Il s'agit de la commande toRawSequence qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
addUnalignedIntervals - partie du package mauveAligner
AlignementProjector - partie du package mauveAligner
backbone_global_to_local - partie du paquet mauveAligner
bbAnalyze - fait partie du package mauveAligner
createBackboneMFA - partie du package mauveAligner
getAlignmentWindows - partie du package mauveAligner
getOrthologList - partie du package mauveAligner
makeBadgerMatrix - partie du package mauveAligner
mauveToXMFA - partie du package mauveAligner
mfa2xmfa - partie du package mauveAligner
projectAndStrip - partie du package mauveAligner
randomGeneSample - partie du package mauveAligner
scoreAlignment - fait partie du package mauveAligner
stripGapColumns - partie du package mauveAligner
stripSubsetLCBs - partie du package mauveAligner
toGrimmFormat - fait partie du package mauveAligner
toMultiFastA - fait partie du package mauveAligner
toRawSequence - partie du package mauveAligner
uniqueMerCount - fait partie du package mauveAligner
uniquifyTrees - partie du package mauveAligner
xmfa2maf - partie du package mauveAligner
DESCRIPTION
Ces outils appartiennent au package mauveAligner. Ils ne sont pas explicitement documentés mais
impriment une ligne de synthèse qui est répétée ici.
addUnalignedIntervals <entrée intervalle fichier> <sortie intervalle fichier>
alignementProjecteur <entrée xmfa> <sortie xmfa> <mfa suivants saisie> <mfa suivants sortie> <liste of
séquences à comprendre, starting at 0>
backbone_global_to_local <xmfa fichier> <colonne vertébrale fichier> <sortie fichier>
bbAnalyser <xmfa fichier> <guide arbre> <colonne vertébrale séquences fichier> <colonne vertébrale avec fichier> <annoté
suivants index> <sortie fichier>
l'index de séquence annoté commence à 0.
créerBackboneMFA <entrée intervalle fichier> <sortie MFA nom>
getAlignmentWindows <XMFA alignement> <fenêtre longueur> <fenêtre décalage montant> <base sortie
nom de fichier>
getOrthologList getOrthologList <entrée xmfa> <colonne vertébrale suivants fichier> <référence génome> <CDS
orthologue nom de fichier> <CDS alignement base nom>
faireBadgerMatrix faireBadgerMatrix <entrée xmfa> <sortie blaireau fichier> <LCB coordonner fichier>
mauveVersXMFA mauveVersXMFA <Mauve Alignement saisie> <XMFA sortie>
mfa2xmfa <AMF alignement saisie> <XMFA alignement sortie> [Non aligné RapideA sortir]
projetEtStrip <entrée xmfa> <sortie xmfa> ...
Les identifiants de séquence numérique commencent à 0.
aléatoireGèneÉchantillon <entrée xmfa> <colonne vertébrale suivants fichier> <échantillon génome> <numéro of gènes>
<sortie base nom> [Aléatoire la graine]
scoreAlignement <correct alignement> <calculé alignement> [évolué séquence déposer] [langage]
bandeGapColonnes <entrée XMFA> <sortie XMFA>
stripSubsetLCBs <entrée xmfa> <entrée bbcols> <sortie xmfa> [min LCB Taille] [min génomes]
[au hasard sous-échantillon à X ko]
versGrimmFormat <Mauve Alignement> <génome 1 chr longueurs>... N chr longueurs>
versMultiFastA <entrée intervalle fichier> <sortie base nom>
versRawSequence <entrée séquence> <sortie fichier>
uniqueMerCount <Trié Mer Liste>
uniquifyArbres <lien contribution fichier> <lien sortie fichier>
Tous les arbres du fichier d'entrée doivent avoir le même nombre de taxons et le même taxon
qui
xmfa2maf <xmfa saisie> <maf sortie>
Utilisez toRawSequence en ligne à l'aide des services onworks.net