xbs - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

xbs - modélisation de molécules à billes et à bâtons

SYNOPSIS

xbs [-id] [-h] [-géo gg] [-sc x] [-Couleur]
[-t titre] [-bw] [-st] [-rv] [-autocolor]
[-hh]

DESCRIPTION

xbs utilise des graphiques X-window pour produire des tracés à billes. Il lit les coordonnées et
autres données d'un fichier d'entrée id.bs (par exemple ch4.bs) et éventuellement différents "frames" avec
coordonnées décalées d'un fichier de déplacement auxiliaire Identifiant.mv (par exemple ch4.mv). Les fichiers par défaut
sont in.bs et in.mv Dans la distribution Debian, voir les exemples de fichiers d'entrée et de script dans
/usr/share/doc/xbs/exemples.

OPTIONS

-géo gg
définir la géométrie de la fenêtre

-sc x
définir le facteur d'échelle

-t titre
définir le titre de la fenêtre

-couleur
utiliser la couleur

-pc n/b avec des gris lisses

-St n/b avec des gris pointillés

-rv inverser les couleurs

-couleur automatique
choisir ses propres couleurs

-hh longue aide

-géo gg
définir la géométrie de la fenêtre

CONTRIBUTION Format

Dans un cas simple, un fichier ch4.bs pourrait ressembler à ceci :

atome C 0.000 0.000 0.000
atome H 1.155 1.155 1.155
atome H -1.155 -1.155 1.155
atome H 1.155 -1.155 -1.155
atome H -1.155 1.155 -1.155

spécification C 1.000 0.7
spécification H 0.700 1.00

obligations CC 0.000 4.000 0.109 1.00 XNUMX
obligations CH 0.000 3.400 0.109 1.00
obligations HH 0.000 2.800 0.109 1.00

Cela définit les coordonnées dans le format
espèce atomique xyz

et comment dessiner chaque espèce atomique, dans le format
nom de la spécification rayon couleur

et comment dessiner des liaisons, au format liaisons nom1 nom2 longueur min longueur max rayon couleur

Un fichier de déplacement contient des images supplémentaires comme celle-ci :

cadre C'est le cadre numéro deux
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155

Après le mot-clé 'frame' vient une chaîne d'identification, puis viennent les coordonnées pour tous
les atomes. Les sauts de ligne peuvent apparaître n'importe où entre les coordonnées.

D'autres lignes de saisie sont également possibles, à savoir les lignes de paramétrage (voir ci-dessous).
Exemple : 'inc 5' définit l'incrément pour la rotation à 5 degrés.

Dans les deux fichiers, les lignes commençant par * et les lignes vides sont des commentaires.

UTILISATION

Après avoir démarré le programme avec « xbs ch4 », le tracé peut être contrôlé directement par sélectionné
clés. Par exemple, pour faire pivoter la molécule, utilisez les touches du curseur et les touches "," et "." Les
les deux derniers ont été choisis car ils sont en dessous de "<" et ">" qui ressemblent à des flèches. Avancer d'un pas
à travers les cadres pour montrer un "film", utilisez les touches '[' et ']'. Un certain nombre d'autres clés sont
défini pour fonctionner directement. Des fonctions plus compliquées sont effectuées en appuyant sur « i » pour obtenir
une ligne de saisie, puis en tapant une commande. Utilisez 'xbs -hh' pour obtenir des informations sur les clés et
les commandes.

Dimensionnement : les touches '+' et '-' agrandissent ou rétrécissent le tracé.

Perspective : la touche p change la perspective. La valeur par défaut est désactivée. Pour la pseudoperspective, le
la taille des sphères dépend de la distance au spectateur mais les positions sur la page sont
inchangé. Pour une vraie perspective, les tailles et les positions changent toutes les deux. La force
de l'effet de perspective dépend de la distance au spectateur, qui est montrée dans le
ligne d'état. Il est modifié avec les touches 'd' et 'D' ou peut être réglé directement avec la commande
'dist'. (Remarque : si vous vous approchez trop près et placez le point de vue à l'intérieur d'un atome, le programme
va essayer de colorer tout l'univers, ce qui prend très longtemps).

Eclairage : la commande 'gramp slope middle' grise les atomes à l'arrière par une exponentielle
rampe. La commande 'light xyz' ombrage un peu les atomes comme si la lumière brillait le long du vecteur
(x,y,z). Ces commandes ne fonctionnent qu'en mode noir/blanc. Pour revenir à la coloration normale,
entrez 'gramp' ou 'light' sans arguments.

Positionnement : Les touches du clavier 8,6,4,2 déplacent le tracé d'un incrément dpos (qui peut être
défini par la commande 'dpos'). La touche '*' du clavier enregistre la position actuelle comme 'home' (ou utilise
commande 'pos' pour définir directement la position d'origine). La touche 7 du clavier déplace le tracé à la maison.
Les positions sont relatives au centre de la fenêtre.

Sauvegarde : la commande 'save' écrit les données dans un fichier (par défaut Save.bs). S'il y a plusieurs
frames, un fichier de déplacement est également écrit. La commande 'save' a quelques options, voir ci-dessous.

