Il s'agit de l'application Linux nommée 123NGS dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom 123Fastq_v1.1.rar. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée 123NGS avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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123NGS
DESCRIPTION
123Fastq, en tant que premier membre de la famille 123NGS, effectue tous les pré-processus autour des lectures de séquençage de nouvelle génération (fichiers FASTQ) plus facilement que jamais dans le domaine des outils open source.Téléchargez le manuel d'utilisation rapide :
http://bit.ly/36uoA2C
Ce travail a été réalisé sous la supervision de
Dr.Javad Zahiri, Laboratoire de bioinformatique et de calcul omique (BioCOOL)
et votre
Dr Masoud Garshasbi, Département de génétique médicale, Faculté des sciences médicales, Université Tarbiat Modares, Téhéran, Iran.
Caractéristiques
- Le séquençage de nouvelle génération lit le contrôle de qualité
- Contrôle de qualité des lectures appariées
- Tondeuse flexible
- Recommandations de coupe basées sur les résultats du contrôle qualité
- Décontamination de l'adaptateur par deux approches
- Conversion Fast5 en FASTQ
- Conversion SAM/BAM en FASTQ
- Démultiplexage des lectures FASTQ
- Plateforme croisée (unix, windows)
- écrit en java
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/project-123ngs/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
