Il s'agit de la commande sh5util qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
sh5util - Outil de fusion de fichiers HDF5 à partir du plugin acct_gather_profile qui rassemble
données détaillées pour les travaux exécutés sous Slurm
SYNOPSIS
sh5util
DESCRIPTION
sh5util fusionne les fichiers HDF5 produits sur chaque nœud pour chaque étape d'un travail en un seul fichier HDF5
Pour le boulot. Le fichier résultant peut être visualisé et manipulé par des outils HDF5 courants tels que
HDF5View, h5dump, h5edit ou h5ls.
sh5util a également deux modes d'extraction. Le premier, écrit un ensemble limité de données pour des
nœuds, étapes et séries de données sous forme de « valeurs séparées par des virgules » dans un fichier qui peut être
importés dans d'autres outils d'analyse tels que des feuilles de calcul.
Le second, (Item-Extract) extrait une heure de données d'une série temporelle pour tous les échantillons
sur tous les nœuds à partir d'un profil de travaux HDF5.
- Trouve l'échantillon avec la valeur maximale de l'article.
- Écrire un fichier CSV avec les totaux min, ave, max et article pour chaque nœud pour chacun
échantillon
OPTIONS
-E, --extrait
Extraire des séries de données à partir d'un fichier de travail fusionné.
Options du mode d'extraction
-i, --saisir=chemin
fichier fusionné à extraire (par défaut ./job_$jobid.h5)
-N, --nœud=nom de noeud
Nom du nœud à extraire (la valeur par défaut est tout)
-l, --niveau=[Noeud :Totals|Noeud :Série temporelle]
Niveau auquel la série est rattachée. (nœud par défaut : totaux)
-s, --séries=[Énergie | Suspension | Réseau | Tâches | Tâche_#]
Tâches est toutes les tâches, Tâche_# (# est un identifiant de tâche) (la valeur par défaut est tout)
-I, --item-extrait
Extraire un élément de données de tous les échantillons d'une série de données de tous les nœuds d'un
fichier de travail fusionné.
Options du mode d'extraction d'élément
-s, --séries=[Énergie | Lustre | Réseau | Tâche]
-d, --Les données
Nom de l'élément de données en série (Voir note ci-dessous).
-j, --travaux=
Le format est . Fusionner cette tâche/étape (ou une liste de tâches séparées par des virgules
pas). Cette option est obligatoire. Ne pas spécifier d'étape entraînera toutes les étapes
trouvé à être traité.
-h, --Aidez-moi
Imprimez cette description d'utilisation.
-o, --output=chemin
Chemin d'accès à un fichier dans lequel écrire.
La valeur par défaut pour la fusion est ./job_$jobid.h5
La valeur par défaut pour l'extrait est ./extract_$jobid.csv
-p, --profilir=dir
L'emplacement du répertoire où existent les fichiers node-step est défini par défaut dans acct_gather.conf.
-S, --savefiles
Au lieu de supprimer les fichiers node-step après les avoir fusionnés dans le fichier de tâche, conservez-les
autour.
--utilisateur=utilisateur
Utilisateur qui a profilé l'emploi. (Pratique pour l'utilisateur root, la valeur par défaut est l'utilisateur exécutant ce
commander.)
--usage
Afficher un bref message d'utilisation.
Sauvegarde de Articles / Série
Énergie
Puissance
CPU_Fréquence
Suspension
Lit
Mégaoctets_Lus
Écrit
Mégaoctets_écriture
Réseau
Paquets_In
Mégaoctets_In
Paquets_Out
Mégaoctets_Out
Tâche
CPU_Fréquence
Temps_CPU
Utilisation du processeur
RSS
VM_Taille
Pages
Lecture_Mégaoctets
Écriture_Mégaoctets
Exemples
Fusionner les fichiers node-step (dans le cadre d'un script sbatch)
sbatch -n1 -d$SLURM_JOB_ID --wrap="sh5util --savefiles -j $SLURM_JOB_ID"
Extraire toutes les données de tâche d'un nœud
sh5util -j 42 -N snowflake01 --level=Node:TimeSeries --series=Tâches
Extraire toutes les données énergétiques
sh5util -j 42 --series=Énergie --data=puissance
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