Il s'agit de la commande wordfindere qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
wordfinder - Associez de grandes séquences à une ou plusieurs autres séquences
SYNOPSIS
chercheur de mots -une séquence ensemble de séquences -bséquence suite [-fichier de données matricef] -gapopen flotter
-gapeétendre flotter [-largeur entier] [-wordlen entier] [-limite match entier]
[-alignement limite entier] [-bas match entier] [-lowalign entier] -fichier de sortie aligner
[-erreurfichier fichier de sortie]
chercheur de mots -Aide
DESCRIPTION
chercheur de mots est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Alignement:Local".
OPTIONS
Entrée
-une séquence ensemble de séquences
-bséquence suite
-fichier de données matricef
Il s'agit du fichier de matrice de notation utilisé lors de la comparaison des séquences. Par défaut c'est le
fichier 'EBLOSUM62' (pour les protéines) ou le fichier 'EDNAFULL' (pour les séquences nucléiques). Ces
se trouvent dans le répertoire 'data' de l'installation d'EMBOSS.
Requis
-gapopen flotter
Valeur par défaut : @($(acdprotein)? 30.0 : 30.0)
-gapeétendre flotter
Valeur par défaut : @($(acdprotein)? 1.5 : 1.5)
Supplémentaire
-largeur entier
Valeur par défaut : 16
-wordlen entier
Valeur par défaut : 6
-limite match entier
-alignement limite entier
-bas match entier
-lowalign entier
Sortie
-fichier de sortie aligner
-erreurfichier fichier de sortie
Fichier d'erreur à écrire Valeur par défaut : wordfinder.error
Utilisez wordfindere en ligne en utilisant les services onworks.net
