Il s'agit des sumtrees de commandes qui peuvent être exécutés dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
sumtrees - Résumé et annotation d'arbres phylogénétiques
SYNOPSIS
arbres [-je FORMAT] [-b BRÛLER] [--enraciné de force] [--force-unrooted]
DESCRIPTION
SumTrees est un programme pour résumer bootstrap non paramétrique ou postérieur bayésien
support de probabilité pour les scissions ou les clades sur les arbres phylogénétiques.
La base de l'évaluation du support est généralement donnée par un ensemble de paramètres non paramétriques
bootstrap répliquer des échantillons d'arbres produits par des programmes tels que GARLI ou RAxML, ou par un ensemble
d'échantillons d'arbres MCMC produits par des programmes tels que Mr. Bayes ou BEAST. La proportion de
arbres des échantillons dans lesquels une division particulière est trouvée est considéré comme le degré de
support pour cette division comme indiqué par les échantillons. Les échantillons qui sont à la base de la
la prise en charge peut être répartie sur plusieurs fichiers, et une option de gravure permet une
nombre initial d'arbres dans chaque fichier à exclure de l'analyse s'ils ne sont pas
considérés comme tirés de la vraie distribution de soutien.
Collections de résumés d'arbres, par exemple, échantillons MCMC d'une distribution postérieure,
réplicats bootstrap non paramétriques, mappage de la probabilité, du support ou de la fréquence a posteriori
que les divisions/clades se trouvent dans l'ensemble source d'arbres sur un arbre cible.
OPTIONS
Source Options:
CHEMIN DE FICHIER
Source(s) d'arbres à résumer. Au moins une source valide d'arbres doit être
à condition de. Utilisez '-' pour spécifier la lecture à partir de l'entrée standard (notez que cela nécessite
le format du fichier d'entrée doit être défini explicitement à l'aide de l'option '--source-format').
-i FORMAT, --format-d'entrée FORMAT, --format-source Format
Format de toutes les arborescences d'entrée (par défaut pour gérer NEXUS ou NEWICK via
inspection; il est plus efficace de spécifier explicitement le format s'il est connu).
-b BURNINE, --burnin BRÛLAGE
Nombre d'arbres à ignorer depuis le début de *chaque* fichier d'arbre lors du comptage
prise en charge (par défaut : 0).
--force-rooté, --enraciné
Traitez les arbres source comme enracinés.
--force-non rooté, --non enraciné
Traitez les arbres source comme non enracinés.
-v, --ultramétrie-précision, --branche-longueur-epsilon
Précision à utiliser lors de la validation de l'ultramétricité (par défaut : 1e-05 ; spécifiez '0' pour
désactiver la validation).
--les-arbres-pondérés
Utilisez les poids des arbres (comme indiqué par le jeton de commentaire '[&W m/n]') pour peser
contribution des divisions trouvées sur chaque arbre aux fréquences de division globales.
--préserver les traits de soulignement
Ne convertissez pas les traits de soulignement non protégés (sans guillemets) en espaces lors de la lecture
Arbres au format NEXUS/NEWICK.
--nom-taxon-chemin du fichier CHEMIN DU FICHIER
Chemin d'accès au fichier répertoriant tous les noms ou étiquettes de taxon qui seront trouvés dans le
ensemble complet d'arbres sources. Ce fichier doit être un fichier texte brut avec un seul
liste de noms sur chaque ligne. Ce fichier n'est lu qu'en multitraitement ('-M' ou '-m')
Est demandé. Lors du multitraitement à l'aide des options '-M' ou '-m', tous les noms de taxon
doivent être définis avant toute analyse d'arbre réelle. Par défaut c'est fait
en lisant le premier arbre dans la première source d'arbre et en extrayant les noms de taxon.
Au mieux, c'est inefficace, car cela implique une lecture étrangère de l'arbre. À
pire, cela peut être une erreur, si le premier arbre ne contient pas tous les taxons.
Fournir explicitement les noms de taxon via cette option peut éviter ces problèmes.
Cible Arbre topologie Options:
-t DÉPOSER, --target-tree-filepath DOSSIER
Résumez le support et d'autres informations des arborescences source à la topologie ou
topologies données par le ou les arbres décrits dans FILE. Si aucune cible d'utilisation spécifiée
topologies sont données, puis une topologie récapitulative sera utilisée comme cible. Utilisez le
'-s' ou '--summary-target' pour spécifier le type d'arbre récapitulatif à utiliser.
