Il s'agit de la commande tqs qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
tqs - Séquences Solexa-Illumina de qualité de coupe
SYNOPSIS
La séquence de qualité Trim Solexa-Illumina est lue à l'aide de seuils définis par l'utilisateur.
OPTIONS
-h, --aide
afficher ce message d'aide et quitter
-f SEQFILE, --sequence file=SEQFILE
Fichier de séquence Illumina - Format de sortie de l'analyseur de génome 1G (_seq.txt) :
7 1 255 669 XNUMX
AACCCCCACTCCTACAACGCCATCATTCCCCTCGAC
-q QUALFILE, --qual fichier=QUALFILE
Un fichier prb contenant toutes les intensités Illumina, telles que sorties par le 1G
Analyseur de génome (_prb.txt)
-l MER, --longueur=MER
Longueur des lectures de séquence (c'est-à-dire nombre de cycles de séquençage, par défaut = 36)
-t SEUIL, --threshold=SEUIL
Valeur seuil d'intensité de base (-40 à 40, par défaut = 5)
-d DIFF, --différence=DIFF
Différence d'intensité de base entre l'intensité maximale et la deuxième meilleure (1 à 80,
par défaut = 5)
-c CONSEC, --consec=CONSEC
Nombre minimum de bases consécutives dépassant les valeurs de seuil (par défaut = 20)
-v, --verbeux
Fonctionne en mode verbeux.
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