Il s'agit de l'application Linux nommée Alphafold dont la dernière version peut être téléchargée sous Alphafoldv2.3.2.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Alphafold avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Pli alpha
DESCRIPTION
Ce package fournit une implémentation du pipeline d'inférence d'AlphaFold v2.0. Il s'agit d'un tout nouveau modèle qui a été entré dans CASP14 et publié dans Nature. Pour plus de simplicité, nous nous référons à ce modèle comme AlphaFold dans le reste de ce document. Toute publication divulguant des découvertes résultant de l'utilisation de ce code source ou des paramètres du modèle doit citer l'article AlphaFold. Veuillez également vous référer aux Informations supplémentaires pour une description détaillée de la méthode. Vous pouvez utiliser une version légèrement simplifiée d'AlphaFold avec ce bloc-notes Colab ou des versions prises en charge par la communauté. La taille totale de téléchargement pour les bases de données complètes est d'environ 415 Go et la taille totale une fois décompressée est de 2.2 To. Veuillez vous assurer que vous disposez d'un espace disque, d'une bande passante et d'un temps de téléchargement suffisants. Nous vous recommandons d'utiliser un SSD pour de meilleures performances de recherche génétique.
Caractéristiques
- AlphaFold a besoin de plusieurs bases de données génétiques (séquences) pour fonctionner
- Alors que le code AlphaFold est sous licence Apache 2.0, les paramètres AlphaFold sont mis à disposition pour une utilisation non commerciale
- 5 modèles qui ont été utilisés pendant CASP14, et ont été largement validés pour la qualité de prédiction de structure
- 5 modèles pTM, qui ont été affinés pour produire des pTM
- Le moyen le plus simple d'exécuter AlphaFold est d'utiliser le script Docker fourni
- Par défaut, Alphafold tentera d'utiliser tous les périphériques GPU visibles
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.