-s SOMMAIRE-TYPE, --summary-cible SOMMAIRE-TYPE
Construire et résumer le support et d'autres informations des arborescences source à un
des topologies récapitulatives suivantes : - 'consensus'
Un arbre consensuel. La fréquence minimale
le seuil de clades à inclure peut être spécifié à l'aide du '-f' ou
Indicateurs '--min-clade-freq'. Il s'agit du DEFAUT si un arbre cible spécifié par l'utilisateur est
pas donné via les options '-t' ou '--target-tree-filepath'.
- 'mcct'
L'arbre de crédibilité maximum du clade. L'arbre de l'ensemble source qui maximise le
*produit* des probabilités postérieures de clade.
- 'msct'
L'arbre de crédibilité maximum du clade. L'arbre de l'ensemble source qui maximise le
*produit* des probabilités postérieures de clade.
Cible Arbre additionnel Options:
-f #.##, --min-consensus-freq #.##, --min-fréq #.##, --min-clade-freq #.##
Si vous utilisez une stratégie de résumé d'arbre de consensus, alors c'est le minimum
fréquence ou probabilité pour qu'un clade ou une scission soit inclus dans le résultat
arbre (par défaut : > 0.5).
--allow-unknown-target-tree-taxons
N'échoue pas avec erreur si les arbres cibles ont des taxons jamais rencontrés auparavant dans
arbres sources ou définis dans le fichier de découverte de taxon.
Cible Arbre Enracinement Options:
--root-target-at-outgroup TAXON-ÉTIQUETTE
Racine les arbres cibles en utilisant le taxon spécifié comme groupe externe.
--root-target-au-milieu
Racine les arbres cibles au milieu.
--set-outgroup TAXON-ÉTIQUETTE
Faites pivoter les arbres cibles de sorte que le taxon spécifié se trouve dans la position d'exogroupe, mais
ne modifiez pas explicitement l'enracinement de l'arborescence cible.
Cible Arbre Edge Options:
-e STRATÉGIE, --set-bords STRATÉGIE, --bords STRATÉGIE
Définissez les longueurs d'arêtes des arbres cibles ou récapitulatifs en fonction de la valeur spécifiée.
STRATÉGIE de résumé : - 'mean-length'
Les longueurs des bords seront fixées à la moyenne des
longueurs de la division ou du clade correspondant dans les arbres source.
- 'longueur médiane'
Les longueurs de bord seront fixées à la médiane du
longueurs de la scission ou du clade correspondant dans
les arbres sources.
- 'âge moyen'
Les longueurs de bord seront ajustées de sorte que l'âge des nœuds sous-tendus soit égal à
l'âge moyen de la division ou du clade correspondant dans les arbres sources. Arbres sources
devra être ultramétrique pour cette option.
- 'âge moyen'
Les longueurs de bord seront ajustées de sorte que l'âge des nœuds sous-tendus soit égal à
l'âge médian de la division ou du clade correspondant dans les arbres source. La source
les arbres devront être ultramétriques pour cette option.
- Support
Les longueurs de bord seront définies sur la valeur de support pour la division représentée par le
bord.
- 'garder'
Ne modifiez pas les longueurs de bord existantes. C'est le DEFAUT si les arbres cibles sont
provenant d'un fichier externe en utilisant l'option '-t' ou '--targettree-filepath'
- 'dégager'
Les longueurs de bord seront supprimées des arbres cibles s'ils sont présents.
Notez que les paramètres par défaut varient selon le
suivant, par ordre de préférence : (1) Si les arbres cibles sont spécifiés à l'aide du '-t'
or
option '--target-tree-filepath', puis le bord par défaut
stratégie de résumé est : « garder ».
(2) Si les arbres cibles ne sont pas spécifiés, mais le
L'option '--summarize-node-ages' est spécifiée, puis le résumé de bord par défaut
la stratégie est : « âge moyen ».
(3) Si aucun arbre cible n'est spécifié et que le
les âges des nœuds ne sont PAS spécifiés pour être résumés, alors le résumé de bord par défaut
stratégie est : « longueur moyenne ».
--force-longueur-bord-minimum FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(Si vous définissez des longueurs d'arêtes), forcez toutes les arêtes à avoir au moins cette longueur.
--collapse-negative-edges
(Si vous définissez des longueurs d'arêtes), forcez l'âge des nœuds parents à être au moins aussi vieux que son
l'enfant le plus âgé lors de la récapitulation des âges des nœuds.
Cible Arbre Annotation Options:
--summarize-node-ages, --ultramétrique, --node-ages
Supposons que les arbres source sont ultramétiques et résument les âges des nœuds (distances de
des astuces).
