sreformat - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

sreformat - convertit le fichier de séquence en un format différent

SYNOPSIS

sreformater [choix] le format fichier seq

DESCRIPTION

sreformater lit le fichier de séquence fichier seq dans n'importe quel format pris en charge, le reformate dans un nouveau
format spécifié par le format, imprime ensuite le texte reformaté.

Les formats d'entrée pris en charge incluent (mais ne sont pas limités à) les formats non alignés FASTA,
Genbank, EMBL, SWISS-PROT, PIR et GCG, et les formats alignés Stockholm, Clustal, GCG
MSF et Phylip.

Les codes de format de fichier de sortie non alignés disponibles incluent fasta (format FASTA) ; emblème
(format EMBL/SWISSPROT) ; banque de données (format Genbank) ; ggc (format de séquence unique GCG);
données gcg (format de base de données de fichier plat GCG) ; pir (format de fichier plat PIR/CODATA) ; brut (cru
séquence, aucune autre information).

Les codes de format de fichier de sortie alignés disponibles incluent Stockholm (format PFAM/Stockholm) ;
MSF (format GCG MSF) ; a2m (un format FASTA aligné); PHILIPPE (format PHYLIP de Felsenstein);
et cluster (format Clustal V/W/X) ; et sexe (l'ancien SELEX/HMMER/Pfam annoté
format d'alignement);

Tous les codes sont interprétés sans tenir compte de la casse (par exemple, MSF, Msf ou msf fonctionnent tous).

Les fichiers au format non aligné ne peuvent pas être reformatés dans des formats alignés. Cependant, les formats alignés
peut être reformaté dans des formats non alignés -- les caractères d'espacement sont simplement supprimés.

Ce programme s'appelait à l'origine reformater, mais ce nom se heurte à un programme GCG de
Le même nom.

OPTIONS

-d ADN; convertir les U en T, pour s'assurer qu'une séquence d'acide nucléique est affichée comme ADN non
ARN. Voir -r.

-h Imprimer une brève aide ; inclut le numéro de version et un résumé de toutes les options, y compris
options d'experts.

-l Minuscule; convertir tous les résidus de séquence en minuscules. Voir dans.

-n Pour les séquences d'ADN/ARN, convertit tout caractère qui n'est pas un ARN/ADN non ambigu (par ex.
ACGTU/acgtu) en N. Utilisé pour convertir les codes d'ambiguïté IUPAC en N, pour le logiciel
qui ne peut pas gérer tous les codes IUPAC (certains codes de pliage d'ARN publics, par exemple). Si
le fichier est un alignement, les caractères d'espacement sont également laissés inchangés. Si les séquences sont
pas les séquences d'acides nucléiques, cette option corrompre les données d'une manière prévisible
mode.

-r ARN; convertir les T en U, pour s'assurer qu'une séquence d'acide nucléique est affichée comme ARN non
ADN. Voir -ré.

-u Majuscule; convertir tous les résidus de séquence en majuscules. Voir -l.

-x Pour les séquences d'ADN, convertissez les caractères non IUPAC (comme les X) en N. C'est pour
compatibilité avec les personnes aveugles qui insistent pour utiliser X au lieu de l'IUPAC
caractère d'ambiguïté N. (X est pour l'ambiguïté dans un résidu d'acide aminé).

Attention : comme le -n option, le code ne vérifie pas que vous le donnez réellement
ADN. Il convertit simplement littéralement les symboles d'ADN non-IUPAC en N. Donc, si vous
lui donner accidentellement une séquence de protéines, il convertira avec plaisir la plupart des acides aminés
résidu acide à un N.

EXPERT OPTIONS

--gapsym
Convertir tous les caractères d'espacement en . Utilisé pour préparer les fichiers d'alignement pour les programmes
avec des exigences strictes pour les symboles d'espacement. n'a de sens que si l'entrée fichier seq is
un alignement.

--informat
Précisez que le fichier séquence est au format , plutôt que de permettre au programme
pour détecter automatiquement le format de fichier. Les exemples courants incluent Genbank, EMBL, GCG, PIR,
Stockholm, Clustal, MSF ou PHYLIP ; voir la documentation imprimée pour un
liste des noms de format acceptés.

--mingap
If fichier seq est un alignement, supprimez toutes les colonnes qui contiennent 100 % de caractères d'écart,
minimiser la longueur totale de l'alignement. (Souvent utile si vous avez extrait
un sous-ensemble de séquences alignées à partir d'un alignement plus large.)

--pas d'écart
Supprimez toutes les colonnes alignées qui contiennent des symboles d'espacement. Utile comme prélude
aux analyses phylogénétiques, où l'on ne souhaite analyser que les colonnes contenant 100%
résidus, vous voulez donc éliminer toutes les colonnes présentant des lacunes. n'a de sens que
si le fichier est un fichier d'alignement.

--pfam Pour le format de sortie d'alignement SELEX uniquement, placez l'alignement entier dans un bloc
(ne pas envelopper dans plusieurs blocs). C'est proche du format utilisé en interne par
Pfam à Stockholm et Cambridge.

--sam Essayez de convertir les caractères d'espacement au style SAM UC Santa Cruz, où un fichier . signifie un écart dans
une colonne d'insertion, et a - signifie une suppression dans une colonne de consensus/correspondance. Ceci seulement
fonctionne pour convertir les formats de fichiers alignés, et seulement si l'alignement est déjà
adhère à la convention SAM des majuscules pour les résidus dans le consensus/match
colonnes et des minuscules pour les résidus dans les colonnes d'insertion. C'est vrai, par exemple,
de tous les alignements produits par les anciennes versions de HMMER. (HMMER2 produit des alignements
qui adhèrent aux conventions de SAM même dans le choix des caractères d'espacement.) Cette option a été
ajouté pour permettre aux alignements Pfam d'être reformatés en quelque chose de plus approprié pour
construction du profil HMM à l'aide du logiciel UCSC SAM.

--samfrac
Essayez de convertir les caractères d'écart d'alignement et les cas de résidus en UC Santa Cruz SAM
style, où un . signifie un espace dans une colonne d'insertion et a - signifie une suppression dans une
colonne consensus/correspondance, et les majuscules signifient les résidus de correspondance/consensus et les minuscules
le cas signifie les résidus insérés. Cela ne fonctionnera que pour la conversion du fichier aligné
formats, mais contrairement aux --sam option, cela fonctionnera indépendamment du fait que le fichier
adhère à la convention de résidus majuscules/minuscules. Au lieu de cela, toute colonne contenant
plus d'une fraction de caractères d'espace est interprété comme une colonne d'insertion, et
toutes les autres colonnes sont interprétées comme des colonnes de correspondance. Cette option a été ajoutée pour permettre
Alignements Pfam à reformater en quelque chose de plus adapté au profil HMM
construction à l'aide du logiciel UCSC SAM.

--wussifier
Convertir des chaînes d'annotation de structure secondaire d'ARN (consensuelles et individuelles)
de l'ancien format "KHS", ><, à la nouvelle notation WUSS, <>. Si la notation est déjà
au format WUSS, cette option le bousillera, sans avertissement. Seuls SELEX et
Les fichiers au format Stockholm ont actuellement un balisage de structure secondaire.

--rosée
Convertir les chaînes d'annotation de structure secondaire d'ARN à partir de la nouvelle notation WUSS, <>,
retour à l'ancien format KHS, ><. Si l'annotation est déjà en KHS, cette option
le corrompre, sans avertissement. Seuls les fichiers au format SELEX et Stockholm ont
balisage de la structure secondaire.

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