Il s'agit de la commande Velveth_63 qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
Velveth_63 - programme de hachage simple (MAXKMERLENGTH = 63)
DESCRIPTION
Velveth - programme de hachage simple Version 1.2.09
OPTIONS
-brin_spécifique
: pour les données de séquençage du transcriptome spécifiques au brin (par défaut : désactivé)
-reuse_Sequences
: réutiliser le fichier Sequences (ou lien) déjà dans le répertoire (pas besoin de fournir l'original
noms de fichiers dans ce cas (par défaut : désactivé)
-reuse_binaire
: réutiliser le fichier (ou lien) des séquences binaires déjà dans le répertoire (pas besoin de fournir
noms de fichiers d'origine dans ce cas (par défaut : désactivé)
-noHash
: préparez simplement le fichier de séquences, ne hachez pas les lectures ou préparez le fichier de feuilles de route
(par défaut : désactivé)
-create_binaire
: crée un fichier binaire CnyUnifiedSeq (par défaut : désactivé)
Synopsis:
- Court unique fin lit comme suit:
Velveth Assemble 29 -court -rapide s_1_sequence.txt
- Fin appariée court lit (rappelles toi à entrelacer apparié lit):
Velveth Assemble 31 -shortAppairé -fasta entrelacé.fna
- Lectures courtes appariées (en utilisant des fichiers séparés pour les lectures appariées)
Velveth Assemble 31 -shortAppairé -fasta -séparé gauche.fa droite.fa
- Deux indirect et quelques Long lit comme suit:
Velveth Assemble 43 -court -rapide non mappé.fna -longPaire -fasta SangerReads.fasta
- Trois objectifs canaux:
Velveth Assemble 35 -shortAppairé -fasta pe_lib1.fasta -shortPaired2 pe_lib2.fasta
-court3 se_lib1.fa
Sortie :
répertoire/Répertoire Feuilles de route/Séquences
[Les deux fichiers sont récupérés par graphique, veuillez donc les laisser là]
DROIT D'AUTEUR
Copyright 2007, 2008 Daniel Zerbino ([email protected])
C'est un logiciel libre ; voir la source pour les conditions de copie. Il n'y a AUCUNE garantie ; ne pas
même pour la QUALITÉ MARCHANDE ou l'ADAPTATION À UN USAGE PARTICULIER.
Paramètres de compilation : CATEGORIES = 2 MAXKMERLENGTH = 63 OPENMP
Utilisation : ./velveth répertoire hash_length {[-file_format][-read_type][-separate|-interleaved]
nom_fichier1 [nom_fichier2 ...]} {...} [options]
annuaire
: nom du répertoire pour les fichiers de sortie
longueur_hachage
: SOIT un entier impair (si pair, il sera décrémenté) <= 63 (si supérieur, sera
réduit) : OU : m,M,s où m et M sont des entiers impairs (sinon, ils seront
décrémenté) avec m < M <= 63 (si supérieur, sera réduit)
et s est un pas (nombre pair). Velvet va ensuite hacher de k=m à k=M avec un pas de
s
nom de fichier
: chemin vers le fichier de séquence ou - pour l'entrée standard
Déposez votre dernière attestation le format options:
-fasta -rapide -cru -fasta.gz -rapide.gz -cru.gz -sam -bam -fmtAuto
(Remarque: -fmtAuto détectera fasta ou fastq et essaiera les programmes suivants pour
décompression : gunzip, pbunzip2, bunzip2
Déposez votre dernière attestation disposition Options pour apparié lit (seulement pour fasta et rapide format):
-entrelacé
: Le fichier contient des lectures appariées entrelacées dans un seul fichier (par défaut)
-séparé
: Lire 2 fichiers séparés pour des lectures appariées
Lire type options:
-court -shortAppairé
-court2 -shortPaired2
-longue -longPaire
-référence
Utilisez Velveth_63 en ligne en utilisant les services onworks.net