Impression : la commande 'print' écrit la sortie dans un fichier postscript, par défaut le fichier
'Bs.ps'. Un fichier d'impression reste ouvert jusqu'à ce qu'il soit explicitement fermé. De cette façon, plusieurs parcelles
peuvent être superposés sur la même page, en utilisant les touches du curseur du clavier pour déplacer les sous-parcelles
sur la page. La commande 'print' a quelques options, voir ci-dessous.

VIRTUEL AIDE

Taper 'xbs -h' et 'xbs -hh' donne une aide courte respectivement longue.

Après avoir démarré xbs, la touche « h » bascule une vue d'ensemble. Ce sont les mêmes informations que
obtenu avec 'xbs -hh'.

Sur la ligne de saisie, utilisez 'help print' ou 'print ?' ou même 'print -h' pour obtenir de l'aide sur un
commande spécifique telle que (dans ce cas) print. Cette aide montre également toutes les options possibles
pour la commande.

La barre d'espace bascule des informations supplémentaires sur l'intrigue écrite dans la fenêtre.

COMMANDES

1. Couleur:

- Une couleur est spécifiée soit comme un nombre compris entre 0 et 1 (valeur grise), soit trois nombres
entre 0 et 1 (valeurs rouge, verte, bleue ou RVB), ou comme nom de couleur du fichier
/usr/lib/X11/rgb.txt (ou similaire).

- Dans le fichier d'entrée, la couleur de chaque espèce ou lien est définie de ces trois manières.

- Les options xbs suivantes sont liées à la couleur : -color activer les couleurs (par défaut) bw
utilise uniquement les gris -st utilise uniquement les gris, pointillés à partir de quelques valeurs -rv inverse tout
couleurs - auto choisir ses propres couleurs. Vous pouvez les modifier de manière interactive avec la mise à jour
commander. Par souci de cohérence, le noir vaut maintenant 0 et le blanc vaut 1. L'option -rv change cela.
La seule raison d'utiliser -bw ou -st est que les commandes 'light' et 'gramp' ne fonctionnent pas
avec des couleurs.

- L'option '-auto' est utilisée pour colorer les atomes d'une manière standard. Ces couleurs sont
défini dans la routine 'set_auto_colors' dans le fichier subs.h. À partir de l'étiquette de l'espèce (c'est-à-dire Pd3
ou Mg-a) la partie alpha de tête est extraite et capitalisée (c'est-à-dire PD ou MG) et cette
chaîne est utilisée pour sélectionner une couleur. L'idée est de mettre ses couleurs préférées dans le
routine, puis recompiler xbs.

- La commande 'color' change les couleurs des atomes de manière interactive, c'est-à-dire. 'couleur C* vert'
change la couleur de toutes les espèces correspondantes. Pour montrer la couleur d'une espèce, utilisez le
commande sans spécifier de couleur (c'est-à-dire 'couleur C1' ou 'couleur C-a').

- Lorsque les données sont enregistrées avec la commande 'save', les couleurs actuelles (telles que définies avec 'color')
sont enregistrés sous forme de chaîne. Avec 'save -rgb' les valeurs RVB sont écrites à la place de la couleur
noms. Si l'option -rv est utilisée, les couleurs inversées sont enregistrées en tant que valeurs RVB.

2. Certaines commandes ont des options, par ex. imprimer, enregistrer, mettre à jour. Par exemple:

print -T print et ajoute des informations comme titre

print -t 'texte .... ' imprimer et mettre du texte comme titre

update -rv update mais activer l'inversion

update +rv update mais désactiver l'inversion

update -bw update mais passer en noir/blanc

enregistrer -rgb enregistrer avec les couleurs en tant que valeurs rgb

save -step n save avec seulement chaque nième image
(bon pour compresser un gros fichier .mv).

Utilisez 'help update' etc sur la ligne de saisie pour voir les options.

3. Correspondance de motif pour les étiquettes d'atome : * correspond à n'importe quelle chaîne, + à n'importe quel caractère.
Cela peut être utilisé dans la commande 'color' et dans les lignes 'bonds' du fichier d'entrée
(qui déterminent quelles obligations sont tirées). Par exemple, 'bonds C* H* ...' sélectionne tout
liens entre
des atomes comme C1 et H34 etc. et 'bonds * * ...' sélectionne toutes les paires.

4. Autres modifications diverses :

- La touche 'a' affiche les directions des axes.

- La touche 'n' affiche les noms ou les numéros des atomes. La touche 'c' montre les coordonnées.

- Pour fermer un fichier d'impression postscript, utilisez la commande 'close'.

- La commande 'dup xyz' duplique tous les atomes décalés de (x,y,z).

- La commande 'cut xyzab' coupe les atomes entre a et b
le long du vecteur (x,y,z).

- La ligne d'entrée a une liste d'historique pour récupérer les anciennes commandes.
Utilisez les flèches haut et bas lorsque la ligne de saisie est active.

- Sur certains systèmes, la touche de retour arrière ne fonctionne pas pour modifier le
ligne d'entrée. Par conséquent, la touche flèche gauche a été définie pour avoir
la fonction de retour arrière également.

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