Il s'agit de la commande t_coffee qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
t-coffee - alignement de séquences multiples
SYNOPSIS
t_café [Options]filet
t-café aligne plusieurs séquences d'ADN ou de protéines.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous. Pour une description complète, consultez le
Documentation.
-journal_complet S
-run_name S
-mem_mode S Membre
-se déployer D 1
-mode_extension S triplet_très_rapide
-max_n_paire D 10
-seq_name_for_quadruplet S tous
-compact S défaut
-nettoyer S aucune
-do_self FL 0
-do_normaliser D 1000
-modèle_fichier S
-séq S
-in S Mlalign_id_pair Mslow_pair
-pdb S
-out_lib W_F aucune
-lib_only D 0
-poids extérieur W_F aucune
-seq_source S à N'IMPORTE QUELLE RÉUNION sur la liste.
-cosmetic_penalty D - 50
-gapopen D 0
-gapext D 0
-fgapopen D 0
-fgapext D 0
-aucune concordance D 0
-nouvel arbre W_F défaut
-usetree R_F
-mode_arbre S lent
-arbre rapide FL 0
-fichier de sortie W_F défaut
-maximiser FL 1
-sortir S cluster
-dans le fichier R_F
-matrice S blosum62mt
-tg_mode D 1
-mode_profil S cw_profile_profile
-profil_comparison S full50
-dp_mode S cfasta_pair_wise
-ktuple D 1
-diag D 0
-diag_seuil D 0
-diag_mode D 0
-sim_matrice S vasilik
De type S
-commander S aligné
-séquences S de rabais
-Cas S garder
-CPU D 0
-maxnseq D 60
-maxlen D -1
-poids S défaut
-seq_poids S t_café
-aligner FL 1
-mocque FL 0
-domaine FL 0
-Début D 0
-len D 0
-échelle D 0
-mocca_interactif FL 0
-evaluate_mode S t_café_fast
-get_type FL 0
-clean_aln D 0
-clean_threshold D 1
-clean_iteration D 1
-clean_evaluate_mode S t_café_fast
-profil S
-profil1 S
-profil2 S
-extend_matrice FL 0
-prot_min_sim D 40
-prot_max_sim D 60
-prot_min_cov D 0
-pdb_min_sim D 30
-pdb_max_sim D 100
-pdb_min_cov D 50
-pdb_blast_server W_F SIB
-prot_blast_server W_F SIB
-pdb_db W_F nrl3d
-protéine_db W_F nr
-method_log W_F aucune
-struc_to_use S
-cache W_F utilisé
-align_pdb_param_file W_F aucune
-align_pdb_hasch_mode W_F hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S arbre
-lalign_n_top D 10
-répéter D 0
-réduire D 0
-Divisé D 0
-fichier de garniture S défaut
-Divisé D 0
-split_nseq_thres D 0
-split_score_thres D 0
-check_pdb_status D 0
-seq_to_keep S
-dpa_master_aln S
-dpa_maxnseq D 10
-dpa_min_score1 D
-dpa_min_score2 D
-dpa_keep_tmpfile FL 0
-dpa_debug D 0
-multi_thread S
-lib_list S
Utilisez t_coffee en ligne en utilisant les services onworks.net
