Il s'agit de la commande srf2fastq qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
srf2fastq - Convertit les fichiers SRF au format Sanger fastq
SYNOPSIS
srf2fastq [Options] srf_archive
DESCRIPTION
srf2fastq extrait des séquences et des qualités d'une ou plusieurs archives SRF et les écrit
au format Sanger fastq vers stdout.
Notez qu'Illumina a également un format fastq (utilisé dans les répertoires GERALD) qui diffère
légèrement dans l'utilisation des scores log-odds pour les valeurs de qualité. Le format décrit ici
utilise le traditionnel Phred style d'encodage de qualité.
OPTIONS
-c Sort des valeurs de confiance calibrées à l'aide du ZTR CNF1 type de morceau pour un seul
qualité par base. Sans cela, utilisez l'Illumina d'origine _prb.txt fichiers constitués
de quatre valeurs de qualité par base, stockées dans le ZTR CNF4 morceaux.
-C Masque les séquences marquées comme étant de mauvaise qualité.
-s racine
Génère des fichiers sur le disque avec des noms de fichiers commençant racine, un fichier par non explicite
élément dans le segment de la région SRF/ZTR (REGN). En général, cela donne deux fichiers pour
fin de course appariée. Les suffixes des noms de fichiers proviennent des noms répertoriés dans la région SRF
morceaux. Cette option entre en conflit avec la -S paramètre.
-S Divise les séquences en régions, mais répertorie séquentiellement chaque région de séquence à
stdout au lieu de diviser pour séparer les fichiers sur le disque. Cette option est en conflit avec
le -s paramètre.
-n Lors de l'utilisation de -s, les suffixes des noms de fichiers sont simplement numérotés (commençant par 1) à la place
d'utiliser les noms répertoriés dans les morceaux de la région SRF.
-a Ajoute l'index de région aux noms de séquence. C'est-à-dire générer "nom/1" et "nom/2" pour un
lecture appariée.
-e Inclure toute séquence explicite (partie de la région ZTR de type 'E') dans la séquence
sortir. La séquence explicite est également incluse dans la ligne de qualité. Actuellement
celui-ci est utilisé par ABI SOLiD pour stocker la dernière base de l'apprêt.
-r région liste
Inverse complète la séquence et inverse les valeurs de qualité pour toutes les régions dans
le région liste. Il s'agit d'une liste de valeurs entières séparées par des virgules énumérant les
régions, à partir de 1. Notez que cette option ne fonctionne que lorsque -s or -S are
spécifié.
EXEMPLES
Pour extraire uniquement les séquences de bonne qualité de tous les fichiers srf du répertoire courant
en utilisant des valeurs de confiance calibrées (si disponibles).
srf2fastq -c -C *.srf > runX.fastq
Pour extraire une extrémité appariée, exécutez deux fichiers distincts avec des séquences nommées prénom/ 1 et
prénom/ 2.
srf2fastq -s runX -a -n runX.srf
Pour extraire une fin de course appariée en un seul fichier, en alternant séquences avant et arrière,
la seconde lecture étant complétée à l'envers.
srf2fastq -S -r 2 runX.srf > runX.fastq
Utilisez srf2fastq en ligne en utilisant les services onworks.net
