showpepe - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

showpep - Affiche les séquences de protéines avec des fonctionnalités dans un joli format

SYNOPSIS

montrer du peps -séquence suite -format liste -des choses liste [-majuscule gamme] [-surligner gamme]
[-annotation gamme] [-correspondance source un magnifique] [-typematch un magnifique] [-minscore flotter]
[-max score flotter] [-matchmatch un magnifique] [-valeurmatch un magnifique] [-balises strictes booléen]
-trois lettres booléen -nombre booléen -largeur entier -longueur entier
-marge entier -patate douce booléen -la description booléen -décalage entier -html booléen
-fichier de sortie fichier de sortie

montrer du peps -Aide

DESCRIPTION

montrer du peps est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Affichage".

OPTIONS

Entrée
-séquence suite

Requis
-format liste
Valeur par défaut : 2

-des choses liste
Spécifiez une liste d'un ou plusieurs caractères de code dans l'ordre dans lequel vous souhaitez que les choses
être affichés l'un au-dessus de l'autre en bas de la page. Par exemple si vous souhaitez voir des choses
affichés dans l'ordre : séquence, ligne de ticks, ligne vide ; alors tu devrais entrer
'S,T,B'. Valeur par défaut : B,N,T,S,A,F

Supplémentaire
-majuscule gamme
Régions à mettre en majuscule. Si ceci est laissé vide, alors la casse de séquence est laissée
seul. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions. Les postes sont
entiers. Ils sont séparés par tout caractère non numérique et non alphabétique. Exemples de région
les spécifications sont : 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-surligner gamme
Régions à colorier si formatage pour HTML. S'il n'est pas renseigné, la séquence est
laissé seul. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions. Les
les positions sont des nombres entiers. Ils sont suivis de toute couleur de police HTML valide. Exemples de
les spécifications régionales sont : 24-45 bleu 56-78 orange 1-100 vert 120-156 rouge Un fichier de
les plages de couleurs (une plage par ligne) peuvent être spécifiées comme '@filename'.

-annotation gamme
Régions à annoter par marquage. S'il n'est pas renseigné, aucune annotation n'est ajoutée. UNE
ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions suivi d'un texte facultatif.
Les positions sont des nombres entiers. Ils sont suivis de tout texte (mais pas de chiffres lorsqu'ils sont sur le
ligne de commande). Exemples de spécifications de région : 24-45 nouveau domaine 56-78 correspond à
Souris 1-100 Première partie 120-156 oligo Un fichier de plages à annoter (une plage par ligne)
peut être spécifié comme '@filename'.

Fonctionnalité l’affichage Options
-correspondance source un magnifique
Par défaut, toutes les sources d'entités du tableau des entités sont affichées. Vous pouvez régler cela pour qu'il corresponde
toute source d'entités que vous souhaitez afficher. Le nom de la source est généralement soit le nom du
programme qui a détecté la caractéristique ou c'est la table des caractéristiques (ex : EMBL) que le
fonctionnalité est venue. La source peut être générique en utilisant '*'. Si vous souhaitez montrer plus
plus d'une source, séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple : gene* | embl par défaut
valeur: *

-typematch un magnifique
Par défaut, tout type d'entité dans le tableau des caractéristiques est affiché. Vous pouvez régler cela pour qu'il corresponde
tout type d'entité que vous souhaitez afficher. Voir http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ pour une liste
des types de fonctions EMBL et voir l'annexe A du manuel d'utilisation de Swissprot dans
http://www.expasy.org/sprot/userman.html pour une liste des types d'entités Swissprot.
Le type peut être générique en utilisant '*'. Si vous souhaitez afficher plus d'un type,
séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple : *UTR | intron Valeur par défaut : *

-minscore flotter
Score minimum de la fonctionnalité à afficher (voir également maxscore) Valeur par défaut : 0.0

-max score flotter
Score maximum de la fonctionnalité à afficher. Si le score minimum et le score maximum sont nuls (le
par défaut), alors tout score est ignoré Valeur par défaut : 0.0

-matchmatch un magnifique
Les balises sont les types de valeurs supplémentaires qu'une fonctionnalité peut avoir. Par défaut, toute balise de fonctionnalité
dans le tableau des caractéristiques est affiché. Vous pouvez le définir pour qu'il corresponde à n'importe quelle balise de fonctionnalité que vous souhaitez
spectacle. La balise peut être générique en utilisant '*'. Si vous souhaitez afficher plusieurs balises,
séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple : gène | étiquette Valeur par défaut : *

-valeurmatch un magnifique
Les valeurs de balise sont les valeurs associées à une balise de fonctionnalité. Les balises sont les types d'extra
valeurs qu'une caractéristique peut avoir. Par défaut, toute valeur de balise de fonctionnalité dans la table de fonctionnalité
est montré. Vous pouvez le définir pour qu'il corresponde à n'importe quelle valeur de balise de fonctionnalité que vous souhaitez afficher. La balise
la valeur peut être remplacée par un caractère générique en utilisant '*'. Si vous souhaitez afficher plus d'une valeur de balise,
séparez leurs noms par le caractère '|', par exemple : pax* | 10 Valeur par défaut : *

-balises strictes booléen
Par défaut, si une paire balise/valeur dans une entité correspond à la balise et à la valeur spécifiées,
alors toutes les balises/paires de valeurs de cette caractéristique seront affichées. Si cela doit être
true, alors uniquement les paires balise/valeur dans une entité qui correspondent à la balise spécifiée et
valeur sera affichée. Valeur par défaut : N

Avancé
-trois lettres booléen
Valeur par défaut : N

-nombre booléen
Valeur par défaut : N

-largeur entier
Valeur par défaut : 60

-longueur entier

-marge entier
Valeur par défaut : 10

-patate douce booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher le nom d'identification de la séquence Par défaut
valeur : O

-la description booléen
Définissez cette valeur sur false si vous ne souhaitez pas afficher la description de la séquence
Valeur par défaut : O

-décalage entier
Valeur par défaut : 1

-html booléen
Valeur par défaut : N

Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie

Utilisez showpepe en ligne en utilisant les services onworks.net