA sortir]
projetEtStrip <entrée xmfa> <sortie xmfa> ...
Les identifiants de séquence numérique commencent à 0.
aléatoireGèneÉchantillon <entrée xmfa> <colonne vertébrale suivants fichier> <échantillon génome> <numéro of gènes>
<sortie base nom> [Aléatoire la graine]
scoreAlignement <correct alignement> <calculé alignement> [évolué séquence déposer] [langage]
bandeGapColonnes <entrée XMFA> <sortie XMFA>
stripSubsetLCBs <entrée xmfa> <entrée bbcols> <sortie xmfa> [min LCB Taille] [min génomes]
[au hasard sous-échantillon à X ko]
versGrimmFormat <Mauve Alignement> <génome 1 chr longueurs>... N chr longueurs>
versMultiFastA <entrée intervalle fichier> <sortie base nom>
versRawSequence <entrée séquence> <sortie fichier>
uniqueMerCount <Trié Mer Liste>
uniquifyArbres <lien contribution fichier> <lien sortie fichier>
Tous les arbres du fichier d'entrée doivent avoir le même nombre de taxons et le même taxon
qui
xmfa2maf <xmfa saisie> <maf sortie>
Utilisez scoreAlignment en ligne à l'aide des services onworks.net