-l {soutenir, garder, clair}, --Étiquettes {soutenir, garder, clair}
Définissez les libellés des nœuds du ou des arbres récapitulatifs ou cibles : - 'support'
Les étiquettes de nœud seront définies sur la valeur de prise en charge pour
le clade représenté par le nœud. C'est le DÉFAUT.
- 'garder'
Ne modifiez pas les étiquettes de nœud existantes.
- 'dégager'
Les étiquettes de nœud seront supprimées des arborescences cibles si elles sont présentes.
--suppress-annotations, --pas d'annotations
N'annotez PAS les nœuds et les arêtes avec des métadonnées d'informations de résumé telles que
valeurs as.support, longueur de bord et/ou statistiques récapitulatives sur l'âge des nœuds, etc.
Assistance Expression Options:
-p, --pourcentages
Indiquez le soutien des succursales en pourcentage (sinon, le rapport sera exprimé en proportions par
défaut).
-d #, --décimales #
Nombre de décimales dans l'indication des valeurs de support (par défaut : 8).
Sortie Options:
-o CHEMIN DU FICHIER, --output-tree-filepath CHEMIN DU FICHIER, --output CHEMIN DU FICHIER
Chemin d'accès au fichier de sortie (s'il n'est pas spécifié, s'imprimera sur la sortie standard).
-F {lien, newick, philip, nexml}, --format-arbre-de-sortie {lien, newick, philip, nexml}
Format du fichier d'arborescence de sortie (s'il n'est pas spécifié, par défaut le format d'entrée, si ce
a été explicitement spécifié, ou « nexus » dans le cas contraire).
-x PRÉFIXE, --sortie étendue PRÉFIXE
Si spécifié, des informations de résumé étendues seront générées, consistant en
les fichiers suivants : - ' .topologies.trees'
Une collection de topologies trouvées dans les sources
rapportés avec leurs probabilités postérieures associées sous forme d'annotations de métadonnées.
- ' .bipartitions.trees'
Une collection de bipartitions, chacune représentée sous forme d'arbre, avec
informations sous forme d'annotations de métadonnées.
- ' .bipartitions.tsv'
Tableau répertoriant les bipartitions en tant que modèle de groupe en tant que colonne clé et informations
concernant chacune des bipartitions comme les colonnes restantes.
- ' .edge-lengths.tsv'
Liste des bipartitions et des longueurs d'arêtes correspondantes. Uniquement généré si les longueurs d'arête
sont résumés.
- ' .node-ages.tsv'
Liste des bipartitions et âges correspondants. Généré uniquement si les âges des nœuds sont
résumé.
--no-taxa-block
Lors de l'écriture d'une sortie au format NEXUS, n'incluez pas de bloc taxa dans la sortie
treefile (sinon créera un bloc de taxons par défaut).
--pas d'analyse-métainformation, --no-meta-commentaires
N'incluez pas de méta-informations décrivant les paramètres de synthèse et
détails d'exécution.
-c COMMENTAIRES SUPPLÉMENTAIRES, --additional-commentaires COMMENTAIRES SUPPLÉMENTAIRES
Commentaires supplémentaires à ajouter au dossier de synthèse.
-r, --remplacer
Remplacez/écrasez le fichier de sortie sans demander s'il existe déjà.
Parallèle Gestion Options:
-M, --maximum-multitraitement
Exécuter en mode parallèle en utilisant autant de processeurs que disponibles, jusqu'au nombre de
sources.
-m NUM-PROCESSUS, --multitraitement NUM-PROCESSUS
Exécuter en mode parallèle avec un maximum de NUMPROCESSES processus ('max' ou '#'
signifie exécuter autant de processus qu'il y a de cœurs sur la machine locale ; c'est à dire,
identique à '-M' ou '--maximummultiprocessing').
Programme Journal Options:
-g LOG-FREQUENCE, --log-fréquence LOG-FREQUENCE
Fréquence d'enregistrement de la progression du traitement de l'arbre (par défaut : 500 ; défini sur 0 pour supprimer).
-q, --silencieux
Supprimez TOUS les messages de journalisation, de progression et de commentaires.
Programme Erreur Options:
--ignore-manquant-support
Ignorez les fichiers d'arbre de support manquants (notez qu'au moins un doit exister).
Programme Info Options:
-h, --Aidez-moi
Afficher les informations d'aide pour le programme et quitter.
--citation
Afficher les informations de citation pour le programme et quitter.
--utilisation-exemples
Afficher des exemples d'utilisation du programme et quitter.
--décris
Affichez les informations concernant vos installations DendroPy et Python et quittez.
AUTEURS
Jeet Sukumaran et Mark T. Holder
Utilisez sumtrees en ligne en utilisant les services onworks.net
