Il s'agit de l'application Linux nommée ConoSorter dont la dernière version peut être téléchargée sous ConoSorter_v1.1.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée ConoSorter avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
ConoSorter
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DESCRIPTION
ConoSorter est un programme autonome à haut débit qui implémente des expressions régulières et profile des modèles de Markov cachés (pHMM) pour l'identification et la classification à grande échelle des conopeptides précurseurs en superfamilles et classes de gènes basées sur le signal ER, les régions pro- et matures de conopeptides générées à partir de données transcriptomiques ou protéomiques brutes de nouvelle génération.
ConoSorter génère également un ensemble d'informations complémentaires pertinentes (fréquence des séquences protéiques, longueur, nombre de résidus cystéine, taux d'hydrophobie de la région N-terminale) et recherche automatiquement la base de données ConoServer pour permettre à l'utilisateur d'évaluer la fiabilité et la pertinence des résultats et de aider à l'identification de nouvelles superfamilles et classes de conopeptides.
Caractéristiques
- Mise à jour ConoSorter_v1.1 (2013-11-06) : Nouvelles Superfamilles (V. Lavergne et al., BMC Genomics - 2013 ; AH. Jin et al., MCP - 2013) et Classe (C. Moeller et al., JBC - 2010).
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/conosorter/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
