subjunc - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

subjunc - un aligneur RNA-seq adapté à toutes les fins d'analyses RNA-seq

UTILISATION

subjonc [choix] -i -r -o

Arguments requis :

-i
Nom de base de l'index.

-r
Nom du fichier d'entrée. Les formats d'entrée, y compris gzipped fastq, fastq et fasta peuvent
être automatiquement détecté. En cas d'appariement, cela devrait donner le nom du fichier
y compris les premières lectures.

Arguments facultatifs :

-o
Nom du fichier de sortie. Par défaut, la sortie est au format BAM.

-n
Nombre de sous-lectures sélectionnées, 14 par défaut.

-m
Seuil de consensus pour signaler un hit (nombre minimal de sous-lectures mappées dans
consensus). Si l'extrémité est appariée, cela donne le seuil de consensus pour la lecture d'ancre.
1 par défaut

-M
Spécifiez le nombre maximum de bases incompatibles autorisées dans l'alignement. 3 par
défaut. Les discordances trouvées dans les bases softclipped ne sont pas comptées.

-T
Nombre de threads CPU utilisés, 1 par défaut.

-I
Longueur maximale (en pb) des indels pouvant être détectés. 5 par défaut. Le programme
peut détecter des indels jusqu'à 200 pb de long.

-B
Nombre maximal d'emplacements de cartographie également les meilleurs à signaler. 1 par défaut. Noter
qui -u l'option a préséance sur -B.

-P <3:6>
Format des scores Phred utilisés dans les fichiers d'entrée, '3' pour phred+33 et '6' pour phred+64.
'3' par défaut.

-u Signaler uniquement les lectures mappées. Le nombre de bases mal appariées est utilisé pour briser le
attacher.

-b Convertissez les bases de lecture de l'espace colorimétrique en bases de lecture de l'espace de base dans la sortie de mappage. Noter
que le mappage de lecture est effectué dans l'espace colorimétrique.

--SAInput
Les lectures d'entrée sont au format SAM.

--BAInput
Les lectures d'entrée sont au format BAM.

--SAM sortie
Enregistrez le résultat du mappage au format SAM.

--trim5
Couper nombre de bases à partir de l'extrémité 5' de chaque lecture. 0 par défaut.

--trim3
Couper nombre de bases à partir de l'extrémité 3' de chaque lecture. 0 par défaut.

--rg-id
Ajoutez l'ID du groupe de lecture à la sortie.

--rg
Ajouter à l'en-tête du groupe de lecture (RG) dans la sortie.

--DPGapOuvrir Pénalité pour l'ouverture de l'écart dans la détection indel courte. -1 by
défaut.

--DPGapExt
Pénalité pour l'extension de l'écart dans la détection d'indel court. 0 par défaut.

--DPMismatch Pénalité pour les discordances dans la détection d'indel court. 0 par
défaut.

--DPMatch
Score pour les bases appariées dans la détection d'indel court. 2 par défaut.

--toutes les jonctions
Détecter les jonctions exon-exon (jonctions canoniques et non canoniques) et
variantes structurelles dans les données RNA-seq. Reportez-vous au Guide de l'utilisateur pour le signalement de
jonctions et fusions.

--complexIndels
Détecter plusieurs indels courts qui se produisent simultanément dans une petite région génomique
(ces indels pourraient être aussi proches que 1 pb l'un de l'autre).

-v Version de sortie du programme.

Arguments facultatifs pour les lectures appariées :

-R
Nom du fichier, y compris les deuxièmes lectures.

-p
Seuil de consensus pour la lecture non-ancre (recevant moins de votes que l'ancre
lire à partir de la même paire). 1 par défaut.

-d
Longueur minimale de fragment/insert, 50 pb par défaut.

-D
Longueur maximale de fragment/insert, 600 pb par défaut.

-S
Orientation des première et deuxième lectures, 'fr' par défaut ( avant/arrière).

Reportez-vous au manuel d'utilisation pour une description détaillée des arguments.

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