Il s'agit de la commande seqstat qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
seqstat - affiche les statistiques et le format d'un fichier de séquence
SYNOPSIS
séqstat [choix] fichier seq
DESCRIPTION
séqstat lit un fichier de séquence fichier seq et montre un certain nombre de statistiques simples à ce sujet.
Les statistiques imprimées comprennent le nom du format, le type de résidu du premier
séquence (protéine, ARN ou ADN), le nombre de séquences, le nombre total de résidus,
et la moyenne et la plage des longueurs de séquence.
OPTIONS
-a Afficher des informations détaillées supplémentaires : un tableau avec une ligne par séquence montrant
nom, longueur et ligne de description. Ces lignes sont précédées d'un caractère * pour
activer facilement grep'les sortir et les trier.
-h Imprimer une brève aide ; inclut le numéro de version et un résumé de toutes les options, y compris
options d'experts.
-B (Babelfish). Détection automatique et lecture d'un format de fichier de séquence autre que celui par défaut
(FASTA). Presque tous les formats de fichiers de séquence courants sont reconnus (y compris Genbank,
Formats de séquences non alignées EMBL, SWISS-PROT, PIR et GCG, et Stockholm, GCG MSF,
et les formats d'alignement clustal). Voir la documentation imprimée pour une liste complète
des formats pris en charge.
EXPERT OPTIONS
--informat
Précisez que le fichier séquence est au format , plutôt que le FASTA par défaut
format. Les exemples courants incluent Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
ou PHYLIP; voir la documentation imprimée pour une liste complète des formats acceptés
noms. Cette option remplace le format attendu par défaut (FASTA) et le -B
Option de détection automatique de Babelfish.
--silencieux
Supprimer l'en-tête verbeux (nom du programme, numéro de version et date, les paramètres
et options en vigueur).
Utiliser seqstat en ligne à l'aide des services onworks.net
