Il s'agit de la faux de commande qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
faux - Tondeuse adaptateur bayésien
SYNOPSIS
faux -t sanger -a /chemin/vers/adaptateurs.fasta [options]
Coupez les contaminants de l'adaptateur 3' des fichiers de séquence. Si aucun fichier de sortie n'est spécifié,
scythe utilisera stdout.
OPTIONS
-p, --prior prior (par défaut : 0.300)
-q, --quality-type type de qualité, soit illumina, solexa ou sanger (par défaut : sanger)
-m, --matches-file correspond au fichier (par défaut : aucune sortie)
-o, --output-file fichier de séquences découpées en sortie (par défaut : stdout)
-t, --tag ajoute une balise à l'en-tête indiquant que Scythe coupe une séquence (par défaut : désactivé)
-n, --min-match plus petit contaminant à considérer (par défaut : 5)
-M, --min-keep filtre les séquences inférieures ou égales à cette longueur (par défaut : 35)
--quiet ne génère pas de statistiques sur le rognage vers la sortie standard (par défaut : désactivé)
--help affiche cette aide et quitte
--version affiche les informations de version et quitte
Ce sont les schémas de codage de qualité que scythe reconnaît (voir « --qualité »)
scores de qualité phred PHRED (par exemple de Roche 454). ASCII sans
décalage, plage : [4, 60].
sanger Sanger sont des qualités PHRED ASCII avec un décalage de 33,
plage : [0, 93]. À partir de NCBI SRA ou du pipeline Illumina 1.8+.
solexa Solexa (également très ancien Illumina -- pipeline < 1.3).
Offset ASCII de 64, plage : [-5, 62]. Utilise un autre
conversion qualité-probabilités que les autres schémas.
illumina Sortie d'Illumina des versions de pipeline entre 1.3 et 1.7.
Offset ASCII de 64, plage : [0, 62]
Utiliser la faux en ligne en utilisant les services onworks.net
