Il s'agit de l'application Linux nommée BiomeNet à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom BiomeNet.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée BiomeNet pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
BiomeNet fonctionnera sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
La métagénomique fournit un nombre énorme de séquences microbiennes auxquelles on peut attribuer une fonction métabolique. L'utilisation de telles données pour déduire une divergence métabolique au niveau de la communauté est entravée par l'absence d'un cadre statistique approprié. Ici, nous décrivons un nouveau modèle hiérarchique bayésien, appelé BiomeNet (inférence bayésienne des réseaux métaboliques), pour déduire la prévalence différentielle des réseaux métaboliques parmi les communautés microbiennes. Pour déduire la structure des interactions métaboliques au niveau de la communauté, BiomeNet applique un cadre de modélisation à membres mixtes aux informations sur l'abondance des enzymes. L'idée de base est que les composants du mélange du modèle (réactions métaboliques, sous-réseaux et réseaux) sont partagés entre tous les groupes (échantillons de microbiome), mais les proportions du mélange varient d'un groupe à l'autre. Grâce à ce cadre, le modèle peut capturer des structures imbriquées dans les données. BiomeNet est unique dans la modélisation de chaque échantillon de métagénome comme un mélange de systèmes métaboliques complexes (métabosystèmes).Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
C++, S/R
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/biomenet/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
