Il s'agit de la commande seqtk qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
seqtk - échantillonnage, rognage, fastq2fasta, sous-séquence, complément inverse
SYNOPSIS
suite
DESCRIPTION
Actuellement, seqtk prend en charge le rognage basé sur la qualité avec l'algorithme phred, convertissant
fastq à fasta, séquences complémentaires inverses, extraction ou masquage de sous-séquences dans
régions indiquées dans un fichier de liste BED/nom, et plus encore. Il contient un module de sous-échantillonnage pour
échantillonner exactement n séquences ou une fraction de séquences.
Seqtk prend en charge les fichiers d'entrée fasta et fastq, qui peuvent être éventuellement compressés avec gzip.
COMMANDES
Commande : seq transformation commune de FASTA/Q
comp obtenir la composition nucléotidique de FASTA/Q
échantillon séquences de sous-échantillons
sous-séq extraire les sous-séquences de FASTA/Q
trimfq rogner FASTQ à l'aide de l'algorithme Phred
hey hétérozygotie régionale
mufa point muter FASTA à des positions spécifiées
fusionner
fusionner deux fichiers FASTA/Q
base de données
choisir une base aléatoire parmi hets
couperN séquence de coupe à long N
liste
extraire la position de chaque het
Utiliser seqtk en ligne à l'aide des services onworks.net
