Il s'agit de la commande scramble qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
scramble - Convertit entre les formats de fichiers SAM, BAM et CRAM.
SYNOPSIS
scramble [Options] [fichier_entrée [fichier de sortie]]
DESCRIPTION
scramble convertit entre divers formats de fichiers d'alignement de séquençage de nouvelle génération, y compris
SAM, BAM et CRAM. Il peut soit agir comme un tube lisant stdin et écrivant sur stdout, soit sur
fichiers nommés.
Lorsqu'il fonctionne comme un canal, le type d'entrée par défaut est SAM ou BAM, ce qui nécessite le -I fourrer
l'option pour indiquer que l'entrée est au format CRAM est appropriée. La sortie par défaut est BAM, mais
peut être ajusté en utilisant le -O le format option. Lorsque les noms de fichiers sont donnés, le type de fichier est
automatiquement choisi en fonction du suffixe du nom de fichier.
OPTIONS
-I le format
Sélectionne le format d'entrée, où le format est l'un de sam, bam ou cram. Utilisez ceci lorsque
lecture via un tube pour éviter que les octets d'entrée ne soient consommés lors de la tentative de détection si
l'entrée est au format SAM ou BAM.
-O le format
Sélectionne le format de sortie, où le format est l'un de sam, bam ou cram.
-1 à -9
Définit le niveau de compression de 1 (compression faible, rapide) à 9 (compression élevée,
lent) lors de l'écriture au format BAM ou CRAM. Ceci n'est utilisé que pendant l'écriture.
-0 or -u
Écrit des données non compressées. Dans BAM, cela utilise toujours des conteneurs BGZF, mais sans
compression interne. Dans CRAM, il stocke les blocs au format RAW à la place. L'option
n'a aucun effet sur la sortie SAM.
-j Encodage CRAM uniquement. Ajouter bzip2 à la liste des codes de compression potentiellement utilisés
lors de la création de la CRAM.
-Z Encodage CRAM uniquement. Ajouter lzma à la liste des codes de compression potentiellement utilisés
lors de la création de la CRAM. Compte tenu de la vitesse de compression lente de lzma, cela ne peut être que
utilisé là où il donne un avantage significatif sur zlib ou bzip2, mais avec des
niveaux de compression (-7) cette pondération est ignorée car la vitesse de décompression LZMA est
acceptable, bien que toujours plus lent que zlib.
-m Décodage CRAM uniquement. Générer des champs auxiliaires MD:Z: et NM:I: en fonction du
compression basée sur les références.
-M Encodage CRAM uniquement. Emballez de force des séquences de plusieurs références dans la même
tranche. Normalement, la CRAM commencera une nouvelle tranche lors du passage d'une référence à
autre, mais passera toujours automatiquement aux tranches multi-références si le
nombre de séquences par tranche devient trop petit.
-R gamme
Actuellement pour l'entrée CRAM uniquement, mais la prise en charge SAM/BAM est en attente. Cela indique un
nom de séquence de référence et éventuellement un emplacement de début et de fin dans ce
référence, en utilisant la syntaxe nom_réf or nom_réf:Commencer-fin. Pour un fonctionnement efficace
le fichier CRAM a besoin d'un index au format .crai (construit à l'aide du cram_index programme).
-r réf.fa
Encodage CRAM uniquement. Utilisez ceci pour spécifier le fichier fasta de référence. Notez que si
le fichier SAM ou BAM d'entrée a fichier: ou l'URI basé sur le système de fichiers local spécifié dans le
@SQ en-têtes, cette option n'est peut-être pas nécessaire.
-s nombre
Encodage CRAM uniquement. Spécifie le nombre de séquences par tranche. Par défaut à
10000.
-S nombre
Encodage CRAM uniquement. Spécifie le nombre de tranches par conteneur. La valeur par défaut est 1.
-t BAM et CRAM uniquement. Spécifie le nombre de threads de compression ou de décompression,
partagée de manière adaptative entre l'encodage et le décodage. La valeur par défaut est 1 (non
enfilage).
-V chaîne_version
Encodage CRAM uniquement. Définit la version du format de fichier CRAM. Les valeurs prises en charge sont "2.0",
"2.1" et "3.0".
-e Encodage CRAM uniquement. Intégrez des extraits de la séquence de référence dans chaque tranche. Cette
signifie que les fichiers peuvent être décodés sans avoir besoin de spécifier le fichier fasta de référence.
-x Encodage CRAM uniquement. Omettez la compression basée sur les références et stockez à la place les détails de
chaque base textuellement.
-B Expérimental, encodage uniquement. Lors du stockage des valeurs de qualité, classez-les en 8 discrets
valeurs (plus 0), telles qu'elles sont généralement utilisées par les instruments Illumina modernes. (Notez que le
les bacs peuvent ne pas être exactement les mêmes plages.)
-! Décodage CRAM v3.0 et supérieur uniquement. Ne pas vérifier les CRC. Cette option ne doit être
utilisé lors d'une tentative de récupération après une corruption de données.
EXEMPLES
Pour convertir un fichier BAM de stdin en CRAM sur stdout, utilisez la référence MT.fa.
une_commande | brouiller -I bam -O cram -r MT.fa | une_commande
Le format de sortie CRAM par défaut est la version 3.0, donc aucune version n'a besoin d'être spécifiée lorsque
conversion de 2.1 à 3.0. Pour effectuer l'utilisation inverse :
brouiller -V 2.1 in.cram out.cram
Utiliser le brouillage en ligne à l'aide des services onworks.net
